45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0764 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0764  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
200 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0887  radical SAM domain-containing protein  80.3 
 
 
224 aa  340  7e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0787  radical SAM domain-containing protein  76.38 
 
 
241 aa  322  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3236  radical SAM domain-containing protein  76.38 
 
 
241 aa  322  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3339  radical SAM domain-containing protein  75.88 
 
 
239 aa  320  6e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0797  radical SAM domain-containing protein  75.88 
 
 
202 aa  320  9.000000000000001e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0944  hypothetical protein  75.38 
 
 
262 aa  318  3e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0889  radical SAM domain-containing protein  74.5 
 
 
200 aa  316  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3455  Radical SAM domain protein  74.37 
 
 
235 aa  314  6e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3530  radical SAM domain-containing protein  73.87 
 
 
235 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0884  radical SAM domain-containing protein  74.87 
 
 
235 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0837  radical SAM domain-containing protein  73.87 
 
 
235 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3649  radical SAM domain-containing protein  73.87 
 
 
235 aa  311  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2745  hypothetical protein  72.22 
 
 
212 aa  308  5e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0657  radical SAM domain-containing protein  63.78 
 
 
210 aa  266  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.872238  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1867  TatD family hydrolase  47.47 
 
 
459 aa  189  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0284119  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2050  hydrolase, TatD family  45.23 
 
 
458 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2167  hydrolase, TatD family  44.72 
 
 
458 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2489  TatD family deoxyribonuclease  42.42 
 
 
462 aa  159  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0877  Radical SAM domain protein  44.04 
 
 
210 aa  159  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2238  hydrolase, TatD family  42.42 
 
 
457 aa  157  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2464  TatD-related deoxyribonuclease:radical SAM family protein  41.84 
 
 
606 aa  155  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1695  Mg-dependent DNase  42.71 
 
 
464 aa  153  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1702  TatD family hydrolase  43.72 
 
 
461 aa  149  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00243326  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2510  TatD family hydrolase  42.21 
 
 
462 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000460878  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1226  Radical SAM domain protein  41.41 
 
 
200 aa  149  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0309  Radical SAM domain protein  34.74 
 
 
197 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1747  radical SAM domain-containing protein  36.41 
 
 
198 aa  129  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1239  hydrolase, TatD family  35.64 
 
 
454 aa  122  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0301  radical SAM family Fe-S protein  35.05 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.239452  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1325  radical SAM family protein  39.3 
 
 
244 aa  117  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3389  hypothetical protein  34.18 
 
 
215 aa  117  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000000102267  normal  0.0705776 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2443  radical SAM domain-containing protein  37.13 
 
 
225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1159  radical SAM domain-containing protein  33.01 
 
 
215 aa  107  1e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2534  Radical SAM domain protein  37.81 
 
 
224 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2630  Radical SAM domain protein  37.31 
 
 
213 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00181244  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  29.27 
 
 
351 aa  47  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  29.27 
 
 
351 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 
355 aa  45.4  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0195  radical SAM family protein  23.78 
 
 
342 aa  45.4  0.0006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1124  Fe-S oxidoreductases  27.13 
 
 
338 aa  44.7  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47894  predicted protein  28.99 
 
 
254 aa  42.7  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0893  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 
361 aa  42  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.910266 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 
450 aa  41.6  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0189  Radical SAM domain protein  25.34 
 
 
344 aa  41.6  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>