68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1935 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 
102 aa  206  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  76.34 
 
 
93 aa  151  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  47.69 
 
 
94 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  47.06 
 
 
84 aa  60.8  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 
95 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 
97 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 
91 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
96 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  37.88 
 
 
96 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 
97 aa  52.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  36.23 
 
 
97 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 
98 aa  52.4  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 
97 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 
97 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  34.78 
 
 
96 aa  51.6  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 
101 aa  50.8  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
101 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 
85 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
95 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  41.89 
 
 
233 aa  50.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  41.89 
 
 
233 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  38.81 
 
 
110 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 
84 aa  49.3  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  40 
 
 
117 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  32.43 
 
 
101 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
79 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  33.33 
 
 
154 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  40.98 
 
 
68 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 
97 aa  44.7  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  28.95 
 
 
91 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 
806 aa  43.9  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
68 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
68 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
68 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
72 aa  43.5  0.0009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  40.91 
 
 
81 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 
97 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  28.09 
 
 
90 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
72 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 
106 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 
81 aa  43.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
78 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  38 
 
 
78 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  29.33 
 
 
99 aa  42.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  29.33 
 
 
99 aa  42.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 
112 aa  42.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 
90 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  29.33 
 
 
99 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 
97 aa  42  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  28.77 
 
 
98 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
72 aa  41.6  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
154 aa  41.6  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  30.88 
 
 
107 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 
72 aa  41.6  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 
252 aa  41.2  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
80 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 
72 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 
101 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 
255 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3387  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
93 aa  40.8  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 
67 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  42.42 
 
 
107 aa  40.8  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 
108 aa  40.4  0.008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 
256 aa  40.4  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
120 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 
84 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 
131 aa  40  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4807  Fis family transcriptional regulator  35.44 
 
 
154 aa  40  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>