64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6378 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  100 
 
 		 110 aa  219  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  46.74 
 
 		 94 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  48.39 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  48.31 
 
 		 96 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  45.16 
 
 		 97 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  56.52 
 
 		 91 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  45.16 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 97 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  47.19 
 
 		 96 aa  77.8  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  44.09 
 
 		 97 aa  77.4  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  50.72 
 
 		 91 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  48.78 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 101 aa  73.6  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  46.59 
 
 		 101 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 98 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 82 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 95 aa  70.9  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  51.39 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  44.16 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  51.39 
 
 		 78 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 146 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 84 aa  53.9  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 163 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  45.59 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 102 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 95 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 79 aa  47.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 68 aa  47.4  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 68 aa  47.4  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 68 aa  47.4  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  43.28 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 		 90 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 78 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  43.08 
 
 		 68 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 69 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 69 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 69 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  37.31 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4807  Fis family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 154 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 79 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 74 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  38.24 
 
 		 154 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  42.42 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 83 aa  41.2  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 110 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 230 aa  41.2  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 76 aa  40.8  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 233 aa  40.8  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 100 aa  40.4  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 71 aa  40.4  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 71 aa  40.4  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 154 aa  40.4  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>