49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3254 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3254  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  100 
 
 		 106 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1255  anti-sigma-28 factor, FlgM  93.4 
 
 		 108 aa  176  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1317  anti-sigma-28 factor, FlgM  93.4 
 
 		 108 aa  176  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.293254 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1325  anti-sigma-28 factor, FlgM  93.4 
 
 		 108 aa  176  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2601  anti-sigma-28 factor, FlgM  82.24 
 
 		 107 aa  147  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1412  anti-sigma-28 factor, FlgM  80.37 
 
 		 107 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2951  anti-sigma-28 factor, FlgM  80.37 
 
 		 107 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232172  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2966  anti-sigma-28 factor, FlgM  80.37 
 
 		 107 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.968675  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3104  anti-sigma-28 factor, FlgM  80.37 
 
 		 107 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2322  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  59.81 
 
 		 111 aa  114  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.485828  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3091  anti-sigma-28 factor, FlgM  55.86 
 
 		 111 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1593  anti-sigma-28 factor, FlgM  52.78 
 
 		 109 aa  105  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.776768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1299  anti-sigma-28 factor, FlgM  60.95 
 
 		 107 aa  103  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1336  anti-sigma-28 factor, FlgM  52.38 
 
 		 105 aa  102  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.156466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1157  anti-sigma-28 factor, FlgM  62.26 
 
 		 109 aa  101  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.908831  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1341  anti-sigma-28 factor, FlgM  51.43 
 
 		 105 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1472  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  46.6 
 
 		 102 aa  77.8  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3488  anti-sigma-28 factor, FlgM  33.01 
 
 		 104 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.840831  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1925  negative regulator of flagellin synthesis FlgM, putative  33.98 
 
 		 104 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.434044  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4255  anti-sigma-28 factor, FlgM  35.51 
 
 		 108 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3956  anti-sigma-28 factor, FlgM  36.89 
 
 		 104 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4395  anti-sigma-28 factor, FlgM  36.89 
 
 		 104 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1459  anti-sigma-28 factor, FlgM  36.89 
 
 		 104 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1779  hypothetical protein  36.45 
 
 		 107 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1796  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  40.66 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20730  hypothetical protein  35.85 
 
 		 107 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3736  anti-sigma-28 factor, FlgM  33.98 
 
 		 103 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1066  anti-sigma-28 factor, FlgM  46.55 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0281674  normal  0.0736729 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2854  anti-sigma-28 factor, FlgM  32.73 
 
 		 111 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.530474  normal  0.232099 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01280  hypothetical protein  39.74 
 
 		 104 aa  57  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004177  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  38.96 
 
 		 104 aa  55.5  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1174  anti-sigma-28 factor, FlgM  28.12 
 
 		 108 aa  52.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353424  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3104  anti-sigma-28 factor, FlgM  45 
 
 		 108 aa  47  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534727  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02934  negative regulator of flagellin synthesis FlgM  45 
 
 		 109 aa  47  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.663161  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0889  anti-sigma-28 factor, FlgM  28 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0850823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0674  anti-sigma-28 factor, FlgM  43.4 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.054608 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1909  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  27.87 
 
 		 101 aa  44.7  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.555559  normal  0.158939 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1639  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  44.23 
 
 		 98 aa  43.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.220328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1213  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  29.41 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0638  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  36.07 
 
 		 101 aa  42.7  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5623  anti-sigma-28 factor, FlgM  53.66 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1541  anti-sigma-28 factor, FlgM  56.25 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2684  anti-sigma-28 factor, FlgM  41.18 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.41781  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0303  anti-sigma-28 factor, FlgM  32 
 
 		 90 aa  41.2  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0524  anti-sigma-28 factor, FlgM  40 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3732  anti-sigma-28 factor FlgM  48.78 
 
 		 126 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0922  anti-sigma-28 factor, FlgM  30 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0747  hypothetical protein  53.57 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0245  anti-sigma-28 factor, FlgM  29.41 
 
 		 99 aa  40.4  0.009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>