92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3871 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3871  hypothetical protein  100 
 
 		 125 aa  234  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1795  hypothetical protein  60.87 
 
 		 130 aa  135  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1462  protein of unknown function DUF1232  60 
 
 		 126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.583508  normal  0.293258 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1309  hypothetical protein  58.26 
 
 		 133 aa  129  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1363  protein of unknown function DUF1232  61.67 
 
 		 126 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00386396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2189  hypothetical protein  64.55 
 
 		 126 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124091  hitchhiker  0.000597226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2863  hypothetical protein  62.14 
 
 		 114 aa  121  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0874191  normal  0.0688693 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4662  hypothetical protein  57 
 
 		 386 aa  121  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.627824 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5698  hypothetical protein  50.46 
 
 		 386 aa  116  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1269  hypothetical protein  55.05 
 
 		 132 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2979  hypothetical protein  49.57 
 
 		 142 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263138  normal  0.0407724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3901  hypothetical protein  47.86 
 
 		 132 aa  110  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0698239  normal  0.0160769 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3856  hypothetical protein  52.94 
 
 		 124 aa  110  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0230903  normal  0.0305359 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0463  hypothetical protein  47.06 
 
 		 130 aa  110  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.572887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0873  protein of unknown function DUF1232  48.33 
 
 		 124 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0685526 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0754  hypothetical protein  53.66 
 
 		 128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4882  protein of unknown function DUF1232  52.53 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2593  protein of unknown function DUF1232  50 
 
 		 130 aa  105  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2623  hypothetical protein  48.67 
 
 		 126 aa  101  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000252463  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3216  hypothetical protein  50 
 
 		 111 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.944113  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3485  protein of unknown function DUF1232  42.74 
 
 		 127 aa  95.5  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0592  hypothetical protein  50.55 
 
 		 137 aa  95.1  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0632584  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1439  hypothetical protein  41.27 
 
 		 131 aa  94.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0941  hypothetical protein  44.83 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000582601  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1977  hypothetical protein  58.51 
 
 		 131 aa  87  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.284202 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3301  hypothetical protein  54.24 
 
 		 125 aa  85.5  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0560  hypothetical protein  58.24 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3605  hypothetical protein  39.25 
 
 		 118 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134025  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2543  hypothetical protein  59.38 
 
 		 75 aa  81.6  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1695  protein of unknown function DUF1232  48.1 
 
 		 120 aa  81.3  0.000000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2654  protein of unknown function DUF1232  54.24 
 
 		 120 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.140494  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1552  protein of unknown function DUF1232  33.91 
 
 		 121 aa  76.3  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000451461  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0456  protein of unknown function DUF1232  35.65 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1079  hypothetical protein  39.52 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1449  hypothetical protein  58.75 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.808576  normal  0.132901 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2380  protein of unknown function DUF1232  40.96 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1980  protein of unknown function DUF1232  39.76 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.55739  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2241  hypothetical protein  46.15 
 
 		 89 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0559618 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0793  hypothetical protein  41.86 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.569474  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3716  hypothetical protein  41.38 
 
 		 103 aa  62  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.270803 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3740  uncharacterized small membrane protein  35.96 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2502  hypothetical protein  39.29 
 
 		 97 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2926  hypothetical protein  44.29 
 
 		 91 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828389  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2183  hypothetical protein  50 
 
 		 98 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4012  hypothetical protein  42.86 
 
 		 91 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1308  hypothetical protein  36.67 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.525865  normal  0.365373 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0751  hypothetical protein  39.77 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0363  hypothetical protein  38.81 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0597  hypothetical protein  46.84 
 
 		 160 aa  51.2  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.182188  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0024  protein of unknown function DUF1232  34.88 
 
 		 87 aa  51.2  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01225  hypothetical protein  40.82 
 
 		 143 aa  50.8  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.115092  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0145  hypothetical protein  36.71 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0490  hypothetical protein  42.37 
 
 		 249 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1704  hypothetical protein  34.43 
 
 		 323 aa  47  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0800873  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1330  protein of unknown function DUF1232  47.06 
 
 		 96 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0280  hypothetical protein  37.29 
 
 		 117 aa  46.6  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0407  protein of unknown function DUF1232  28.28 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0363693  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1437  hypothetical protein  34.43 
 
 		 323 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.973186  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1038  hypothetical protein  45.1 
 
 		 171 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1508  protein of unknown function DUF1232  48.84 
 
 		 133 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.987063  normal  0.0931118 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4803  hypothetical protein  34.15 
 
 		 105 aa  44.7  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.162553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0098  hypothetical protein  31 
 
 		 124 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2125  hypothetical protein  43.94 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.836422  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0318  hypothetical protein  30 
 
 		 116 aa  44.3  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1386  hypothetical protein  32.88 
 
 		 139 aa  44.3  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0289  hypothetical protein  30 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3867  hypothetical protein  30 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0175654 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0858  hypothetical protein  30 
 
 		 171 aa  43.9  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3628  hypothetical protein  26.19 
 
 		 142 aa  44.3  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.89928  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4460  protein of unknown function DUF1232  32.26 
 
 		 138 aa  43.9  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.441335 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4167  hypothetical protein  38.46 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18241  hypothetical protein  33.8 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0694351 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4049  hypothetical protein  33.73 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3972  protein of unknown function DUF1232  38.46 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0465  hypothetical protein  34.33 
 
 		 85 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0704  hypothetical protein  31 
 
 		 124 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0999  hypothetical protein  35.21 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.178423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1882  protein of unknown function DUF1232  51.43 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3655  hypothetical protein  30 
 
 		 116 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05801  hypothetical protein  47.5 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4217  hypothetical protein  33.9 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3332  hypothetical protein  31.46 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4080  hypothetical protein  38.46 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2808  hypothetical protein  27.59 
 
 		 126 aa  42  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.903772 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3677  hypothetical protein  35.59 
 
 		 116 aa  42  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4815  hypothetical protein  36.62 
 
 		 182 aa  42  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.586532  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06311  hypothetical protein  32.39 
 
 		 121 aa  41.2  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0012  hypothetical protein  32.39 
 
 		 121 aa  41.2  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0426  hypothetical protein  40.43 
 
 		 50 aa  40.4  0.008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1295  protein of unknown function DUF1232  52.5 
 
 		 116 aa  40.4  0.008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0234  hypothetical protein  34.55 
 
 		 119 aa  40.4  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06411  hypothetical protein  28.09 
 
 		 124 aa  40  0.01  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>