55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2616 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 97 aa  195  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  96.91 
 
 		 97 aa  191  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  96.91 
 
 		 97 aa  191  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  93.81 
 
 		 97 aa  187  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  83.33 
 
 		 96 aa  157  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  80 
 
 		 101 aa  157  6e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  75.26 
 
 		 98 aa  157  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  75.26 
 
 		 97 aa  156  8e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  77.89 
 
 		 101 aa  152  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  80 
 
 		 96 aa  152  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  80.9 
 
 		 95 aa  149  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  71.74 
 
 		 96 aa  138  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  82.05 
 
 		 78 aa  134  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  76.92 
 
 		 78 aa  128  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  51.14 
 
 		 91 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  49.4 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 110 aa  79  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  47.13 
 
 		 91 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  48.68 
 
 		 117 aa  73.9  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 98 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 82 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  41.89 
 
 		 107 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 146 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 93 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 81 aa  48.9  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 77 aa  47  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 72 aa  47  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.5 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 78 aa  44.3  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 154 aa  43.9  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 76 aa  43.5  0.0009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4807  Fis family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 154 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 76 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  33.33 
 
 		 154 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 230 aa  42  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 163 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 78 aa  41.2  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 78 aa  41.2  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0640  transcriptional regulator, XRE family  26.32 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.215553  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 199 aa  40.8  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 76 aa  40.4  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  37.04 
 
 		 113 aa  40.4  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 76 aa  40  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>