113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4334 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4334  4Fe-4S ferredoxin  100 
 
 
111 aa  231  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.833828  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5001  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  64.44 
 
 
98 aa  134  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000620576  normal  0.363374 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1896  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  57.14 
 
 
109 aa  130  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5008  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  46.3 
 
 
113 aa  123  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.308235  normal  0.685027 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4871  putative ferrodoxin  53.33 
 
 
106 aa  119  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.419636  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0547  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  48.57 
 
 
107 aa  111  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1388  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  50.55 
 
 
118 aa  105  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0307097  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3156  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  49.47 
 
 
135 aa  104  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.247179  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2580  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  41.96 
 
 
135 aa  100  6e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2625  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.96 
 
 
135 aa  100  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0538354  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3481  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  51.65 
 
 
111 aa  100  6e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2619  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.07 
 
 
135 aa  99  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3288  putative ferrodoxin  46.07 
 
 
125 aa  95.9  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.197637 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21920  4Fe-4S ferredoxin protein  38.46 
 
 
130 aa  89.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3084  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.35 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0358039 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0373  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.35 
 
 
169 aa  48.9  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2364  protein of unknown function DUF362  33.9 
 
 
376 aa  48.9  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0087  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.46 
 
 
114 aa  47  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803989  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0085  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.21 
 
 
840 aa  47  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0380  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  41.51 
 
 
71 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1174  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  36.07 
 
 
209 aa  45.4  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  39.62 
 
 
369 aa  46.2  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1885  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.48 
 
 
1016 aa  46.2  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0985  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36 
 
 
356 aa  46.2  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1441  ferredoxin family protein  36.11 
 
 
94 aa  44.7  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722291  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0278  hypothetical protein  35.19 
 
 
268 aa  44.7  0.0005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2121  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  31.91 
 
 
335 aa  44.3  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.412453  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1636  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  37.31 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5623  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.31 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.147371  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1662  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.31 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128776  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0485  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.31 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.251159  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1224  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.33 
 
 
118 aa  42.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.910611 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3467  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.09 
 
 
699 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0324842  normal  0.270074 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0432  hypothetical protein  29.73 
 
 
265 aa  43.1  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1609  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.31 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.170259  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2240  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.31 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0164643  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0570  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.31 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.193823  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0668  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.31 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0588  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.48 
 
 
694 aa  43.5  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0895503  normal  0.0578993 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0589  hypothetical protein  38.46 
 
 
385 aa  43.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000367442  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2794  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.09 
 
 
687 aa  43.5  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1006  ferredoxin  33.33 
 
 
268 aa  42.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.110987 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2016  electron transport complex protein RnfB  33.87 
 
 
188 aa  42.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1604  NADP-reducing hydrogenase chain C  36.54 
 
 
486 aa  42.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1634  NADP-reducing hydrogenase chain C  36.54 
 
 
486 aa  42.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000096005  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1844  NADP-reducing hydrogenase chain C  36.54 
 
 
486 aa  42.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0971  ferredoxin  33.33 
 
 
282 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.552455  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2365  ferredoxin  33.33 
 
 
339 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0018  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.33 
 
 
93 aa  42.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0689181  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88630  mitochondrial complex I NUIM TYKY subunit (proton translocation)  30.86 
 
 
226 aa  42.7  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.970128  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3079  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.94 
 
 
670 aa  42.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2245  ferredoxin  33.33 
 
 
341 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.666336 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0967  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.93 
 
 
69 aa  42.7  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0232771  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03080  hypothetical protein  35.42 
 
 
377 aa  42.4  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5668  ferredoxin  33.33 
 
 
334 aa  41.6  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0553  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit F  31.4 
 
 
436 aa  41.6  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.238228  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1403  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.75 
 
 
92 aa  42  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0826775  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0872  ferredoxin  33.33 
 
 
276 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.349751 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1481  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.14 
 
 
73 aa  42  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.859312  normal  0.859235 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0937  ferredoxin  33.33 
 
 
276 aa  41.6  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0647122 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2155  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  33.85 
 
 
196 aa  41.6  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2894  electron transport complex protein RnfB  30.65 
 
 
178 aa  41.6  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0537  electron transport complex protein RnfB  33.33 
 
 
195 aa  41.6  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.05126  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1786  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  37.7 
 
 
192 aa  41.6  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1490  nitroreductase  39.34 
 
 
275 aa  41.2  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.628384  normal  0.490077 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1641  nitroreductase  29.03 
 
 
272 aa  41.6  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0708  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  26.32 
 
 
153 aa  41.6  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  hitchhiker  0.00573386  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2592  NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit  30.16 
 
 
134 aa  41.2  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0689  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  32.26 
 
 
181 aa  41.2  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0763573  normal  0.50038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1077  NADH dehydrogenase subunit I  28.7 
 
 
162 aa  41.2  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.280148 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1206  NADH dehydrogenase subunit I  28.7 
 
 
162 aa  41.2  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05770  conserved hypothetical protein  27.62 
 
 
273 aa  40.8  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0989  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.79 
 
 
68 aa  40.8  0.006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1212  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.29 
 
 
655 aa  40.8  0.006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0549  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.54 
 
 
72 aa  40.8  0.006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.116211 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0092  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.37 
 
 
1013 aa  40.8  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1011  NADH dehydrogenase subunit I  27.78 
 
 
162 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210818  normal  0.566427 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1023  ferredoxin  31.82 
 
 
290 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0842  ferredoxin  31.82 
 
 
290 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.736914  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1184  ferredoxin  31.82 
 
 
290 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0306  ferredoxin  31.82 
 
 
290 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  28.79 
 
 
677 aa  40.8  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2096  ferredoxin  31.82 
 
 
291 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.12693 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1871  electron transport complex protein RnfB  35.59 
 
 
194 aa  40.8  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00186515  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3647  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.48 
 
 
268 aa  40.4  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1930  ferredoxin  31.82 
 
 
316 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1337  ferredoxin  31.82 
 
 
316 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3310  ferredoxin  30.3 
 
 
279 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0311  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.69 
 
 
404 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1139  2-oxoglutarate-acceptor oxidoreductase subunit OorD  28.92 
 
 
102 aa  40.4  0.008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2063  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.55 
 
 
385 aa  40.4  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000008917  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0314  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.69 
 
 
404 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1418  glycyl-radical activating family protein  30.38 
 
 
315 aa  40.4  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2051  NADH dehydrogenase subunit I  28.44 
 
 
162 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100158  normal  0.722093 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0140  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  29.63 
 
 
867 aa  40.4  0.008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  7.0838e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3233  electron transport complex protein RnfB  32.26 
 
 
183 aa  40.4  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0315  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.69 
 
 
404 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_14260  predicted protein  31.33 
 
 
163 aa  40.4  0.008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2239  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.79 
 
 
673 aa  40.4  0.008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.350238  normal  0.0521387 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1921  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  27.96 
 
 
153 aa  40.4  0.008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.160971  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>