61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2253 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2253  putative capsule polysaccharide export protein  100 
 
 		 428 aa  874    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.724395 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3418  capsule polysaccharide biosynthesis  63.27 
 
 		 429 aa  533  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0404344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2132  capsule polysaccharide biosynthesis  60.28 
 
 		 434 aa  505  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1558  capsule polysaccharide biosynthesis  55.9 
 
 		 440 aa  455  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.394249  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2620  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.42 
 
 		 436 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3013  capsule polysaccharide modification protein  35.42 
 
 		 436 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1536  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.74 
 
 		 408 aa  223  6e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2118  capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.97 
 
 		 443 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.107224  normal  0.128982 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2454  capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.31 
 
 		 420 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.7295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1483  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.52 
 
 		 422 aa  219  8.999999999999998e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1285  capsule polysaccharide biosynthesis  38 
 
 		 404 aa  216  5e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0947  capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.38 
 
 		 435 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3913  capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.66 
 
 		 439 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0193  capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.33 
 
 		 440 aa  208  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2466  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.36 
 
 		 435 aa  207  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.10918 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1939  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.94 
 
 		 455 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.706767  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2538  capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.85 
 
 		 435 aa  207  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.157988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2761  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.85 
 
 		 435 aa  206  7e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.125812 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1303  capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.69 
 
 		 444 aa  204  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1149  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.2 
 
 		 402 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0890377  normal  0.994993 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3870  capsule polysaccharide biosynthesis  35.13 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2596  capsule polysaccharide biosynthesis  33.17 
 
 		 413 aa  201  3e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.322338  normal  0.0183226 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0323  capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.41 
 
 		 452 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3238  capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.67 
 
 		 400 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.333462  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3289  capsular polysaccharide export protein  33.67 
 
 		 435 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3274  capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.08 
 
 		 429 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3224  polysialic acid capsule biosynthesis protein KpsS  32.33 
 
 		 401 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1064  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  33.42 
 
 		 400 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2169  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  33.42 
 
 		 435 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.350252  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2292  capsule polysaccharide biosynthesis/export protein. putative  33.42 
 
 		 400 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.672177  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1338  WcbO  34.01 
 
 		 401 aa  195  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0779  capsule polysaccharide biosynthesis  33.33 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0296  capsule polysaccharide biosynthesis  33.33 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.343369  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02819  KpsS protein  31.79 
 
 		 410 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000140465  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5737  capsule polysaccharide modification protein  34.54 
 
 		 461 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02769  hypothetical protein  31.79 
 
 		 410 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000176543  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2330  capsule polysaccharide biosynthesis  34.03 
 
 		 440 aa  190  5e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5947  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.05 
 
 		 420 aa  187  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0748  capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.35 
 
 		 402 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4291  capsular polysaccharide biosynthesis protein  30.1 
 
 		 450 aa  182  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4290  capsular polysaccharide biosynthesis protein  30.83 
 
 		 434 aa  181  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0642  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  33 
 
 		 407 aa  178  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.696628  normal  0.841432 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0536  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  33.96 
 
 		 368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.260916  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0319  capsular polysaccharide export protein KpsS  28.39 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1600  capsule polysaccharide export protein KpsS  29.46 
 
 		 394 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.105015  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1412  capsule polysaccharide export protein KpsS  29.46 
 
 		 394 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.416429  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2753  capsule polysaccharide biosynthesis  30.77 
 
 		 443 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2615  capsule polysaccharide biosynthesis protein  29.81 
 
 		 462 aa  162  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1746  capsule polysaccharide export protein KpsS  29.2 
 
 		 395 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0464  capsule polysaccharide protein KpsS-like  32.38 
 
 		 672 aa  159  7e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0858219  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2215  capsule polysaccharide protein KpsS-like  31.77 
 
 		 650 aa  156  6e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.495619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4943  capsule polysaccharide biosynthesis  30.69 
 
 		 438 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001786  phosphoribosylamine-glycine ligase  27.43 
 
 		 420 aa  91.3  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0610  putative capsule polysaccharide export protein  25.33 
 
 		 425 aa  47.8  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.251819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02587  Capsule polysaccharide biosynthesis  25.44 
 
 		 417 aa  45.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0511504  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1399  capsule polysaccharide biosynthesis protein  30 
 
 		 602 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7396  capsule polysaccharide biosynthesis  29.51 
 
 		 399 aa  44.3  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.436422 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1356  capsule polysaccharide biosynthesis protein  27.86 
 
 		 359 aa  43.5  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3256  capsule polysaccharide biosynthesis protein  26.67 
 
 		 398 aa  43.1  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3217  capsule polysaccharide biosynthesis protein  26.67 
 
 		 398 aa  43.1  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3268  capsule polysaccharide biosynthesis protein  26.67 
 
 		 398 aa  43.1  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>