46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0887 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0887  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 224 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0764  radical SAM domain-containing protein  80.3 
 
 		 200 aa  340  8e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0797  radical SAM domain-containing protein  78.28 
 
 		 202 aa  333  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0889  radical SAM domain-containing protein  78.28 
 
 		 200 aa  330  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3455  Radical SAM domain protein  77.27 
 
 		 235 aa  322  3e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3530  radical SAM domain-containing protein  76.77 
 
 		 235 aa  321  6e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0944  hypothetical protein  75.76 
 
 		 262 aa  320  9.000000000000001e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0837  radical SAM domain-containing protein  76.77 
 
 		 235 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3339  radical SAM domain-containing protein  69.64 
 
 		 239 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3649  radical SAM domain-containing protein  76.12 
 
 		 235 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0787  radical SAM domain-containing protein  76.26 
 
 		 241 aa  318  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3236  radical SAM domain-containing protein  76.26 
 
 		 241 aa  318  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0884  radical SAM domain-containing protein  70.32 
 
 		 235 aa  319  3e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2745  hypothetical protein  68.69 
 
 		 212 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0657  radical SAM domain-containing protein  62.25 
 
 		 210 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.872238  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1867  TatD family hydrolase  45.18 
 
 		 459 aa  182  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0284119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2238  hydrolase, TatD family  45.23 
 
 		 457 aa  169  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2050  hydrolase, TatD family  44.16 
 
 		 458 aa  167  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2167  hydrolase, TatD family  44.16 
 
 		 458 aa  166  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2489  TatD family deoxyribonuclease  41.71 
 
 		 462 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2464  TatD-related deoxyribonuclease:radical SAM family protein  42.71 
 
 		 606 aa  162  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1695  Mg-dependent DNase  44.61 
 
 		 464 aa  159  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2510  TatD family hydrolase  42.71 
 
 		 462 aa  156  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000460878  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1226  Radical SAM domain protein  43.59 
 
 		 200 aa  155  7e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1702  TatD family hydrolase  43.5 
 
 		 461 aa  155  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00243326  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0877  Radical SAM domain protein  43.88 
 
 		 210 aa  154  8e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0309  Radical SAM domain protein  38.42 
 
 		 197 aa  142  6e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1747  radical SAM domain-containing protein  39.15 
 
 		 198 aa  132  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1239  hydrolase, TatD family  37.69 
 
 		 454 aa  127  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3389  hypothetical protein  34.83 
 
 		 215 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000000102267  normal  0.0705776 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0301  radical SAM family Fe-S protein  36.41 
 
 		 206 aa  123  3e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.239452  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2443  radical SAM domain-containing protein  36.95 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1325  radical SAM family protein  37.8 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1159  radical SAM domain-containing protein  34.98 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2534  Radical SAM domain protein  36.84 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2630  Radical SAM domain protein  36.82 
 
 		 213 aa  106  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00181244  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  30.08 
 
 		 351 aa  49.3  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 		 355 aa  47.8  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 		 351 aa  47  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  29.28 
 
 		 427 aa  44.3  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47894  predicted protein  25.56 
 
 		 254 aa  44.7  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 		 450 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0195  radical SAM family protein  25.32 
 
 		 342 aa  43.5  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 		 372 aa  42.7  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2413  radical SAM domain-containing protein  29.84 
 
 		 445 aa  42  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336702  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1124  Fe-S oxidoreductases  26.77 
 
 		 338 aa  42.4  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>