More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1403 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1403  electron transport complex protein RnfB  100 
 
 		 191 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.466807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19260  electron transport complex protein RnfB  81.82 
 
 		 187 aa  301  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.772376  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18930  electron transport complex protein RnfB  76.44 
 
 		 188 aa  291  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000143693  normal  0.123767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1639  electron transport complex protein RnfB  75.39 
 
 		 188 aa  290  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1544  electron transport complex protein RnfB  70.47 
 
 		 198 aa  271  4.0000000000000004e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00831464 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02730  electron transport complex protein RnfB  69.83 
 
 		 193 aa  266  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000653403  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2169  electron transport complex protein RnfB  65.03 
 
 		 193 aa  255  2e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000157134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0937  electron transport complex protein RnfB  71.26 
 
 		 192 aa  256  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.556541  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2966  electron transport complex protein RnfB  70.86 
 
 		 188 aa  255  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0244352  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1910  electron transport complex protein RnfB  65.03 
 
 		 193 aa  254  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000153045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1849  electron transport complex protein RnfB  63.93 
 
 		 199 aa  254  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000101519  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2111  electron transport complex protein RnfB  62.96 
 
 		 204 aa  254  5e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0389991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2064  electron transport complex protein RnfB  62.96 
 
 		 204 aa  254  5e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000222941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2274  electron transport complex protein RnfB  62.96 
 
 		 204 aa  254  5e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000478609  normal  0.512145 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2065  electron transport complex protein RnfB  64.48 
 
 		 193 aa  254  6e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637231  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2509  electron transport complex protein RnfB  63.93 
 
 		 193 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4546  electron transport complex protein RnfB  62.43 
 
 		 199 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2260  electron transport complex protein RnfB  62.43 
 
 		 199 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000168907  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2557  electron transport complex protein RnfB  63.3 
 
 		 189 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.229137  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2354  electron transport complex protein RnfB  62.57 
 
 		 189 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.720002  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2400  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfB  69.54 
 
 		 206 aa  249  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.942423 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2173  electron transport complex protein RnfB  63.3 
 
 		 193 aa  247  7e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0287954  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1831  electron transport complex protein RnfB  63.83 
 
 		 189 aa  247  7e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101638  normal  0.0584321 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0737  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  61.8 
 
 		 184 aa  242  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1871  electron transport complex protein RnfB  61.98 
 
 		 194 aa  242  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00186515  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1864  electron transport complex protein RnfB  67.63 
 
 		 205 aa  239  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.164914  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2198  electron transport complex protein RnfB  63.28 
 
 		 189 aa  239  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.401389  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2067  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  73.33 
 
 		 189 aa  234  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0305749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002948  electron transport complex protein RnfB  66.47 
 
 		 198 aa  234  5.0000000000000005e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00169587  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1791  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  66.09 
 
 		 194 aa  234  6e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445554  hitchhiker  0.00820964 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02965  electron transport complex protein RnfB  69.43 
 
 		 197 aa  233  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2007  electron transport complex protein RnfB  61.86 
 
 		 207 aa  233  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1895  electron transport complex protein RnfB  61.86 
 
 		 207 aa  233  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2043  electron transport complex protein RnfB  65.48 
 
 		 189 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0243874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0537  electron transport complex protein RnfB  70.97 
 
 		 195 aa  231  5e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.05126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2627  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  65.71 
 
 		 186 aa  231  6e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2253  electron transport complex protein RnfB  62.64 
 
 		 188 aa  231  7.000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0146582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2016  electron transport complex protein RnfB  61.36 
 
 		 188 aa  229  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2894  electron transport complex protein RnfB  64.94 
 
 		 178 aa  228  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3233  electron transport complex protein RnfB  60.66 
 
 		 183 aa  227  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2240  electron transport complex protein RnfB  59.26 
 
 		 190 aa  223  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000443884 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1786  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  62.5 
 
 		 192 aa  219  1.9999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01598  electron transport complex protein RnfB  57.59 
 
 		 192 aa  218  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000941545  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2013  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  57.59 
 
