More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1418 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1418  glycyl-radical activating family protein  100 
 
 		 315 aa  655    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3281  radical-activating enzyme  61.9 
 
 		 320 aa  414  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4904  glycyl-radical enzyme activating protein family  59.56 
 
 		 327 aa  383  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3277  glycyl-radical activating family protein  60.32 
 
 		 318 aa  379  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1358  glycyl-radical enzyme activating protein family  58.9 
 
 		 310 aa  359  4e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3544  glycyl-radical enzyme activating protein family  45.42 
 
 		 316 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3715  glycyl-radical enzyme activating protein family  44.77 
 
 		 316 aa  293  3e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0943  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  46.2 
 
 		 318 aa  288  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0115559  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4091  glycyl-radical enzyme activating protein family  42.61 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2752  glycyl-radical activating family protein  41.18 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1396  glycerol dehydratase activating enzyme  41.33 
 
 		 322 aa  236  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.214688  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1272  radical-activating enzyme  41.3 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2477  glycyl-radical enzyme activating protein family  41.04 
 
 		 310 aa  225  7e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.731109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1176  glycyl-radical activating protein  37.8 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2966  glycyl-radical activating family protein  39.26 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1438  glycyl-radical enzyme activating protein family  41.09 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1586  glycyl-radical enzyme activating protein family  40.99 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0487316  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0916  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  39.73 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0858803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2365  glycyl-radical enzyme activating protein family  38.04 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000514278  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1247  glycyl-radical enzyme activating protein family  37.87 
 
 		 299 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0490  glycyl-radical activating family protein  38.51 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.164514 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2144  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.67 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0168  glycyl-radical enzyme activating protein family  41.45 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2102  pyruvate formate-lyase-activating enzyme, putative  36.11 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.510382  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2500  glycyl-radical enzyme activating protein family  40.78 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0980  glycyl-radical activating family protein  40 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.131362 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0207  glycyl-radical activating family protein  39.22 
 
 		 306 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0367  glycyl-radical enzyme activating protein family  37.29 
 
 		 310 aa  203  4e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1073  glycyl-radical enzyme activating protein family  37.88 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3054  radical-activating enzyme  38.2 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.969131  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1541  glycyl-radical activating protein  36.24 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.883211  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3258  glycyl-radical enzyme activating protein family  36.79 
 
 		 303 aa  189  8e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.807185  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2524  glycyl-radical enzyme activating protein family  40.91 
 
 		 308 aa  185  7e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.275532  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3029  glycyl-radical enzyme activating protein family  36.93 
 
 		 260 aa  183  3e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2818  glycyl-radical enzyme activating protein family  40.07 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0425809  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0895  glycyl-radical activating family protein  40.07 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00791  predicted pyruvate formate lyase activating enzyme  39.51 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00808  hypothetical protein  39.51 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2820  glycyl-radical activating family protein  40.07 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0882  glycyl-radical activating family protein  40.07 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0849  glycyl-radical activating family protein  40.07 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0995  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.79 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17450  glycyl-radical enzyme activator family protein  37.82 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.478583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0974  glycyl-radical enzyme activating protein  39.72 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1435  glycyl-radical enzyme activating protein family  35.79 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3460  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.71 
 
 		 330 aa  179  8e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4064  pyruvate formate lyase II activase  33.33 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2192  glycyl-radical activating family protein  33.33 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0974  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.44 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0912  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.44 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0945  glycyl-radical enzyme activating protein  39.44 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0885  glycyl-radical enzyme activating protein family  40 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03837  pyruvate formate lyase II activase  33 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4186  pyruvate formate lyase II activase  33 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03786  hypothetical protein  33 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3704  glycyl-radical enzyme activating protein family  33.55 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4491  pyruvate formate lyase II activase  33 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.730323  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5412  pyruvate formate lyase II activase  33 
 
 		 279 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4034  glycyl-radical enzyme activating protein family  33 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4438  pyruvate formate lyase II activase  33 
 
 		 292 aa  176  6e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4399  pyruvate formate lyase II activase  33 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.710487  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1318  glycyl-radical activating family protein  38.13 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0352967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001155  pyruvate formate-lyase activating enzyme  31.25 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000234207  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0325  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  33.11 
 
 		 258 aa  166  4e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.719518  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4520  pyruvate formate lyase II activase  31.35 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000270977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4446  pyruvate formate lyase II activase  31.02 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.193926 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1938  glycyl-radical enzyme activating protein family  33.22 
 
 		 273 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.239617  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2641  glycyl-radical activating family protein  34.03 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101807 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1175  glycyl-radical activating family protein  35.13 
 
 		 263 aa  155  7e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0579151  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2581  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30 
 
 		 240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23160  pyruvate formate-lyase activating enzyme  33.46 
 
 		 247 aa  132  9e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3391  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.87 
 
 		 249 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2820  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.07 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272816  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3308  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  33.95 
 
 		 246 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.760643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0427  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.14 
 
 		 243 aa  123  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1170  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.24 
 
 		 235 aa  122  7e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.763287  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0432  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.72 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0425  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  29.08 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1357  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.9 
 
 		 235 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0564  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.43 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0482  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.43 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0510  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.43 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0566  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.43 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0506  pyruvate formate-lyase activating enzyme  25.44 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0339577  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0491  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.43 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0421  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  29.08 
 
 		 243 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0513  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.08 
 
 		 243 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1777  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  31.4 
 
 		 279 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000493175  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4810  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  28.93 
 
 		 243 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1460  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  28.87 
 
 		 246 aa  115  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0297  pyruvate formate-lyase activating enzyme  26.71 
 
 		 247 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2672  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  33.33 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.209524  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1542  pyruvate formate-lyase activating enzyme  26.3 
 
 		 259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00863407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2379  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  34.12 
 
 		 246 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0648375  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003978  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.77 
 
 		 246 aa  113  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1693  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  32.86 
 
 		 246 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00927712  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2691  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  32.86 
 
 		 246 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00335137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2770  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  32.86 
 
 		 246 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.789492  normal  0.831123 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2426  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.43 
 
 		 255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0764987  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2694  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.43 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.489101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>