More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1015 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1015  ferredoxin  100 
 
 		 279 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0219422  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1047  ferredoxin  82.96 
 
 		 248 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0872  ferredoxin  68.98 
 
 		 276 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.349751 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0937  ferredoxin  71.92 
 
 		 276 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0647122 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1006  ferredoxin  69.2 
 
 		 268 aa  321  7e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.110987 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3310  ferredoxin  57.14 
 
 		 279 aa  275  7e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5668  ferredoxin  57.09 
 
 		 334 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2096  ferredoxin  55.09 
 
 		 291 aa  270  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.12693 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1714  ferredoxin  56.9 
 
 		 342 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283033  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2326  ferredoxin  56.9 
 
 		 342 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2349  ferredoxin  57.24 
 
 		 306 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108055 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0951  ferredoxin  60.77 
 
 		 320 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.143394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2245  ferredoxin  60.82 
 
 		 341 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.666336 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2365  ferredoxin  56.72 
 
 		 339 aa  261  6e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1236  ferredoxin  63.08 
 
 		 279 aa  256  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.41049 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0464  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  65.66 
 
 		 228 aa  256  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0463817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0971  ferredoxin  60.57 
 
 		 282 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.552455  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1176  ferredoxin  62.45 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1930  ferredoxin  60.87 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0306  ferredoxin  62.45 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1337  ferredoxin  60.87 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1184  ferredoxin  62.45 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1023  ferredoxin  62.45 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0842  ferredoxin  62.45 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.736914  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1498  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  58.57 
 
 		 230 aa  227  1e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2376  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  51.94 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.532877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2170  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  50.96 
 
 		 221 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.211409 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1887  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  57.31 
 
 		 212 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2064  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.93 
 
 		 217 aa  202  7e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.295108 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2487  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  58.19 
 
 		 243 aa  199  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.622343  normal  0.0921723 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2705  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  46.09 
 
 		 259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2016  electron transport complex protein RnfB  62.32 
 
 		 188 aa  193  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0850  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.76 
 
 		 216 aa  193  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.223684  normal  0.0952897 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0994  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.76 
 
 		 216 aa  193  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0262542  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2137  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  49.76 
 
 		 214 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2975  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  52.22 
 
 		 224 aa  191  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2894  electron transport complex protein RnfB  64.49 
 
 		 178 aa  188  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3619  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  58.82 
 
 		 238 aa  188  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0111565  normal  0.0672308 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2341  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  51.1 
 
 		 232 aa  188  7e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0747882  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3233  electron transport complex protein RnfB  62.32 
 
 		 183 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1174  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  63.04 
 
 		 209 aa  180  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4148  iron-sulfur cluster-binding protein  48.32 
 
 		 291 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0937  electron transport complex protein RnfB  61.27 
 
 		 192 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.556541  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02730  electron transport complex protein RnfB  58.7 
 
 		 193 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000653403  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1791  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  60.99 
 
 		 194 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445554  hitchhiker  0.00820964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4509  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  53.59 
 
 		 404 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000389854 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1786  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  60.28 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2296  putative electron transport-related protein  63.77 
 
 		 228 aa  175  9e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.364932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2354  electron transport complex protein RnfB  60.14 
 
 		 189 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.720002  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2557  electron transport complex protein RnfB  61.59 
 
 		 189 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.229137  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1849  electron transport complex protein RnfB  52.63 
 
 		 199 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000101519  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2111  electron transport complex protein RnfB  60.87 
 
 		 204 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0389991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2064  electron transport complex protein RnfB  60.87 
 
 		 204 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000222941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2274  electron transport complex protein RnfB  60.87 
 
 		 204 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000478609  normal  0.512145 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2627  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  57.97 
 
 		 186 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2121  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  54.55 
 
 		 335 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.412453  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1544  electron transport complex protein RnfB  59.06 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00831464 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2509  electron transport complex protein RnfB  52.94 
 
 		 193 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2260  electron transport complex protein RnfB  60.87 
 
 		 199 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000168907  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4546  electron transport complex protein RnfB  60.87 
 
 		 199 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2007  electron transport complex protein RnfB  56.83 
 
 		 207 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1895  electron transport complex protein RnfB  56.83 
 
 		 207 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2253  electron transport complex protein RnfB  56.83 
 
 		 188 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0146582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2067  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  59.71 
 
 		 189 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0305749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1910  electron transport complex protein RnfB  52.94 
 
 		 193 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000153045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3887  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  52.94 
 
 		 291 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.367781 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2043  electron transport complex protein RnfB  60.87 
 
 		 189 aa  169  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0243874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2928  ferredoxin  62.22 
 
 		 137 aa  169  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.314785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2065  electron transport complex protein RnfB  52.35 
 
 		 193 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2169  electron transport complex protein RnfB  52.35 
 
 		 193 aa  169  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000157134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2240  electron transport complex protein RnfB  57.97 
 
 		 190 aa  168  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000443884 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2966  electron transport complex protein RnfB  56.94 
 
 		 188 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0244352  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0815  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  60.26 
 
 		 186 aa  167  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783937 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1831  electron transport complex protein RnfB  59.42 
 
 		 189 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101638  normal  0.0584321 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1162  electron transport complex protein RnfB  57.86 
 
 		 180 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1403  electron transport complex protein RnfB  60.14 
 
 		 191 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.466807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1754  ferredoxin  61.07 
 
 		 139 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1864  electron transport complex protein RnfB  57.97 
 
 		 205 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.164914  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1680  ferredoxin  61.07 
 
 		 139 aa  163  3e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2400  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfB  60 
 
 		 206 aa  163  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.942423 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002948  electron transport complex protein RnfB  56.03 
 
 		 198 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00169587  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01788  ferredoxin  57.14 
 
 		 142 aa  161  9e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0102822  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0537  electron transport complex protein RnfB  56.12 
 
 		 195 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.05126  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02965  electron transport complex protein RnfB  54.23 
 
 		 197 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2794  hypothetical protein  43.13 
 
 		 204 aa  160  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2324  electron transport complex protein RnfB  54.68 
 
 		 192 aa  159  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19260  electron transport complex protein RnfB  57.97 
 
 		 187 aa  158  8e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.772376  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2173  electron transport complex protein RnfB  56.52 
 
 		 193 aa  158  8e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0287954  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0273  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  57.04 
 
 		 220 aa  158  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1917  electron transport complex protein RnfB  54.86 
 
 		 191 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2198  electron transport complex protein RnfB  54.36 
 
 		 189 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.401389  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2940  hypothetical protein  43.13 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2024  electron transport complex protein RnfB  54.68 
 
 		 192 aa  157  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0737  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  54.35 
 
 		 184 aa  157  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1884  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  41.26 
 
 		 213 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0307  electron transport complex protein  41.26 
 
 		 213 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1871  electron transport complex protein RnfB  52.86 
 
 		 194 aa  155  7e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00186515  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1639  electron transport complex protein RnfB  57.97 
 
 		 188 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18930  electron transport complex protein RnfB  56.64 
 
 		 188 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000143693  normal  0.123767 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1820  electron transport complex protein RnfB  51.08 
 
 		 192 aa  152  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>