32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2246 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  100 
 
 		 117 aa  229  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 110 aa  78.2  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  54.69 
 
 		 101 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  46.84 
 
 		 97 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  46.84 
 
 		 97 aa  73.9  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 97 aa  73.9  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  55.56 
 
 		 97 aa  73.6  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 96 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  47.5 
 
 		 96 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  47.5 
 
 		 96 aa  73.6  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  58.33 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 98 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 95 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 97 aa  72  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 98 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 91 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  51.52 
 
 		 78 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  37.93 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  48.44 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  58 
 
 		 78 aa  63.9  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 82 aa  62  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  49.15 
 
 		 91 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  50 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 95 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 81 aa  45.4  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 72 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  29.85 
 
 		 146 aa  40.8  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>