36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4620 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4487  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 177 aa  344  4e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422127 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4620  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 177 aa  344  4e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.157225  normal  0.499919 
 
 
-
 
NC_003296  RS01906  hypothetical protein  81.42 
 
 		 180 aa  246  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.610922  normal  0.293874 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3922  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  66.22 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4373  XRE family transcriptional regulator  66.22 
 
 		 123 aa  89  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851296  normal  0.949544 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1622  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 100 aa  55.5  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2252  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 100 aa  55.5  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00411497  normal  0.680338 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6814  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 102 aa  50.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  38.24 
 
 		 105 aa  48.9  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4574  XRE family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 103 aa  47.4  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000193925 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3478  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 115 aa  47.4  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022624 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3380  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 115 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.738813  hitchhiker  0.00256975 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1872  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 115 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.765913  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3247  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 115 aa  45.8  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3350  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 115 aa  45.8  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1291  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 184 aa  45.4  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0600797  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2650  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 113 aa  45.1  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.20024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  44.7  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 187 aa  44.3  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  39.62 
 
 		 383 aa  43.1  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  35.06 
 
 		 181 aa  42.4  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 180 aa  42.4  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 103 aa  42  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5640  XRE family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 64 aa  42  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731345  normal  0.328925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1547  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 102 aa  42  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.358445  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1628  hypothetical protein  31.43 
 
 		 94 aa  41.6  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04053  Transcriptional Regulator, XRE family protein  35.71 
 
 		 106 aa  41.6  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0283  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 99 aa  41.2  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  35 
 
 		 296 aa  41.2  0.007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  39.22 
 
 		 103 aa  41.2  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1574  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 184 aa  41.2  0.007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.844747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 103 aa  41.2  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  39.22 
 
 		 103 aa  41.2  0.007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 642 aa  41.2  0.008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0868  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 179 aa  40.8  0.01  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4801  helix-turn-helix domain protein  51.22 
 
 		 127 aa  40.8  0.01  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>