60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1258 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 96 aa  193  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  78.26 
 
 		 101 aa  147  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  79.12 
 
 		 96 aa  147  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  77.17 
 
 		 101 aa  143  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  75 
 
 		 96 aa  139  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  75.56 
 
 		 97 aa  139  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  75.56 
 
 		 97 aa  139  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  71.74 
 
 		 97 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  74.44 
 
 		 97 aa  137  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  76.74 
 
 		 95 aa  136  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  71.74 
 
 		 97 aa  134  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  69.57 
 
 		 98 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  74.67 
 
 		 78 aa  114  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  72 
 
 		 78 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  54.55 
 
 		 91 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  47.19 
 
 		 94 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  42 
 
 		 110 aa  71.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  45.12 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  55.93 
 
 		 117 aa  70.9  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  45.98 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  44 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 84 aa  50.8  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 79 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4807  Fis family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 154 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 163 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 72 aa  43.9  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0640  transcriptional regulator, XRE family  23.4 
 
 		 104 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.215553  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 77 aa  43.5  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 90 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.23 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 78 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 78 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 78 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 91 aa  42  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  30.38 
 
 		 216 aa  42  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  43.4 
 
 		 194 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  26.88 
 
 		 114 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  26.88 
 
 		 114 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.51 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 90 aa  40.4  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  26.14 
 
 		 333 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  26.14 
 
 		 333 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 67 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 154 aa  40.4  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 86 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 76 aa  40.4  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 74 aa  40.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 81 aa  40  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  34.33 
 
 		 154 aa  40  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>