More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2096 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2096  glycine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 425 aa  875    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.835184  normal  0.0355089 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1626  Glycine hydroxymethyltransferase  83.29 
 
 		 425 aa  736    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696145  normal  0.61537 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  56.67 
 
 		 434 aa  483  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  56.67 
 
 		 434 aa  483  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  56.32 
 
 		 434 aa  481  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  55.66 
 
 		 434 aa  475  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  56.43 
 
 		 431 aa  474  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  56.19 
 
 		 431 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  56.19 
 
 		 431 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  56.34 
 
 		 451 aa  463  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  55.76 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  56.43 
 
 		 432 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  56.19 
 
 		 440 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  55.95 
 
 		 433 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  55.53 
 
 		 437 aa  461  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  56.8 
 
 		 432 aa  456  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  55.19 
 
 		 434 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  54.52 
 
 		 427 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  54.91 
 
 		 430 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  54.82 
 
 		 432 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  53.85 
 
 		 431 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  54.59 
 
 		 432 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  55.21 
 
 		 433 aa  450  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  54.03 
 
 		 439 aa  449  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  54.14 
 
 		 431 aa  451  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  54.05 
 
 		 432 aa  451  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  54.52 
 
 		 438 aa  451  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  54.42 
 
 		 436 aa  449  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  56.19 
 
 		 434 aa  449  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  57.76 
 
 		 424 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  53.94 
 
 		 431 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  56.32 
 
 		 433 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  54.1 
 
 		 433 aa  443  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  53.18 
 
 		 438 aa  442  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  53.18 
 
 		 438 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  55.04 
 
 		 415 aa  444  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0307  serine hydroxymethyltransferase  54.79 
 
 		 414 aa  444  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.209874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0678  serine hydroxymethyltransferase  53.4 
 
 		 415 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.478588 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0729  serine hydroxymethyltransferase  53.28 
 
 		 415 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0790  serine hydroxymethyltransferase  52.54 
 
 		 415 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  53.88 
 
 		 433 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  53.88 
 
 		 433 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  55.42 
 
 		 434 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2680  serine hydroxymethyltransferase  53.4 
 
 		 508 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2660  serine hydroxymethyltransferase  53.88 
 
 		 425 aa  440  9.999999999999999e-123  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  56.19 
 
 		 434 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0722  serine hydroxymethyltransferase  53.4 
 
 		 436 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.59476  normal  0.142236 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  53.99 
 
 		 434 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0169  serine hydroxymethyltransferase  54.63 
 
 		 422 aa  439  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  52.96 
 
 		 429 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  53.08 
 
 		 424 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  54.63 
 
 		 427 aa  438  1e-121  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  52.94 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2082  serine hydroxymethyltransferase  53.55 
 
 		 419 aa  435  1e-121  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584892  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  52.49 
 
 		 424 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2165  serine hydroxymethyltransferase  54.41 
 
 		 414 aa  434  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.675395  normal  0.0470902 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  55.37 
 
 		 420 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0615  Glycine hydroxymethyltransferase  53.32 
 
 		 415 aa  432  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2874  serine hydroxymethyltransferase  52.77 
 
 		 414 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  55.26 
 
 		 424 aa  434  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  52.51 
 
 		 435 aa  433  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  50.37 
 
 		 425 aa  429  1e-119  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2147  glycine hydroxymethyltransferase  54.22 
 
 		 415 aa  430  1e-119  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  53.59 
 
 		 424 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0279  serine hydroxymethyltransferase  54.9 
 
 		 414 aa  430  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.681758  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  51.34 
 
 		 413 aa  428  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  53.59 
 
 		 424 aa  431  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2658  serine hydroxymethyltransferase  51.57 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0261213  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1917  serine hydroxymethyltransferase  55.01 
 
 		 430 aa  429  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.584505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  53.59 
 
 		 424 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  52.97 
 
 		 424 aa  431  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  53.59 
 
 		 424 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  51.92 
 
 		 415 aa  431  1e-119  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  54.29 
 
 		 438 aa  428  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  53.35 
 
 		 424 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  53.35 
 
 		 424 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  53.35 
 
 		 424 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  53.21 
 
 		 424 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  53.35 
 
 		 424 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  52.22 
 
 		 431 aa  425  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  53.21 
 
 		 424 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  52.39 
 
 		 424 aa  428  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3914  serine hydroxymethyltransferase  52.08 
 
 		 415 aa  426  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355744  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0756  serine hydroxymethyltransferase  52.06 
 
 		 425 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2283  glycine hydroxymethyltransferase  52.61 
 
 		 425 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143968  normal  0.90339 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3363  serine hydroxymethyltransferase  53.66 
 
 		 415 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0782  serine hydroxymethyltransferase  52.06 
 
 		 425 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3234  serine hydroxymethyltransferase  52.81 
 
 		 415 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0683  serine hydroxymethyltransferase  53.55 
 
 		 431 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  53.21 
 
 		 424 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4246  glycine hydroxymethyltransferase  52.17 
 
 		 438 aa  423  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.499232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0775  serine hydroxymethyltransferase  53.06 
 
 		 415 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0739852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2076  serine hydroxymethyltransferase  53.79 
 
 		 427 aa  425  1e-117  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.745833  hitchhiker  0.000706319 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3250  serine hydroxymethyltransferase  52.57 
 
 		 415 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  53.65 
 
 		 434 aa  421  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4898  glycine hydroxymethyltransferase  52.08 
 
 		 427 aa  424  1e-117  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1379  serine hydroxymethyltransferase  52.08 
 
 		 415 aa  422  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2991  serine hydroxymethyltransferase  52.74 
 
 		 439 aa  425  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406931  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2938  serine hydroxymethyltransferase  53.12 
 
 		 421 aa  425  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.684623 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1942  serine hydroxymethyltransferase  52.57 
 
 		 415 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>