More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2912 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  99.24 
 
 		 296 aa  270  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  99.24 
 
 		 296 aa  270  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  99.24 
 
 		 296 aa  270  5.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  99.24 
 
 		 296 aa  270  5.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  99.24 
 
 		 296 aa  270  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  99.24 
 
 		 296 aa  270  5.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  98.48 
 
 		 297 aa  269  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  98.48 
 
 		 296 aa  268  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2912  Hca operon transcriptional activator  100 
 
 		 132 aa  268  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.092667  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31650  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 190 aa  76.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 296 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 297 aa  67  0.00000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  31.67 
 
 		 292 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  31.67 
 
 		 292 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  31.67 
 
 		 292 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  31.67 
 
 		 292 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 298 aa  62.4  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 305 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 291 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 305 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 291 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 298 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 296 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 290 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 295 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 304 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 328 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 290 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 290 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 295 aa  60.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 299 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 302 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 302 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 304 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5767  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 275 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 304 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26300  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  58.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 296 aa  58.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 306 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 307 aa  58.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 302 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 302 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  24.19 
 
 		 294 aa  57  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 300 aa  57  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 312 aa  57  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  30.95 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  30.95 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  30.95 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  30.95 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 296 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  30.95 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 302 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 301 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 309 aa  55.1  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 302 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 297 aa  54.7  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 297 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 297 aa  54.3  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  29.17 
 
 		 297 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 297 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  29.93 
 
 		 309 aa  54.3  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 302 aa  53.9  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 317 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4580  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 315 aa  53.5  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.308792  normal  0.669632 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 289 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 295 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4124  transcriptional regulator, LysR family  27.01 
 
 		 299 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0551  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 300 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.863373 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>