117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3409 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3409  YdjC-like protein  100 
 
 		 275 aa  543  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0386  hypothetical protein  68.28 
 
 		 280 aa  358  6e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4284  YdjC-like protein  68.94 
 
 		 294 aa  349  3e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0693  YdjC-like protein  68.18 
 
 		 294 aa  347  9e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.242371  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1172  YdjC family protein  68.18 
 
 		 294 aa  347  9e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1148  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  68.18 
 
 		 294 aa  347  9e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.501076  normal  0.486153 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1051  YdjC family protein  67.42 
 
 		 294 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.408827  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1054  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  66.04 
 
 		 294 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2132  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  68.97 
 
 		 294 aa  329  4e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.699288 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2069  phospho-beta-glucosidase, YdjC- like protein, cellobiose degradation  64.89 
 
 		 265 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.358232  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4902  hypothetical protein  76.52 
 
 		 251 aa  324  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515239  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1768  YdjC-like family protein  65.92 
 
 		 295 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2736  YdjC family protein  65.54 
 
 		 295 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0576  YdjC-like family protein  65.17 
 
 		 295 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2851  YdjC-like family protein  65.17 
 
 		 295 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1751  YdjC family protein  65.17 
 
 		 295 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2858  YdjC-like family protein  65.17 
 
 		 289 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2795  YdjC family protein  65.17 
 
 		 295 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.279855  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1178  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  62.78 
 
 		 283 aa  306  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20670  hypothetical protein  72.48 
 
 		 235 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2194  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  65.15 
 
 		 274 aa  299  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3655  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  52.69 
 
 		 280 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.507009  normal  0.0806723 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3765  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  52.33 
 
 		 280 aa  242  6e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1778  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  56.18 
 
 		 291 aa  240  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2119  hypothetical protein  56.18 
 
 		 291 aa  240  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.120847  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3456  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  52.35 
 
 		 280 aa  237  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0306936  normal  0.407914 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7155  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  51.62 
 
 		 284 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180575  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0972  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  55.08 
 
 		 280 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6340  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  52.69 
 
 		 291 aa  228  9e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293411 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1293  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  50.76 
 
 		 279 aa  222  4.9999999999999996e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.214385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1837  YdjC family protein  49.05 
 
 		 267 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2415  YdjC-like protein  40.37 
 
 		 288 aa  187  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000254444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1151  hypothetical protein  39.01 
 
 		 288 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2826  YdjC family protein  41.67 
 
 		 288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0850173  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3091  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  42.05 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0037118  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4972  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  41.44 
 
 		 278 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2962  YdjC family protein  37.88 
 
 		 288 aa  169  6e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156957  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3126  YdjC family protein  38.72 
 
 		 289 aa  165  8e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.246064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0879  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  38.81 
 
 		 288 aa  159  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3381  hopanoid biosynthesis associated protein HpnK  37.26 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4030  YdjC-like protein  30.74 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.41165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3115  YdjC family protein  28.87 
 
 		 293 aa  96.7  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00112169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4402  YdjC family protein  33.56 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.399507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25731  hypothetical protein  31.65 
 
 		 435 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0263  YdjC family protein  27.8 
 
 		 249 aa  88.2  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3572  hypothetical protein  29.89 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000340132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002439  cellobiose phosphotransferase system YdjC-like protein  34.01 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.79418  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2136  YdjC family protein  28.29 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0904  hypothetical protein  36 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.41232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1095  hypothetical protein  29.89 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000242893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1148  hypothetical protein  29.89 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00261143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3750  hypothetical protein  29.72 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1536  YdjC family protein  31.29 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.700585 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03621  hypothetical protein  32.32 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5000  hypothetical protein  29.09 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2271  hypothetical protein  26.14 
 
 		 247 aa  78.6  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.139095  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1261  YdjC family protein  27.41 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5055  hypothetical protein  29.53 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5440  hypothetical protein  29.53 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4885  hypothetical protein  29.02 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5296  hypothetical protein  29.02 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000474438 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5632  hypothetical protein  29.17 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000570656 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5317  hypothetical protein  28.5 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1711  hypothetical protein  29.74 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0838  hypothetical protein  28.21 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.436002  hitchhiker  0.00113451 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5372  hypothetical protein  29.02 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2008  YdjC family protein  22.99 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000350011  normal  0.13872 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5327  hypothetical protein  32.67 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4900  hypothetical protein  28.5 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2959  YdjC family protein  29.33 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000134101  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1624  YdjC-like protein  31.33 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0977605  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4675  YdjC family protein  27.5 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.616803 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0563  YdjC family protein  30.26 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0193  hypothetical protein  27.17 
 
 		 412 aa  63.5  0.000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0046  YdjC family protein  27.5 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1414  hypothetical protein  25.65 
 
 		 252 aa  62.8  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0189616 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1854  hypothetical protein  25.65 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.471908  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2027  hypothetical protein  25.65 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.747309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1431  hypothetical protein  28.22 
 
 		 252 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1446  hypothetical protein  25.65 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5852  hypothetical protein  26.72 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143064  normal  0.707413 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05280  cellobiose-phosphate cleavage protein, YdjC family  29.44 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0599577  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2484  YdjC family protein  28.14 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2236  YdjC family protein  31.23 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1954  hypothetical protein  28.83 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1815  hypothetical protein  25.37 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1899  hypothetical protein  25.37 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.694377  normal  0.238209 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1338  YdjC family protein  30.29 
 
 		 297 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3342  YdjC family protein  22.01 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1909  YdjC family protein  24.28 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.24977  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1458  hypothetical protein  28.83 
 
 		 249 aa  55.5  0.0000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.890936  normal  0.315739 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01702  hypothetical protein  26.95 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.74852  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01690  hypothetical protein  26.95 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.751954  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2451  hypothetical protein  28.22 
 
 		 252 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.410079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0163  hypothetical protein  25.77 
 
 		 395 aa  53.5  0.000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0658959 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3190  YdjC-like protein  31.67 
 
 		 280 aa  53.1  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1501  hypothetical protein  20 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.420206  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4311  YdjC family protein  30.38 
 
 		 349 aa  51.6  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.279208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4120  YdjC-like protein  29.29 
 
 		 301 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1843  YdjC-like protein  29.09 
 
 		 291 aa  49.3  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000761949 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>