54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2132 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2132  capsule polysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 434 aa  888    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3418  capsule polysaccharide biosynthesis  66.82 
 
 		 429 aa  566  1e-160  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0404344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2253  putative capsule polysaccharide export protein  60.28 
 
 		 428 aa  493  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.724395 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1558  capsule polysaccharide biosynthesis  55.58 
 
 		 440 aa  464  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.394249  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3013  capsule polysaccharide modification protein  37.35 
 
 		 436 aa  240  4e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2620  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.35 
 
 		 436 aa  240  4e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2538  capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.59 
 
 		 435 aa  224  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.157988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2466  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.94 
 
 		 435 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.10918 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2118  capsule polysaccharide biosynthesis protein  36.97 
 
 		 443 aa  223  4.9999999999999996e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.107224  normal  0.128982 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2761  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.85 
 
 		 435 aa  223  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.125812 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0947  capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.83 
 
 		 435 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1536  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.77 
 
 		 408 aa  219  1e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1285  capsule polysaccharide biosynthesis  37.59 
 
 		 404 aa  213  5.999999999999999e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0193  capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.27 
 
 		 440 aa  212  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1483  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  35.22 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3913  capsule polysaccharide biosynthesis protein  31.36 
 
 		 439 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5947  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.14 
 
 		 420 aa  209  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2596  capsule polysaccharide biosynthesis  33.25 
 
 		 413 aa  208  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.322338  normal  0.0183226 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2454  capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.62 
 
 		 420 aa  208  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.7295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4290  capsular polysaccharide biosynthesis protein  32.06 
 
 		 434 aa  206  8e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1939  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  34.76 
 
 		 455 aa  204  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.706767  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2330  capsule polysaccharide biosynthesis  33.07 
 
 		 440 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3224  polysialic acid capsule biosynthesis protein KpsS  32.24 
 
 		 401 aa  197  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3274  capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.65 
 
 		 429 aa  196  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3238  capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.65 
 
 		 400 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.333462  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3289  capsular polysaccharide export protein  32.65 
 
 		 435 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0319  capsular polysaccharide export protein KpsS  30.25 
 
 		 392 aa  195  1e-48  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02769  hypothetical protein  31.99 
 
 		 410 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000176543  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1338  WcbO  32.92 
 
 		 401 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02819  KpsS protein  31.99 
 
 		 410 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000140465  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1064  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  32.4 
 
 		 400 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2292  capsule polysaccharide biosynthesis/export protein. putative  32.4 
 
 		 400 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.672177  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2169  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  32.4 
 
 		 435 aa  193  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.350252  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3870  capsule polysaccharide biosynthesis  32.08 
 
 		 401 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0323  capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.5 
 
 		 452 aa  190  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0779  capsule polysaccharide biosynthesis  31.83 
 
 		 401 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1746  capsule polysaccharide export protein KpsS  31.52 
 
 		 395 aa  189  8e-47  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0296  capsule polysaccharide biosynthesis  31.83 
 
 		 401 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.343369  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1600  capsule polysaccharide export protein KpsS  30.75 
 
 		 394 aa  189  1e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.105015  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1412  capsule polysaccharide export protein KpsS  31.01 
 
 		 394 aa  188  1e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.416429  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0748  capsule polysaccharide biosynthesis protein  31.84 
 
 		 402 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1303  capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.4 
 
 		 444 aa  186  7e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1149  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  33.59 
 
 		 402 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0890377  normal  0.994993 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4291  capsular polysaccharide biosynthesis protein  30.6 
 
 		 450 aa  182  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0642  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  31.77 
 
 		 407 aa  173  3.9999999999999995e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.696628  normal  0.841432 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0536  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  31.02 
 
 		 368 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.260916  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2753  capsule polysaccharide biosynthesis  29.38 
 
 		 443 aa  167  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2615  capsule polysaccharide biosynthesis protein  29.75 
 
 		 462 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5737  capsule polysaccharide modification protein  30.45 
 
 		 461 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4943  capsule polysaccharide biosynthesis  32.79 
 
 		 438 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2215  capsule polysaccharide protein KpsS-like  30.47 
 
 		 650 aa  145  1e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.495619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0464  capsule polysaccharide protein KpsS-like  29.92 
 
 		 672 aa  143  7e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0858219  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001786  phosphoribosylamine-glycine ligase  27.84 
 
 		 420 aa  80.9  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02587  Capsule polysaccharide biosynthesis  29.82 
 
 		 417 aa  47  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0511504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>