50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6332 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6332  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 354 aa  737    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.171538  normal  0.121489 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0425  glycosy hydrolase family protein  31.2 
 
 		 363 aa  63.5  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0487  glycosy hydrolase family protein  31.93 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5362  glycoside hydrolase family protein  34.86 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0600932 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3491  glycoside hydrolase family protein  36.84 
 
 		 355 aa  60.1  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.54069  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6080  glycoside hydrolase family 25  41.25 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0691  glycoside hydrolase family 25  38.6 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2615  glycoside hydrolase family 25  29.85 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5518  glycoside hydrolase family protein  38.75 
 
 		 294 aa  57  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.198571 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1892  glycoside hydrolase family 25  34.21 
 
 		 345 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101469  hitchhiker  0.00660268 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2097  glycoside hydrolase family 25  34.21 
 
 		 348 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.319373  normal  0.427488 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2875  glycoside hydrolase family 25  29.1 
 
 		 265 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.737468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0635  glycoside hydrolase family protein  31.78 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1447  glycosy hydrolase family protein  37.33 
 
 		 277 aa  54.3  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0934288  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1403  glycosy hydrolase family protein  37.33 
 
 		 277 aa  54.7  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.442636  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1726  glycoside hydrolase family protein  32.35 
 
 		 277 aa  52.8  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4990  glycoside hydrolase family protein  26.52 
 
 		 333 aa  52.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.427565  hitchhiker  0.00324105 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1615  glycoside hydrolase family protein  40.3 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.246289 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4370  glycoside hydrolase family 25  36.25 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.241431 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2112  glycoside hydrolase family protein  30.49 
 
 		 261 aa  51.6  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30340  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  39.06 
 
 		 294 aa  50.8  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2025  glycoside hydrolase family protein  33.33 
 
 		 263 aa  49.7  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.390893  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3550  glycoside hydrolase family 25  36.56 
 
 		 372 aa  49.3  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0276847  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4267  glycoside hydrolase family 25  35 
 
 		 283 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.426328  normal  0.720209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3899  glycoside hydrolase family protein  35 
 
 		 283 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.496651  normal  0.126944 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2919  glycosyl hydrolase/lysozyme  26 
 
 		 267 aa  47.8  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2185  glycoside hydrolase family protein  33.33 
 
 		 260 aa  47.8  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765174  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08969  conserved hypothetical protein  32.86 
 
 		 216 aa  47.8  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0249783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3248  glycoside hydrolase family protein  29.75 
 
 		 263 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226396  normal  0.397621 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3565  glycoside hydrolase family protein  29.75 
 
 		 263 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0797  glycoside hydrolase family 25  35.06 
 
 		 255 aa  47  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.140444 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01994  hypothetical protein  39.71 
 
 		 272 aa  47  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02030  predicted hydrolase  39.71 
 
 		 272 aa  47  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0962  glycosy hydrolase family protein  39.44 
 
 		 272 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1545  glycoside hydrolase family protein  39.44 
 
 		 272 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.883984  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1555  glycoside hydrolase family 25  39.44 
 
 		 272 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1136  glycosyl hydrolase family 25  39.44 
 
 		 272 aa  46.2  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.284707  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2390  glycosy hydrolase family protein  39.44 
 
 		 272 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2238  glycosy hydrolase family protein  38.03 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3081  glycosyl hydrolase family 25  39.44 
 
 		 272 aa  46.2  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.150513 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6333  hypothetical protein  20.07 
 
 		 347 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0138128  normal  0.366541 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2356  glycoside hydrolase family 25  37.88 
 
 		 297 aa  45.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000423175  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3156  hypothetical protein  27.1 
 
 		 263 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6875  Lysozyme  27.7 
 
 		 262 aa  43.9  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2530  glycoside hydrolase family protein  29.13 
 
 		 292 aa  44.3  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1185  glycoside hydrolase family 25  35.14 
 
 		 249 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0030  glycosy hydrolase family protein  37.7 
 
 		 207 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0210043  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1363  glycoside hydrolase family 25  33.33 
 
 		 251 aa  43.1  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1488  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  33.33 
 
 		 292 aa  43.1  0.007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3219  hypothetical protein  28.99 
 
 		 245 aa  42.7  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0169574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>