139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1405 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1405  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  100 
 
 
286 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.289114 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2111  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  56.16 
 
 
285 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1962  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  56.83 
 
 
284 aa  294  1e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2584  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  51.27 
 
 
280 aa  285  5.999999999999999e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1502  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  52.71 
 
 
284 aa  278  1e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.130276  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1642  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  49.82 
 
 
280 aa  263  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0233  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  37.5 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.394214  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1948  UbiA prenyltransferase  38.25 
 
 
290 aa  181  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1645  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  38.85 
 
 
296 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3731  UbiA prenyltransferase  37.8 
 
 
318 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000383911  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6246  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  39.22 
 
 
321 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.434954  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01330  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase-like prenyltransferase  33.8 
 
 
308 aa  169  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.139856  normal  0.645084 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0329  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  38.38 
 
 
294 aa  169  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1406  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.04 
 
 
318 aa  165  8e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.151808  normal  0.364163 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3217  UbiA prenyltransferase  35.42 
 
 
315 aa  163  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00000417906  normal  0.0803548 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3242  UbiA prenyltransferase  34.47 
 
 
310 aa  162  6e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000441588  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4030  UbiA prenyltransferase  36.97 
 
 
288 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1995  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  40.51 
 
 
301 aa  159  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1465  UbiA prenyltransferase  33.21 
 
 
288 aa  157  2e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0342243  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1416  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.58 
 
 
320 aa  156  4e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000808669  hitchhiker  0.00108845 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0169  UbiA prenyltransferase  36.06 
 
 
319 aa  156  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4052  UbiA prenyltransferase  33.57 
 
 
295 aa  153  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0321079  normal  0.0610101 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0811  UbiA prenyltransferase  35.38 
 
 
308 aa  150  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5665  UbiA prenyltransferase  29.86 
 
 
334 aa  149  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5056  UbiA prenyltransferase  34.31 
 
 
295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.397977  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5061  UbiA prenyltransferase  34.31 
 
 
295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0207  UbiA prenyltransferase  31.23 
 
 
308 aa  147  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2690  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  30.77 
 
 
301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000203093  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4052  UbiA prenyltransferase  32.04 
 
 
296 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.820743 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2194  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.53 
 
 
331 aa  142  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal  0.405209 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3527  UbiA prenyltransferase  35.25 
 
 
304 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2248  UbiA prenyltransferase  31.96 
 
 
327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000928316  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1966  UbiA prenyltransferase  34.03 
 
 
301 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5017  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.45 
 
 
310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5105  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.45 
 
 
310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.27999  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5398  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.45 
 
 
310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.221882 
 
 
-
 
NC_002950  PG0509  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  35.38 
 
 
286 aa  139  4.999999999999999e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.229996 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0164  UbiA prenyltransferase  31.23 
 
 
306 aa  138  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.256957  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2376  UbiA prenyltransferase  35.44 
 
 
293 aa  137  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00872573 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2564  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  40.07 
 
 
296 aa  136  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1013  UbiA prenyltransferase  34.35 
 
 
291 aa  136  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.810785 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13840  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.36 
 
 
302 aa  134  3e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.409705 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4060  UbiA prenyltransferase  32.08 
 
 
327 aa  132  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000422239  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3500  UbiA prenyltransferase  34.06 
 
 
303 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0251416  normal  0.998384 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1739  UbiA prenyltransferase  33.33 
 
 
309 aa  132  9e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.463163  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03325  hypothetical protein  34.47 
 
 
288 aa  129  6e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3231  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  31.27 
 
 
326 aa  129  7.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3882  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.36 
 
 
300 aa  127  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0147542 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1216  UbiA prenyltransferase  35.98 
 
 
268 aa  126  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1818  UbiA prenyltransferase  30.32 
 
 
335 aa  126  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5647  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.14 
 
 
309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0972771  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1162  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.14 
 
 
309 aa  125  9e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.450588 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1710  hypothetical protein  31.83 
 
 
503 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.792915  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1026  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.91 
 
 
281 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1773  UbiA prenyltransferase  35.36 
 
 
312 aa  122  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143657  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0993  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.48 
 
 
281 aa  122  7e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2460  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.97 
 
 
294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.372558  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4253  hypothetical protein  32.99 
 
 
477 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.326142 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3980  hypothetical protein  32.19 
 
 
498 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0272963  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1137  hypothetical protein  36 
 
 
483 aa  113  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.136806  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2829  hypothetical protein  33.33 
 
 
460 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0400356  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0803  hypothetical protein  30.69 
 
 
479 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.381572  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0855  hypothetical protein  29.96 
 
 
479 aa  109  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.719485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7178  hypothetical protein  32.1 
 
 
475 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0064  hypothetical protein  32.97 
 
 
489 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5594  hypothetical protein  38.33 
 
 
494 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.626136  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0269  UbiA prenyltransferase  29.53 
 
 
322 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2161  hypothetical protein  30.74 
 
 
484 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1029  hypothetical protein  29.66 
 
 
485 aa  100  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2275  hypothetical protein  33.33 
 
 
473 aa  99  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.493912 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3635  hypothetical protein  36.41 
 
 
479 aa  98.2  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.251821  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5788  hypothetical protein  31.77 
 
 
484 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0500  hypothetical protein  31.77 
 
 
472 aa  97.1  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.19137 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2964  hypothetical protein  31.05 
 
 
479 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0936  hypothetical protein  31.09 
 
 
498 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0507653  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0757  hypothetical protein  32.29 
 
 
481 aa  94.4  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4211  hypothetical protein  34.71 
 
 
482 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3163  hypothetical protein  31.48 
 
 
508 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147535  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3487  hypothetical protein  33.04 
 
 
508 aa  89  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3784  hypothetical protein  34.86 
 
 
474 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.650913  normal  0.334057 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3359  hypothetical protein  33.04 
 
 
521 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0898  hypothetical protein  32.75 
 
 
474 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.897817  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4796  hypothetical protein  32.89 
 
 
631 aa  76.3  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.518847  normal  0.599204 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0134  UbiA prenyltransferase  27.53 
 
 
180 aa  73.9  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00304633  normal  0.917223 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0132  putative transmembrane potein  38.6 
 
 
124 aa  72.4  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0144788  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0173  hypothetical protein  29.47 
 
 
474 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.208318 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2303  hypothetical protein  27.74 
 
 
483 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223349  normal  0.0447884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1039  protoheme IX farnesyltransferase  31.62 
 
 
296 aa  55.8  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0496396  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3273  protoheme IX farnesyltransferase  31.62 
 
 
296 aa  55.8  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1976  UbiA prenyltransferase  25.19 
 
 
344 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000257247 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3077  protoheme IX farnesyltransferase  30.88 
 
 
297 aa  52.8  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.10772  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2060  protoheme IX farnesyltransferase  32.84 
 
 
306 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1086  protoheme IX farnesyltransferase  30.88 
 
 
296 aa  50.8  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000120352  hitchhiker  0.00000422281 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0229  protoheme IX farnesyltransferase  32.74 
 
 
317 aa  50.4  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00331639  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0270  protoheme IX farnesyltransferase  30.28 
 
 
288 aa  50.1  0.00004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.239431  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2886  protoheme IX farnesyltransferase  29.41 
 
 
296 aa  50.1  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1642  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  30.97 
 
 
301 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3181  protoheme IX farnesyltransferase  30.15 
 
 
296 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.025635  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3205  protoheme IX farnesyltransferase  30.15 
 
 
296 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000844737 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0468  protoheme IX farnesyltransferase  30.15 
 
 
296 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.519171  normal  0.259117 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>