 		 192 aa  218  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000144398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1571  electron transport complex protein RnfB  57.59 
 
 		 192 aa  218  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.144341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1836  electron transport complex protein RnfB  57.59 
 
 		 192 aa  218  3e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.912519  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2001  electron transport complex protein RnfB  57.59 
 
 		 192 aa  218  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000498524  normal  0.338717 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2340  electron transport complex protein RnfB  57.59 
 
 		 192 aa  218  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.297329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1704  electron transport complex protein RnfB  57.59 
 
 		 192 aa  218  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0578538  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01588  hypothetical protein  57.59 
 
 		 192 aa  218  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00124747  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1716  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.270473  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1556  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0733084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1884  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1628  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0262939  normal  0.320495 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1568  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  217  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0321479 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1817  electron transport complex protein RnfB  57.07 
 
 		 192 aa  216  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0338518  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1820  electron transport complex protein RnfB  58.99 
 
 		 192 aa  215  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173992 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1174  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  67.1 
 
 		 209 aa  214  4e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2155  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  57.47 
 
 		 196 aa  212  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1162  electron transport complex protein RnfB  58.86 
 
 		 180 aa  208  4e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1917  electron transport complex protein RnfB  57.74 
 
 		 191 aa  203  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2324  electron transport complex protein RnfB  56.07 
 
 		 192 aa  203  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2024  electron transport complex protein RnfB  56.07 
 
 		 192 aa  202  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1060  electron transport complex protein RnfB  61.29 
 
 		 196 aa  199  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0815  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  66.03 
 
 		 186 aa  197  6e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783937 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0689  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.43 
 
 		 181 aa  197  9e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0763573  normal  0.50038 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4148  iron-sulfur cluster-binding protein  75.41 
 
 		 291 aa  193  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3887  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  73.39 
 
 		 291 aa  193  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.367781 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4509  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  72.58 
 
 		 404 aa  193  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000389854 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1035  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  54.86 
 
 		 190 aa  192  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2121  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  72 
 
 		 335 aa  190  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.412453  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0850  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  56.95 
 
 		 216 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.223684  normal  0.0952897 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0994  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  56.95 
 
 		 216 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0262542  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2705  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  67.44 
 
 		 259 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2794  hypothetical protein  54.84 
 
 		 204 aa  170  1e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2940  hypothetical protein  54.84 
 
 		 204 aa  169  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0720  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  57.86 
 
 		 681 aa  167  9e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340491  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0951  ferredoxin  61.59 
 
 		 320 aa  166  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.143394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1714  ferredoxin  59.44 
 
 		 342 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283033  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2326  ferredoxin  59.44 
 
 		 342 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5668  ferredoxin  60.14 
 
 		 334 aa  165  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2349  ferredoxin  59.44 
 
 		 306 aa  165  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108055 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1015  ferredoxin  60.14 
 
 		 279 aa  164  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0219422  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2245  ferredoxin  59.44 
 
 		 341 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.666336 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2365  ferredoxin  59.44 
 
 		 339 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1047  ferredoxin  58.7 
 
 		 248 aa  161  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0937  ferredoxin  55.06 
 
 		 276 aa  161  7e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0647122 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2823  electron transport complex, B subunit  45.4 
 
 		 182 aa  160  9e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.915701  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2928  ferredoxin  60.77 
 
 		 137 aa  159  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.314785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1754  ferredoxin  61.72 
 
 		 139 aa  157  6e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1680  ferredoxin  61.72 
 
 		 139 aa  157  8e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1236  ferredoxin  57.97 
 
 		 279 aa  156  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.41049 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0872  ferredoxin  52.87 
 
 		 276 aa  154  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.349751 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1176  ferredoxin  57.34 
 
 		 290 aa  154  7e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2096  ferredoxin  57.34 
 
 		 291 aa  154  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.12693 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3310  ferredoxin  57.25 
 
 		 279 aa  154  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1930  ferredoxin  56.64 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1337  ferredoxin  56.64 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1184  ferredoxin  56.64 
 
 		 290 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1023  ferredoxin  56.64 
 
 		 290 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>