62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6177 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6177  capsule polysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 399 aa  822    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7396  capsule polysaccharide biosynthesis  87.72 
 
 		 399 aa  724    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.436422 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5909  capsule polysaccharide biosynthesis protein  97.99 
 
 		 399 aa  806    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635785  normal  0.752817 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3268  capsule polysaccharide biosynthesis protein  63.52 
 
 		 398 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3217  capsule polysaccharide biosynthesis protein  63.03 
 
 		 398 aa  511  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3256  capsule polysaccharide biosynthesis protein  63.28 
 
 		 398 aa  513  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1356  capsule polysaccharide biosynthesis protein  63.69 
 
 		 359 aa  450  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3272  capsule polysaccharide biosynthesis protein  55.7 
 
 		 400 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1338  WcbO  26.32 
 
 		 401 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1514  capsule polysaccharide biosynthesis  34.35 
 
 		 381 aa  67  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3224  polysialic acid capsule biosynthesis protein KpsS  26.86 
 
 		 401 aa  66.6  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02819  KpsS protein  26.86 
 
 		 410 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000140465  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02769  hypothetical protein  26.86 
 
 		 410 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000176543  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02587  Capsule polysaccharide biosynthesis  25.96 
 
 		 417 aa  64.7  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0511504  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0642  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  23.84 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.696628  normal  0.841432 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0296  capsule polysaccharide biosynthesis  29.74 
 
 		 401 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.343369  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2454  capsule polysaccharide biosynthesis protein  26.02 
 
 		 420 aa  57.4  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.7295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2330  capsule polysaccharide biosynthesis  33.85 
 
 		 440 aa  57  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5947  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  27.17 
 
 		 420 aa  57  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0779  capsule polysaccharide biosynthesis  29.74 
 
 		 401 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1303  capsule polysaccharide biosynthesis protein  27.62 
 
 		 444 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1149  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  37.1 
 
 		 402 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0890377  normal  0.994993 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0748  capsule polysaccharide biosynthesis protein  31.71 
 
 		 402 aa  53.5  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3068  capsule polysaccharide biosynthesis  34.19 
 
 		 433 aa  52.8  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2118  capsule polysaccharide biosynthesis protein  25.52 
 
 		 443 aa  52.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.107224  normal  0.128982 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0947  capsule polysaccharide biosynthesis protein  28.69 
 
 		 435 aa  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2215  capsule polysaccharide protein KpsS-like  29.69 
 
 		 650 aa  51.6  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.495619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2169  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  32.79 
 
 		 435 aa  51.6  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.350252  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3289  capsular polysaccharide export protein  32.79 
 
 		 435 aa  51.6  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2292  capsule polysaccharide biosynthesis/export protein. putative  32.12 
 
 		 400 aa  51.6  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.672177  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3274  capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.79 
 
 		 429 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4943  capsule polysaccharide biosynthesis  29.37 
 
 		 438 aa  51.2  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3238  capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.12 
 
 		 400 aa  51.6  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.333462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1064  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  32.12 
 
 		 400 aa  51.6  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0536  capsule polysaccharide biosynthesis/putative export protein  32.12 
 
 		 368 aa  51.2  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.260916  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5737  capsule polysaccharide modification protein  35 
 
 		 461 aa  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1569  hypothetical protein  32.5 
 
 		 455 aa  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0323  capsule polysaccharide biosynthesis protein  29.41 
 
 		 452 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1483  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  29.75 
 
 		 422 aa  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1399  capsule polysaccharide biosynthesis protein  23.33 
 
 		 602 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1939  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  31.71 
 
 		 455 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.706767  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0193  capsule polysaccharide biosynthesis protein  31.45 
 
 		 440 aa  48.9  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4290  capsular polysaccharide biosynthesis protein  30.15 
 
 		 434 aa  48.1  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2761  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  26.58 
 
 		 435 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.125812 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2538  capsule polysaccharide biosynthesis protein  26.58 
 
 		 435 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.157988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2466  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  28.33 
 
 		 435 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.10918 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1412  capsule polysaccharide export protein KpsS  35.77 
 
 		 394 aa  47.8  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.416429  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1600  capsule polysaccharide export protein KpsS  35.29 
 
 		 394 aa  47  0.0006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.105015  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1536  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  28.33 
 
 		 408 aa  46.6  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001786  phosphoribosylamine-glycine ligase  28 
 
 		 420 aa  46.6  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0464  capsule polysaccharide protein KpsS-like  29.66 
 
 		 672 aa  46.2  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0858219  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3870  capsule polysaccharide biosynthesis  30.5 
 
 		 401 aa  45.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3913  capsule polysaccharide biosynthesis protein  24.52 
 
 		 439 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2453  capsule polysaccharide biosynthesis protein  31.62 
 
 		 513 aa  44.7  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.993176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3223  polysialic acid capsule polysaccharide export protein KpsC  34.62 
 
 		 677 aa  44.7  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1746  capsule polysaccharide export protein KpsS  34.96 
 
 		 395 aa  43.9  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2620  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.5 
 
 		 436 aa  44.3  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3013  capsule polysaccharide modification protein  32.5 
 
 		 436 aa  44.3  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0612  putative polysaccharide export protein  28.83 
 
 		 326 aa  43.9  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.976208  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02818  Capsule polysaccharide export protein KpsC  34.62 
 
 		 675 aa  43.5  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000081315  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02768  hypothetical protein  34.62 
 
 		 675 aa  43.5  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000859987  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1314  Capsule polysaccharide biosynthesis protein  32.17 
 
 		 657 aa  43.1  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>