47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0889 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0889  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
200 aa  418  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0887  radical SAM domain-containing protein  78.28 
 
 
224 aa  330  8e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0797  radical SAM domain-containing protein  75.38 
 
 
202 aa  317  7.999999999999999e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0764  radical SAM domain-containing protein  74.5 
 
 
200 aa  316  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0884  radical SAM domain-containing protein  74.87 
 
 
235 aa  313  9e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3339  radical SAM domain-containing protein  74.87 
 
 
239 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3236  radical SAM domain-containing protein  74.37 
 
 
241 aa  310  6.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0787  radical SAM domain-containing protein  74.37 
 
 
241 aa  310  6.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0944  hypothetical protein  75 
 
 
262 aa  309  1e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3649  radical SAM domain-containing protein  74.87 
 
 
235 aa  310  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3455  Radical SAM domain protein  74.37 
 
 
235 aa  309  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3530  radical SAM domain-containing protein  73.87 
 
 
235 aa  308  4e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0837  radical SAM domain-containing protein  73.87 
 
 
235 aa  306  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2745  hypothetical protein  69.19 
 
 
212 aa  297  7e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0657  radical SAM domain-containing protein  63.78 
 
 
210 aa  259  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.872238  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1867  TatD family hydrolase  46.15 
 
 
459 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0284119  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2510  TatD family hydrolase  45.23 
 
 
462 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000460878  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2489  TatD family deoxyribonuclease  41.92 
 
 
462 aa  159  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1695  Mg-dependent DNase  44.67 
 
 
464 aa  159  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2238  hydrolase, TatD family  43.88 
 
 
457 aa  158  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2167  hydrolase, TatD family  43.15 
 
 
458 aa  158  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2050  hydrolase, TatD family  42.64 
 
 
458 aa  157  9e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2464  TatD-related deoxyribonuclease:radical SAM family protein  41.92 
 
 
606 aa  154  8e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0877  Radical SAM domain protein  46.35 
 
 
210 aa  154  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1226  Radical SAM domain protein  41.03 
 
 
200 aa  151  5e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1702  TatD family hydrolase  44.22 
 
 
461 aa  150  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00243326  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0309  Radical SAM domain protein  36.46 
 
 
197 aa  135  4e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1747  radical SAM domain-containing protein  38.62 
 
 
198 aa  129  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1239  hydrolase, TatD family  36.18 
 
 
454 aa  127  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0301  radical SAM family Fe-S protein  35.38 
 
 
206 aa  124  1e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.239452  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3389  hypothetical protein  35.23 
 
 
215 aa  121  7e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000000102267  normal  0.0705776 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1325  radical SAM family protein  37.31 
 
 
244 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2443  radical SAM domain-containing protein  36.63 
 
 
225 aa  115  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1159  radical SAM domain-containing protein  33.99 
 
 
215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2534  Radical SAM domain protein  36.82 
 
 
224 aa  109  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2630  Radical SAM domain protein  36.32 
 
 
213 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00181244  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02500  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
329 aa  47  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000194797  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2681  Radical SAM domain protein  25 
 
 
314 aa  47.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0480916  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01540  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
329 aa  47  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382646  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3345  radical SAM domain-containing protein  24.41 
 
 
338 aa  44.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0195  radical SAM family protein  25 
 
 
342 aa  44.7  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  23.81 
 
 
355 aa  43.5  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2074  radical SAM protein  24.18 
 
 
347 aa  42.7  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.643196  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3973  radical SAM domain-containing protein  27.59 
 
 
292 aa  42.4  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0899  Radical SAM domain protein  27.61 
 
 
345 aa  42.4  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.467857  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  26.4 
 
 
450 aa  42  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1124  Fe-S oxidoreductases  26.77 
 
 
338 aa  41.6  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>