56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1341 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1341  anti-sigma-28 factor, FlgM  100 
 
 		 105 aa  206  7e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3091  anti-sigma-28 factor, FlgM  65.77 
 
 		 111 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1336  anti-sigma-28 factor, FlgM  61.11 
 
 		 105 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.156466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1593  anti-sigma-28 factor, FlgM  59.81 
 
 		 109 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.776768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3254  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  51.43 
 
 		 106 aa  97.4  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2322  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  54.63 
 
 		 111 aa  96.7  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.485828  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2601  anti-sigma-28 factor, FlgM  57.55 
 
 		 107 aa  92.8  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1412  anti-sigma-28 factor, FlgM  55.24 
 
 		 107 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2951  anti-sigma-28 factor, FlgM  55.24 
 
 		 107 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232172  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2966  anti-sigma-28 factor, FlgM  55.24 
 
 		 107 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.968675  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3104  anti-sigma-28 factor, FlgM  55.24 
 
 		 107 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1157  anti-sigma-28 factor, FlgM  58.1 
 
 		 109 aa  85.5  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.908831  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1325  anti-sigma-28 factor, FlgM  54.29 
 
 		 108 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1317  anti-sigma-28 factor, FlgM  53.33 
 
 		 108 aa  83.6  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.293254 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1255  anti-sigma-28 factor, FlgM  53.33 
 
 		 108 aa  83.6  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1299  anti-sigma-28 factor, FlgM  55.24 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1472  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  41.18 
 
 		 102 aa  67.8  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4255  anti-sigma-28 factor, FlgM  38.68 
 
 		 108 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1066  anti-sigma-28 factor, FlgM  50.82 
 
 		 104 aa  67.4  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0281674  normal  0.0736729 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3488  anti-sigma-28 factor, FlgM  36.45 
 
 		 104 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.840831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1796  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  39.8 
 
 		 107 aa  61.2  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1174  anti-sigma-28 factor, FlgM  32.08 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353424  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3736  anti-sigma-28 factor, FlgM  34 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20730  hypothetical protein  34.86 
 
 		 107 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3956  anti-sigma-28 factor, FlgM  34.31 
 
 		 104 aa  57  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2854  anti-sigma-28 factor, FlgM  35.19 
 
 		 111 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.530474  normal  0.232099 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1779  hypothetical protein  32.71 
 
 		 107 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4395  anti-sigma-28 factor, FlgM  34.62 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1459  anti-sigma-28 factor, FlgM  34.62 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01280  hypothetical protein  42.67 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1925  negative regulator of flagellin synthesis FlgM, putative  34.41 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.434044  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004177  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  41.33 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3104  anti-sigma-28 factor, FlgM  43.06 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534727  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5623  anti-sigma-28 factor, FlgM  39.58 
 
 		 102 aa  48.9  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0524  anti-sigma-28 factor, FlgM  31.4 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02934  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  41.94 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.663161  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0969  hypothetical protein  43.14 
 
 		 106 aa  47.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0939  hypothetical protein  43.14 
 
 		 106 aa  47.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1213  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  30.56 
 
 		 103 aa  47  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2684  anti-sigma-28 factor, FlgM  46 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.41781  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1658  anti-sigma-28 factor, FlgM  31.33 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.842806 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4667  hypothetical protein  43.48 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0363272 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0889  anti-sigma-28 factor, FlgM  25.88 
 
 		 106 aa  46.2  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0850823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1790  anti-sigma-28 factor, FlgM  36.84 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1639  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  34.12 
 
 		 98 aa  44.3  0.0006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.220328  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2185  flgM family protein  31.58 
 
 		 102 aa  44.3  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0077  hypothetical protein  25.26 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1478  anti-sigma-28 factor, FlgM  35.85 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2246  anti-sigma-28 factor, FlgM  40.35 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.725172  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000742  LfgM  39.53 
 
 		 93 aa  42  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04907  hypothetical protein  39.53 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0747  hypothetical protein  31.51 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1622  hypothetical protein  29.89 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.416481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3373  anti-sigma-28 factor, FlgM  46.81 
 
 		 92 aa  40.4  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1541  anti-sigma-28 factor, FlgM  33.33 
 
 		 104 aa  40.4  0.009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0261  lateral flagellar anti-sigma factor 28 protein LfgM  46.81 
 
 		 92 aa  40  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>