51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1619 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 93 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  76.34 
 
 		 102 aa  151  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  38.46 
 
 		 94 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 95 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 91 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  36.23 
 
 		 97 aa  50.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  42.65 
 
 		 84 aa  50.4  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  34.85 
 
 		 96 aa  50.4  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  41.89 
 
 		 233 aa  49.7  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  34.85 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 91 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  34.85 
 
 		 98 aa  49.7  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  41.89 
 
 		 233 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  34.78 
 
 		 96 aa  49.7  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 95 aa  47.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 97 aa  47  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  35.82 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 84 aa  45.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  35.8 
 
 		 117 aa  44.3  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  29.73 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 72 aa  42.7  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2016  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0921  Tn916, transcriptional regulator, putative  39.29 
 
 		 117 aa  42.4  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  29.55 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  32.18 
 
 		 154 aa  41.2  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 85 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  28 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.62 
 
 		 315 aa  41.2  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  28 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 78 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 70 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 220 aa  40.8  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  42.42 
 
 		 107 aa  41.2  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3365  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 67 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0023  transcriptional regulator  36 
 
 		 87 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0153  transcriptional regulator  36 
 
 		 64 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 72 aa  40  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 97 aa  40  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 78 aa  40  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>