46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4373 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4373  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 123 aa  244  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851296  normal  0.949544 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3922  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  87.39 
 
 		 118 aa  164  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01906  hypothetical protein  55.56 
 
 		 180 aa  105  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.610922  normal  0.293874 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4620  transcriptional regulator, XRE family  66.22 
 
 		 177 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.157225  normal  0.499919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4487  transcriptional regulator, XRE family  66.22 
 
 		 177 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422127 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1622  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 100 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2252  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 100 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00411497  normal  0.680338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  40.54 
 
 		 105 aa  57.4  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3350  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 115 aa  52  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3247  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 115 aa  52  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3380  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.738813  hitchhiker  0.00256975 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1872  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.765913  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3478  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022624 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6814  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0568  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 304 aa  48.5  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.415819  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1547  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 102 aa  47  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.358445  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1291  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 184 aa  44.7  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0600797  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 112 aa  45.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2650  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 113 aa  44.7  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.20024  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  42 
 
 		 179 aa  44.3  0.0005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0283  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 99 aa  43.9  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4954  hypothetical protein  30.93 
 
 		 314 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4800  hypothetical protein  30.93 
 
 		 314 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  0.457693 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4867  inner membrane protein YjjP  30.93 
 
 		 303 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.573654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4960  hypothetical protein  30.93 
 
 		 314 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1574  XRE family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 184 aa  42.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.844747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  37.25 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  36.17 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0420  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.461361  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 84 aa  41.6  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4901  hypothetical protein  30.93 
 
 		 314 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.528257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1462  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 104 aa  42  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 362 aa  41.2  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3082  transcriptional regulator  43.48 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1916  hypothetical protein  28.57 
 
 		 93 aa  41.2  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1254  putative transcriptional regulator  38.71 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1730  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 184 aa  40.8  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  40.38 
 
 		 383 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  32.08 
 
 		 296 aa  40.4  0.009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0512  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 146 aa  40  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 197 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 306 aa  40.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4574  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 103 aa  40  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000193925 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>