56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2729 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  96.91 
 
 
97 aa  191  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  96.91 
 
 
97 aa  190  5e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  77.32 
 
 
98 aa  158  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  77.32 
 
 
97 aa  157  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  83.33 
 
 
96 aa  157  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  80 
 
 
101 aa  157  7e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  82.22 
 
 
96 aa  153  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  77.89 
 
 
101 aa  152  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  80.9 
 
 
95 aa  149  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  75.56 
 
 
96 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  84.62 
 
 
78 aa  136  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  79.49 
 
 
78 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  53.41 
 
 
91 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  51.81 
 
 
94 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  45.16 
 
 
110 aa  77.8  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  47.13 
 
 
91 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  43.82 
 
 
117 aa  73.9  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 
98 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  53.97 
 
 
90 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 
98 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  47.76 
 
 
107 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  57.41 
 
 
82 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  34.12 
 
 
146 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  37.68 
 
 
102 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 
84 aa  49.7  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 
93 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 
72 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 
81 aa  48.5  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 
72 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 
72 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 
77 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.5 
 
 
113 aa  45.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
78 aa  44.7  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4807  Fis family transcriptional regulator  35.23 
 
 
154 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
74 aa  44.7  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
76 aa  44.3  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
154 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
76 aa  42.7  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  34.85 
 
 
154 aa  43.5  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 
79 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  30.49 
 
 
230 aa  42.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 
333 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 
333 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 
79 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 
95 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
72 aa  42.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
78 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
78 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0640  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 
104 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.215553  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  31.03 
 
 
163 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  38.89 
 
 
113 aa  40.8  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
76 aa  40.4  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
76 aa  40  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>