21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4468 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 163 aa  328  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4807  Fis family transcriptional regulator  40 
 
 		 154 aa  98.2  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  35.76 
 
 		 146 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 110 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  38.75 
 
 		 107 aa  47.8  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  34.44 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  29.55 
 
 		 91 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  30.53 
 
 		 96 aa  44.3  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 96 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  30.68 
 
 		 98 aa  43.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  34.15 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  42.4  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  32.18 
 
 		 97 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 74 aa  42  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 101 aa  41.6  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 101 aa  41.2  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 97 aa  41.2  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 97 aa  41.2  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 97 aa  40.8  0.008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>