65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0193 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0193  capsule polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 440 aa  899    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1939  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  48.22 
 
 		 455 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.706767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0323  capsule polysaccharide biosynthesis protein  45.89 
 
 		 452 aa  364  2e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2615  capsule polysaccharide biosynthesis protein  43.24 
 
 		 462 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4291  capsular polysaccharide biosynthesis protein  41.15 
 
 		 450 aa  342  9e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4290  capsular polysaccharide biosynthesis protein  44.36 
 
 		 434 aa  322  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2466  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  40.97 
 
 		 435 aa  310  4e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.10918 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2538  capsule polysaccharide biosynthesis protein  41.22 
 
 		 435 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.157988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1483  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  41.52 
 
 		 422 aa  306  5.0000000000000004e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2761  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  41.22 
 
 		 435 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.125812 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0947  capsule polysaccharide biosynthesis protein  39.8 
 
 		 435 aa  302  9e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2118  capsule polysaccharide biosynthesis protein  41.88 
 
 		 443 aa  295  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.107224  normal  0.128982 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2620  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  40.86 
 
 		 436 aa  293  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3013  capsule polysaccharide modification protein  40.86 
 
 		 436 aa  293  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1536  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  39.49 
 
 		 408 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0642  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  39.19 
 
 		 407 aa  271  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.696628  normal  0.841432 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2454  capsule polysaccharide biosynthesis protein  38.67 
 
 		 420 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.7295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1149  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.56 
 
 		 402 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0890377  normal  0.994993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3913  capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.66 
 
 		 439 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3870  capsule polysaccharide biosynthesis  36.04 
 
 		 401 aa  258  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0296  capsule polysaccharide biosynthesis  34.77 
 
 		 401 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.343369  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0779  capsule polysaccharide biosynthesis  34.77 
 
 		 401 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0748  capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.97 
 
 		 402 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1338  WcbO  35.95 
 
 		 401 aa  252  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3274  capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.53 
 
 		 429 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3289  capsular polysaccharide export protein  35.53 
 
 		 435 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3238  capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.53 
 
 		 400 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.333462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2169  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  35.28 
 
 		 435 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.350252  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1064  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  35.28 
 
 		 400 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2292  capsule polysaccharide biosynthesis/export protein. putative  35.28 
 
 		 400 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.672177  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1285  capsule polysaccharide biosynthesis  38.71 
 
 		 404 aa  238  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2596  capsule polysaccharide biosynthesis  34.67 
 
 		 413 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.322338  normal  0.0183226 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1303  capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.5 
 
 		 444 aa  233  8.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5947  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.81 
 
 		 420 aa  230  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0536  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  34.62 
 
 		 368 aa  220  5e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.260916  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2132  capsule polysaccharide biosynthesis  35.27 
 
 		 434 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2253  putative capsule polysaccharide export protein  34.65 
 
 		 428 aa  216  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.724395 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3224  polysialic acid capsule biosynthesis protein KpsS  31.81 
 
 		 401 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02769  hypothetical protein  32.02 
 
 		 410 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000176543  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02819  KpsS protein  32.02 
 
 		 410 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000140465  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2330  capsule polysaccharide biosynthesis  32.91 
 
 		 440 aa  209  7e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1558  capsule polysaccharide biosynthesis  36.62 
 
 		 440 aa  203  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.394249  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3418  capsule polysaccharide biosynthesis  33.59 
 
 		 429 aa  190  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0404344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5737  capsule polysaccharide modification protein  31.96 
 
 		 461 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2753  capsule polysaccharide biosynthesis  31.1 
 
 		 443 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0319  capsular polysaccharide export protein KpsS  27.68 
 
 		 392 aa  175  9.999999999999999e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1600  capsule polysaccharide export protein KpsS  27.53 
 
 		 394 aa  167  2e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.105015  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1412  capsule polysaccharide export protein KpsS  27.66 
 
 		 394 aa  167  2.9999999999999998e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.416429  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1746  capsule polysaccharide export protein KpsS  27.55 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4943  capsule polysaccharide biosynthesis  31.16 
 
 		 438 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0464  capsule polysaccharide protein KpsS-like  28.83 
 
 		 672 aa  158  2e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0858219  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2215  capsule polysaccharide protein KpsS-like  28.43 
 
 		 650 aa  146  7.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.495619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001786  phosphoribosylamine-glycine ligase  22.22 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3268  capsule polysaccharide biosynthesis protein  27.43 
 
 		 398 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1356  capsule polysaccharide biosynthesis protein  25.86 
 
 		 359 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3256  capsule polysaccharide biosynthesis protein  27.18 
 
 		 398 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3272  capsule polysaccharide biosynthesis protein  27.21 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3217  capsule polysaccharide biosynthesis protein  27.18 
 
 		 398 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0610  putative capsule polysaccharide export protein  25.89 
 
 		 425 aa  56.2  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.251819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1569  hypothetical protein  33.82 
 
 		 455 aa  55.8  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02587  Capsule polysaccharide biosynthesis  23.36 
 
 		 417 aa  54.3  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0511504  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6177  capsule polysaccharide biosynthesis  31.45 
 
 		 399 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5909  capsule polysaccharide biosynthesis protein  30.65 
 
 		 399 aa  47.8  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635785  normal  0.752817 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1399  capsule polysaccharide biosynthesis protein  30 
 
 		 602 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7396  capsule polysaccharide biosynthesis  30.58 
 
 		 399 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.436422 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>