More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3579 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3579  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  691    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4336  transcriptional regulator, LacI family  65.18 
 
 		 339 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563264  hitchhiker  0.000141472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4007  transcriptional regulator, LacI family  63.56 
 
 		 343 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0665  transcriptional regulator, LacI family  34.09 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0509948  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1883  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275447 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3669  transcriptional regulator, LacI family  34.25 
 
 		 349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1697  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0717  transcriptional regulator, LacI family  33.75 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3520  transcriptional regulator, LacI family  31.7 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.94 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.94 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0892  LacI family transcription regulator  30.98 
 
 		 346 aa  136  5e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00803151  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 347 aa  132  6.999999999999999e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  32.91 
 
 		 368 aa  132  9e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5365  transcriptional regulator, LacI family  31.55 
 
 		 345 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000864241  normal  0.850622 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5085  transcriptional regulator, LacI family  31.28 
 
 		 359 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.127627 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0941  alanine racemase  30.62 
 
 		 328 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00393533  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2373  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  33.99 
 
 		 336 aa  123  5e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5764  transcriptional regulator LacI family  29.59 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.73775  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0382  transcriptional regulator, LacI family  30.42 
 
 		 360 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 333 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4339  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 373 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2353  LacI family transcription regulator  27.6 
 
 		 330 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000399478  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3367  transcriptional regulator, LacI family  26.23 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.54 
 
 		 328 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  29.54 
 
 		 328 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  34.98 
 
 		 340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  27.18 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  32.51 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2507  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  30.25 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.445797  normal  0.20531 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3000  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 346 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0114429  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.9 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0629  LacI family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.505283 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  27.63 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.63 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0454  LacI family transcription regulator  34.97 
 
 		 339 aa  113  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.68 
 
 		 341 aa  113  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.17 
 
 		 335 aa  113  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1641  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 357 aa  113  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.236948  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  31.69 
 
 		 342 aa  112  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.62 
 
 		 336 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0509  transcriptional regulator, LacI family  26.67 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000057395  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  32.31 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2210  transcriptional regulator, LacI family  29.17 
 
 		 342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  27.64 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2628  transcriptional regulator, LacI family  28.95 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0695  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0821691  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  28.96 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3600  LacI family transcription regulator  26.71 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0280148  normal  0.188315 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03519  putative transcriptional regulator  28.83 
 
 		 364 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03470  hypothetical protein  28.92 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1314  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.64 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  32.95 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 362 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1461  transcriptional regulator, LacI family  24.29 
 
 		 333 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  32.71 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  28.76 
 
 		 346 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  28.85 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  30.46 
 
 		 340 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 340 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0819  transcriptional regulator, LacI family  31.73 
 
 		 348 aa  108  9.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 350 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  31.83 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0113  transcriptional regulator, LacI family  35.58 
 
 		 350 aa  108  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  28.2 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  25.31 
 
 		 346 aa  107  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  34.7 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.12 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0355372 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 355 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2354  transcriptional regulator, LacI family  27.65 
 
 		 356 aa  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  25.29 
 
 		 336 aa  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.03 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  28.19 
 
 		 337 aa  106  5e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 		 364 aa  106  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  26.5 
 
 		 334 aa  106  6e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 372 aa  106  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3252  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 351 aa  105  8e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 349 aa  105  9e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 374 aa  105  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03609  transcriptional regulator LacI family  32.31 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.34339  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 361 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  28.35 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  30.63 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.44 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.09 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0763  regulatory protein, LacI  25 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  26.44 
 
 		 333 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30.26 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13230  transcriptional regulator  29.87 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.161567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  31.96 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  26.9 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  26.82 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>