93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1547 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1547  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 102 aa  201  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.358445  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6814  transcriptional regulator, XRE family  65.35 
 
 		 102 aa  136  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5804  XRE family transcriptional regulator  72.28 
 
 		 101 aa  127  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365754  normal  0.0338567 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0688  XRE family transcriptional regulator  67.44 
 
 		 110 aa  93.6  9e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  53.23 
 
 		 383 aa  63.9  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_003296  RS01906  hypothetical protein  40.48 
 
 		 180 aa  53.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.610922  normal  0.293874 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4487  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 177 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422127 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4620  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 177 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.157225  normal  0.499919 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  39.81 
 
 		 806 aa  52.4  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4570  XRE family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 99 aa  52  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.27714 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3922  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.44 
 
 		 118 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4373  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851296  normal  0.949544 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04053  Transcriptional Regulator, XRE family protein  30.56 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 208 aa  49.3  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  36.23 
 
 		 105 aa  48.9  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  39.19 
 
 		 293 aa  48.5  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 200 aa  47.4  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2252  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00411497  normal  0.680338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1622  transcriptional regulator, XRE family  35.42 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3478  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022624 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3380  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 115 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.738813  hitchhiker  0.00256975 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1872  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 115 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.765913  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 91 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3350  XRE family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3247  XRE family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 91 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3589  helix-turn-helix domain-containing protein  43.86 
 
 		 103 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.165501  normal  0.395198 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1757  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 84 aa  45.1  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.489894  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  41.82 
 
 		 251 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0240  XRE family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 81 aa  44.3  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000370797  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2290  hypothetical protein  34.48 
 
 		 74 aa  43.9  0.0008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 73 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28980  predicted transcriptional regulator  35.42 
 
 		 382 aa  43.5  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.645932 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 187 aa  43.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5258  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 83 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0752  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.596173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0118  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001517  predicted transcriptional regulator  36.67 
 
 		 84 aa  42.7  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000562754  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2426  hypothetical protein  32.76 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4150  hypothetical protein  46.67 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 188 aa  42.4  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 176 aa  42.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 73 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 73 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 111 aa  41.6  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5431  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 110 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716387  normal  0.867638 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1150  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.91 
 
 		 230 aa  42  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000248041  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  35.71 
 
 		 175 aa  41.6  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 120 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 120 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 120 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 188 aa  42  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 68 aa  42  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  42.31 
 
 		 248 aa  42  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 101 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 131 aa  41.2  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 122 aa  41.6  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 191 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 191 aa  41.2  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 124 aa  41.2  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 123 aa  41.2  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1125  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 198 aa  41.2  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20520  DNA binding protein, XRE family  41.67 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 207 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 126 aa  40.8  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1454  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 116 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 143 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  38.81 
 
 		 194 aa  40.8  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 91 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 490 aa  40.4  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 83 aa  40.8  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0777  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 83 aa  40.4  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000109093  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1190  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 79 aa  40.4  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 91 aa  40.4  0.008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 218 aa  40.4  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 224 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 103 aa  40  0.01  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0871  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 170 aa  40  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.56743  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 191 aa  40  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 182 aa  40  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1629  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 66 aa  40  0.01  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>