More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0937 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0937  ferredoxin  100 
 
 		 276 aa  551  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0647122 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0872  ferredoxin  95.99 
 
 		 276 aa  495  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.349751 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1006  ferredoxin  83.94 
 
 		 268 aa  437  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.110987 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1015  ferredoxin  71.65 
 
 		 279 aa  316  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0219422  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1047  ferredoxin  71.78 
 
 		 248 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2096  ferredoxin  55.16 
 
 		 291 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.12693 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2349  ferredoxin  59.85 
 
 		 306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108055 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1714  ferredoxin  61.57 
 
 		 342 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283033  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2326  ferredoxin  61.57 
 
 		 342 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3310  ferredoxin  56.88 
 
 		 279 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5668  ferredoxin  62.55 
 
 		 334 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2365  ferredoxin  61.3 
 
 		 339 aa  278  6e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0951  ferredoxin  61.81 
 
 		 320 aa  278  9e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.143394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2245  ferredoxin  63.22 
 
 		 341 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.666336 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1236  ferredoxin  57.62 
 
 		 279 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.41049 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0464  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  65.7 
 
 		 228 aa  272  4.0000000000000004e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0463817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0971  ferredoxin  62.45 
 
 		 282 aa  248  9e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.552455  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1498  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  61.43 
 
 		 230 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1930  ferredoxin  61.79 
 
 		 316 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1337  ferredoxin  61.79 
 
 		 316 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0306  ferredoxin  61.79 
 
 		 290 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0842  ferredoxin  61.79 
 
 		 290 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.736914  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1023  ferredoxin  61.79 
 
 		 290 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1184  ferredoxin  61.79 
 
 		 290 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1176  ferredoxin  61.79 
 
 		 290 aa  242  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2170  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  53.14 
 
 		 221 aa  217  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.211409 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2376  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  48.4 
 
 		 231 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.532877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0850  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  47.96 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.223684  normal  0.0952897 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0994  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  47.96 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0262542  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1887  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.37 
 
 		 212 aa  195  6e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2064  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.37 
 
 		 217 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.295108 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3619  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  54.12 
 
 		 238 aa  192  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0111565  normal  0.0672308 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3233  electron transport complex protein RnfB  58.17 
 
 		 183 aa  192  7e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2137  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  51.46 
 
 		 214 aa  191  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2487  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  59.63 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.622343  normal  0.0921723 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2705  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  44.17 
 
 		 259 aa  187  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2341  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  49.72 
 
 		 232 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0747882  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2975  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  50.49 
 
 		 224 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2016  electron transport complex protein RnfB  58.16 
 
 		 188 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2894  electron transport complex protein RnfB  58.17 
 
 		 178 aa  177  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1791  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  60.84 
 
 		 194 aa  175  6e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445554  hitchhiker  0.00820964 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2627  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  58.16 
 
 		 186 aa  175  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02730  electron transport complex protein RnfB  54.9 
 
 		 193 aa  175  7e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000653403  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1162  electron transport complex protein RnfB  58.74 
 
 		 180 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0937  electron transport complex protein RnfB  58.62 
 
 		 192 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.556541  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2296  putative electron transport-related protein  63.57 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.364932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1544  electron transport complex protein RnfB  53.7 
 
 		 198 aa  172  5e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00831464 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4148  iron-sulfur cluster-binding protein  44.57 
 
 		 291 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2557  electron transport complex protein RnfB  59.86 
 
 		 189 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.229137  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1174  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  61.7 
 
 		 209 aa  171  9e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2354  electron transport complex protein RnfB  57.75 
 
 		 189 aa  171  9e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.720002  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4509  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  53.07 
 
 		 404 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000389854 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2966  electron transport complex protein RnfB  57.45 
 
 		 188 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0244352  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2121  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  51.74 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.412453  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2043  electron transport complex protein RnfB  59.15 
 
 		 189 aa  169  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0243874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02965  electron transport complex protein RnfB  54.55 
 
 		 197 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2260  electron transport complex protein RnfB  50.87 
 
 		 199 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000168907  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4546  electron transport complex protein RnfB  50.87 
 
 		 199 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2067  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  56.94 
 
 		 189 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0305749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1849  electron transport complex protein RnfB  50.57 
 
 		 199 aa  166  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000101519  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2064  electron transport complex protein RnfB  50 
 
 		 204 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000222941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2111  electron transport complex protein RnfB  50 
 
 		 204 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0389991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2274  electron transport complex protein RnfB  50 
 
 		 204 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000478609  normal  0.512145 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1786  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  57.64 
 
 		 192 aa  165  5.9999999999999996e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2400  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfB  53.9 
 
 		 206 aa  165  5.9999999999999996e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.942423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3887  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  44.96 
 
 		 291 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.367781 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2509  electron transport complex protein RnfB  57.04 
 
 		 193 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002948  electron transport complex protein RnfB  55.94 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00169587  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1831  electron transport complex protein RnfB  57.04 
 
 		 189 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101638  normal  0.0584321 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0537  electron transport complex protein RnfB  54.55 
 
 		 195 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.05126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2928  ferredoxin  57.75 
 
 		 137 aa  163  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.314785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2169  electron transport complex protein RnfB  57.04 
 
 		 193 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000157134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1910  electron transport complex protein RnfB  57.04 
 
 		 193 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000153045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1871  electron transport complex protein RnfB  53.9 
 
 		 194 aa  162  7e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00186515  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2794  hypothetical protein  41.74 
 
 		 204 aa  161  9e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1403  electron transport complex protein RnfB  55.06 
 
 		 191 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.466807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1864  electron transport complex protein RnfB  56.34 
 
 		 205 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.164914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2065  electron transport complex protein RnfB  56.34 
 
 		 193 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2173  electron transport complex protein RnfB  54.93 
 
 		 193 aa  161  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0287954  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1895  electron transport complex protein RnfB  54.23 
 
 		 207 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1884  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  42.61 
 
 		 213 aa  159  3e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2007  electron transport complex protein RnfB  54.23 
 
 		 207 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0307  electron transport complex protein  42.61 
 
 		 213 aa  159  3e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2240  electron transport complex protein RnfB  52.98 
 
 		 190 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000443884 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2198  electron transport complex protein RnfB  53.25 
 
 		 189 aa  159  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.401389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2253  electron transport complex protein RnfB  54.23 
 
 		 188 aa  159  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0146582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0273  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  56.93 
 
 		 220 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2940  hypothetical protein  41.28 
 
 		 204 aa  155  6e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0737  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  50 
 
 		 184 aa  155  8e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1035  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  50.32 
 
 		 190 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0815  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  57.42 
 
 		 186 aa  153  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783937 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18930  electron transport complex protein RnfB  55.48 
 
 		 188 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000143693  normal  0.123767 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01788  ferredoxin  54.93 
 
 		 142 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0102822  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1639  electron transport complex protein RnfB  52.9 
 
 		 188 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1820  electron transport complex protein RnfB  50.66 
 
 		 192 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19260  electron transport complex protein RnfB  53.5 
 
 		 187 aa  149  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.772376  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1917  electron transport complex protein RnfB  53.19 
 
 		 191 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1060  electron transport complex protein RnfB  48.97 
 
 		 196 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1754  ferredoxin  56.82 
 
 		 139 aa  146  3e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1680  ferredoxin  56.82 
 
 		 139 aa  145  5e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>