More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2848 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
323 aa  635    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.566323  normal  0.619807 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3263  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  68.4 
 
 
323 aa  437  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5510  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  61.9 
 
 
324 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.442153  decreased coverage  0.000455607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2582  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.91 
 
 
321 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.252196  normal  0.376143 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0656  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  55 
 
 
273 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.326275  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0690  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55 
 
 
273 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0225851 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2999  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.5 
 
 
281 aa  223  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0973  amino acid ABC transporter permease  54.77 
 
 
280 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.981425  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1133  amino acid ABC transporter, permease protein  54.85 
 
 
243 aa  222  7e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0659436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2801  amino acid ABC transporter permease  51.16 
 
 
281 aa  222  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5123  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.56 
 
 
273 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.571072  normal  0.507902 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0590  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.43 
 
 
266 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0283053  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1460  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.1 
 
 
268 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0861  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.58 
 
 
263 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.820023 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3405  amino acid ABC transporter, permease protein  39.7 
 
 
263 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.679621  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2286  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.38 
 
 
261 aa  155  6e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000263216 
 
 
-
 
NC_002936  DET0418  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  42.39 
 
 
273 aa  155  7e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000690248  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_361  amino acid ABC transporter, permease protein  42.16 
 
 
273 aa  155  9e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000992364  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3808  amino acid ABC transporter permease  39.75 
 
 
255 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.158502  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.01 
 
 
233 aa  155  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1931  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.89 
 
 
272 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000387195  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0904  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.18 
 
 
246 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2307  amino acid ABC transporter permease  41.58 
 
 
261 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000136717  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1825  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.83 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0120265  normal  0.903781 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2726  amino acid ABC transporter permease  39.34 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.81 
 
 
219 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0219509  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3994  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.73 
 
 
219 aa  153  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0526601  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.84 
 
 
503 aa  152  5e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.71 
 
 
503 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5602  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.59 
 
 
241 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0972  amino acid ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
219 aa  151  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000627476  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0243  amino acid ABC transporter permease  39.11 
 
 
221 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0296123  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4263  amino acid ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
219 aa  151  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00620505  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.21 
 
 
489 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.21 
 
 
489 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  41.21 
 
 
489 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.79 
 
 
320 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0724  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.59 
 
 
241 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4596  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.49 
 
 
304 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0614805 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1941  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.26 
 
 
220 aa  150  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00173617  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5023  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  41.79 
 
 
320 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0963279  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4897  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.79 
 
 
320 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.79 
 
 
320 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.91 
 
 
216 aa  149  5e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  38.6 
 
 
237 aa  149  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.38 
 
 
216 aa  149  5e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4151  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.2 
 
 
222 aa  149  6e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1376  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.74 
 
 
223 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000031441  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5480  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.92 
 
 
219 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2056  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.7 
 
 
255 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4058  amino acid ABC transporter permease  37.9 
 
 
219 aa  149  8e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550824  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3897  amino acid ABC transporter, permease  37.9 
 
 
219 aa  149  8e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  7.09435e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3904  amino acid ABC transporter, permease  37.9 
 
 
219 aa  149  8e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000728027  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4173  amino acid ABC transporter, permease protein  37.9 
 
 
219 aa  149  8e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.126592 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4375  amino acid ABC transporter permease  37.9 
 
 
219 aa  149  8e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000115102  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4224  amino acid ABC transporter, permease protein  37.9 
 
 
219 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000683545  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5181  cystine ABC transporter, permease protein, putative  37.25 
 
 
222 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2587  amino acid ABC transporter permease  39.39 
 
 
234 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4284  amino acid ABC transporter, permease protein  37.9 
 
 
219 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000456924  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1927  amino acid ABC transporter permease  40.67 
 
 
245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.07 
 
 
235 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.199048  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1344  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.61 
 
 
267 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.755534 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0357  amino acid ABC transporter permease  37.25 
 
 
222 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  41.79 
 
 
319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
222 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5814  ABC transporter permease  41.79 
 
 
320 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460546  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2935  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.6 
 
 
220 aa  146  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3132  amino acid ABC transporter permease  37.68 
 
 
222 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.9281  normal  0.0247415 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2290  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
219 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000177736  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0582  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  37.05 
 
 
223 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.57 
 
 
224 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  37.5 
 
 
222 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1151  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.58 
 
 
245 aa  145  9e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
222 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.1 
 
 
485 aa  144  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.6 
 
 
483 aa  144  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.26 
 
 
226 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.490493  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.1 
 
 
485 aa  144  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1548  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  38 
 
 
219 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2001  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.28 
 
 
335 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.11761  normal  0.680617 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.3 
 
 
503 aa  144  1e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67040  ABC transporter permease  41.29 
 
 
320 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5810  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.42 
 
 
227 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.709635  normal  0.465789 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0568  amino acid ABC transporter permease  37.05 
 
 
223 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3057  polar amino acid ABC transporter permease  38 
 
 
219 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.74 
 
 
226 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3584  amino acid ABC transporter permease  38.38 
 
 
223 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.495139  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0835  amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.39 
 
 
219 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0932034 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2008  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
222 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0198583  decreased coverage  0.00681365 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0813  amino acid ABC transporter permease  35.75 
 
 
235 aa  143  4e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.803947  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  40.4 
 
 
216 aa  143  4e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0856  amino acid ABC transporter permease  35.75 
 
 
235 aa  143  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.926936  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1433  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  38.1 
 
 
225 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.904932 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.61 
 
 
221 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1046  L-cystine ABC transporter, permease protein  37.38 
 
 
222 aa  143  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0095554  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0211  amino acid ABC transporter, permease  36.32 
 
 
238 aa  143  4e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0946  amino acid ABC transporter, permease protein  35.75 
 
 
234 aa  143  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.22 
 
 
217 aa  142  5e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.10483  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  35.68 
 
 
222 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.39 
 
 
221 aa  143  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>