More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2390 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2390  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
222 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2797  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  99.1 
 
 
222 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  81.98 
 
 
222 aa  381  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0162  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  77.03 
 
 
222 aa  355  3.9999999999999996e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2049  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  86.04 
 
 
222 aa  347  8e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0188063  normal  0.429889 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1593  amino acid ABC transporter permease  84.68 
 
 
222 aa  345  4e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.559066  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4411  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  86.04 
 
 
222 aa  343  8.999999999999999e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4159  amino acid ABC transporter permease  78.83 
 
 
222 aa  324  6e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3015  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  77.83 
 
 
221 aa  312  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0156724  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.16 
 
 
224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  44 
 
 
237 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.18 
 
 
233 aa  192  4e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.79 
 
 
235 aa  186  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.199048  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.72 
 
 
221 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.27 
 
 
216 aa  182  2.0000000000000003e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.53 
 
 
216 aa  182  3e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  44.6 
 
 
216 aa  182  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  46.53 
 
 
216 aa  182  3e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.02 
 
 
216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3405  amino acid ABC transporter, permease protein  46.77 
 
 
263 aa  181  6e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.679621  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.04 
 
 
216 aa  181  8.000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0167  amino acid ABC transporter permease  44.24 
 
 
251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.08 
 
 
513 aa  178  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  45.41 
 
 
501 aa  177  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.51 
 
 
227 aa  176  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.972278  normal  0.0193849 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1941  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.84 
 
 
220 aa  175  5e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00173617  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3695  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.06 
 
 
315 aa  174  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538203  normal  0.259206 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1376  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.69 
 
 
223 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000031441  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1460  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.72 
 
 
268 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3276  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.18 
 
 
339 aa  170  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3856  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.39 
 
 
221 aa  169  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.571407  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0984  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.18 
 
 
339 aa  170  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2588  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.82 
 
 
221 aa  169  3e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449362  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.46 
 
 
218 aa  169  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2286  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.94 
 
 
261 aa  169  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000263216 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0742  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.2 
 
 
222 aa  168  5e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0469  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.58 
 
 
220 aa  168  7e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000402789  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2849  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.46 
 
 
215 aa  168  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0467618  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.89 
 
 
226 aa  167  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1919  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
223 aa  168  8e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1819  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.11 
 
 
334 aa  167  9e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3518  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.5 
 
 
218 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2021  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.65 
 
 
337 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.871277  normal  0.573389 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1931  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.93 
 
 
272 aa  166  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000387195  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7225  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  45.15 
 
 
219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3547  amino acid ABC transproter permease protein  37.22 
 
 
222 aa  165  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.443422  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3549  amino acid ABC transproter permease protein  37.22 
 
 
222 aa  165  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.672601  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.15 
 
 
226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.490493  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3235  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.73 
 
 
222 aa  164  8e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0591633  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1474  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.5 
 
 
226 aa  164  8e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0190453  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2935  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.43 
 
 
220 aa  164  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0725  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.5 
 
 
226 aa  164  9e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.164359  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0123  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.35 
 
 
321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3743  amino acid ABC transporter permease  42.47 
 
 
217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.870157  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1230  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44 
 
 
226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2368  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.72 
 
 
226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0338  amino acid ABC transport system, permease  41.98 
 
 
269 aa  162  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0145734  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0904  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.04 
 
 
246 aa  162  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4923  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.55 
 
 
226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00235984 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2856  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.76 
 
 
223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0415  putative amino acid ABC transporter, permease protein  40.58 
 
 
230 aa  161  6e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3699  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.44 
 
 
221 aa  161  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.09 
 
 
222 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.5 
 
 
320 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4903  putative amino acid ABC transporter, permease protein  40.1 
 
 
230 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2491  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.93 
 
 
335 aa  159  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  41.09 
 
 
222 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5023  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  42 
 
 
320 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0963279  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4897  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42 
 
 
320 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.09 
 
 
222 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0234  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.07 
 
 
221 aa  159  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2807  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.25 
 
 
217 aa  159  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.12 
 
 
221 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42 
 
 
320 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3951  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.2 
 
 
221 aa  159  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.365778 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1548  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  41.33 
 
 
219 aa  158  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0230  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.08 
 
 
221 aa  158  7e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1570  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.74 
 
 
219 aa  158  7e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.324967 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2685  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.57 
 
 
225 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.310396  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  40.89 
 
 
319 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1433  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  41.67 
 
 
225 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.904932 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0582  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  37.73 
 
 
223 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0568  amino acid ABC transporter permease  38.22 
 
 
223 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0352  amino acid ABC transproter, permease  40.57 
 
 
291 aa  156  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0639  amino acid ABC transporter, permease protein  42.72 
 
 
226 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.304387  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1293  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.38 
 
 
360 aa  156  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0697282  normal  0.837718 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.1 
 
 
492 aa  156  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5743  putative amino acid ABC transporter permease  40.57 
 
 
269 aa  156  3e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0688  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.56 
 
 
232 aa  156  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.452276  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0208  amino acid ABC transporter, permease protein  42.29 
 
 
218 aa  155  4e-37  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0724  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.62 
 
 
241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0342  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.28 
 
 
219 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0799  amino acid ABC transporter, permease protein  39.81 
 
 
266 aa  155  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5181  cystine ABC transporter, permease protein, putative  40.47 
 
 
222 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3584  amino acid ABC transporter permease  39.39 
 
 
223 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.495139  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4596  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.89 
 
 
304 aa  154  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0614805 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1530  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.38 
 
 
225 aa  154  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692251  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2008  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.93 
 
 
222 aa  154  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0198583  decreased coverage  0.00681365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0357  amino acid ABC transporter permease  40.47 
 
 
222 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3497  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.87 
 
 
215 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>