More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4170 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4170  Holliday junction resolvase  100 
 
 		 232 aa  470  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4272  Holliday junction resolvase  88.48 
 
 		 198 aa  327  9e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0821163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1289  Holliday junction resolvase  86.13 
 
 		 174 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4806  Holliday junction resolvase  79.19 
 
 		 175 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6909  Holliday junction resolvase  77.01 
 
 		 175 aa  248  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3523  Holliday junction resolvase  77.14 
 
 		 178 aa  244  6.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2726  Holliday junction resolvase  76.61 
 
 		 172 aa  238  6.999999999999999e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1647  Holliday junction resolvase  61.18 
 
 		 173 aa  194  8.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1211  Holliday junction resolvase  61.9 
 
 		 172 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1704  Holliday junction resolvase  60.59 
 
 		 173 aa  192  5e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.723247  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3065  Holliday junction resolvase  61.59 
 
 		 169 aa  191  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.31187  normal  0.469914 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0002  Holliday junction resolvase  63.25 
 
 		 176 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3217  Holliday junction resolvase  59.76 
 
 		 169 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.571528 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3512  Holliday junction resolvase  58.58 
 
 		 169 aa  185  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658473  normal  0.710668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0926  Holliday junction resolvase  64.74 
 
 		 189 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.66838  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0962  Holliday junction resolvase  64.74 
 
 		 189 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00555421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0902  Holliday junction resolvase  65.19 
 
 		 189 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.577145 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2639  Holliday junction resolvase  59.64 
 
 		 167 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3604  Holliday junction resolvase  61.08 
 
 		 169 aa  183  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.758164  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0151  Holliday junction resolvase  56.79 
 
 		 167 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1218  Holliday junction resolvase  56.79 
 
 		 168 aa  179  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.806199 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3179  Holliday junction resolvase  62.18 
 
 		 171 aa  179  4.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2208  Holliday junction resolvase  60.78 
 
 		 168 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.147946  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0285  Holliday junction resolvase  66.04 
 
 		 189 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0556  Holliday junction resolvase  60.78 
 
 		 168 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.657324  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2115  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  56.05 
 
 		 175 aa  170  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0681536  normal  0.335061 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0930  Holliday junction resolvase  61.04 
 
 		 207 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.811793 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0004  Holliday junction resolvase  56.8 
 
 		 175 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000281167  normal  0.194479 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2328  Holliday junction resolvase  63.87 
 
 		 217 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0343755  normal  0.15621 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0696  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  56.44 
 
 		 164 aa  163  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.381333  normal  0.521985 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1230  Holliday junction resolvase  61.44 
 
 		 168 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0964  Holliday junction resolvase  57.4 
 
 		 191 aa  161  9e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1087  Holliday junction resolvase  58.13 
 
 		 169 aa  159  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.109065  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2373  Holliday junction resolvase  57.83 
 
 		 188 aa  158  7e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.511513 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0784  Holliday junction resolvase  53.37 
 
 		 169 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193363  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1103  Holliday junction resolvase  56.44 
 
 		 176 aa  152  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.788041  normal  0.52984 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0421  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  54.67 
 
 		 158 aa  151  8e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300701  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2336  Holliday junction resolvase  53.29 
 
 		 161 aa  150  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0868617  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1075  Holliday junction resolvase  47.24 
 
 		 164 aa  142  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.228203  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2141  Holliday junction resolvase  49.69 
 
 		 165 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2906  Holliday junction resolvase  54.49 
 
 		 167 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0336  Holliday junction resolvase  48.68 
 
 		 156 aa  138  6e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.248302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0932  Holliday junction resolvase  46.58 
 
 		 164 aa  137  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000174044 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3314  Holliday junction resolvase  48 
 
 		 164 aa  137  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0744  Holliday junction resolvase  48.68 
 
 		 164 aa  136  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000123972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2182  Holliday junction resolvase  46.34 
 
 		 173 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.64085  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1221  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  47.5 
 
 		 165 aa  135  5e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.69785  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0609  Holliday junction resolvase  47.27 
 
 		 183 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_002978  WD0142  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  43.04 
 
 		 162 aa  134  9.999999999999999e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0180  Holliday junction resolvase  45.03 
 
 		 162 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0583  Holliday junction resolvase  47.27 
 
 		 183 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2672  Holliday junction resolvase  47.37 
 
 		 176 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0740  Holliday junction resolvase  47.44 
 
 		 173 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.100777  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0426  Holliday junction resolvase  48.03 
 
 		 181 aa  132  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.633574  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1878  Holliday junction resolvase  47.44 
 
 		 172 aa  132  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00784729  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0657  Holliday junction resolvase  47.88 
 
 		 180 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1747  Holliday junction resolvase  44.44 
 
 		 170 aa  131  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.607448  normal  0.595925 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1270  Holliday junction resolvase  45.45 
 
 		 174 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460583  normal  0.748169 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0207  Holliday junction resolvase  47.27 
 
 		 180 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0690  Holliday junction resolvase  47.27 
 
 		 180 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1415  Holliday junction resolvase  44.1 
 
 		 171 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000523238  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3776  Holliday junction resolvase  46.06 
 
 		 180 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0941  Holliday junction resolvase  48.21 
 
 		 204 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1438  Holliday junction resolvase  46.67 
 
 		 173 aa  129  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000786785  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0716  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  42.94 
 
 		 173 aa  128  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.075927  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1060  Holliday junction resolvase  47.62 
 
 		 181 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01556  Holliday junction resolvase  47.02 
 
 		 174 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.244757  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2354  Holliday junction resolvase  46.79 
 
 		 180 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.542113 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1452  Holliday junction resolvase  40.37 
 
 		 182 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.883917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0268  Holliday junction resolvase  41.36 
 
 		 284 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2694  Holliday junction resolvase  47.37 
 
 		 180 aa  126  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218252  normal  0.976349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2364  Holliday junction resolvase  45.73 
 
 		 173 aa  126  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00103097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1130  Holliday junction resolvase  44.71 
 
 		 275 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1249  Holliday junction resolvase  45.78 
 
 		 180 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0478  Holliday junction endonuclease RuvC  44.16 
 
 		 180 aa  125  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177165  normal  0.867612 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0482  Holliday junction resolvase  49.04 
 
 		 184 aa  125  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464061 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1582  Holliday junction resolvase  45.75 
 
 		 168 aa  125  6e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.330429  normal  0.489243 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3658  Holliday junction resolvase  47.34 
 
 		 186 aa  125  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1480  Holliday junction resolvase  48.05 
 
 		 182 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.303273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0486  Holliday junction resolvase  46.05 
 
 		 181 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1109  Holliday junction resolvase  46.05 
 
 		 159 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000183978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0995  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  42.14 
 
 		 183 aa  125  7e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.410626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2968  Holliday junction resolvase  46.75 
 
 		 186 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2534  Holliday junction resolvase  45.18 
 
 		 180 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2355  Holliday junction resolvase  45.18 
 
 		 180 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3405  Holliday junction resolvase  45.18 
 
 		 180 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3364  Holliday junction resolvase  45.18 
 
 		 180 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3399  Holliday junction resolvase  45.18 
 
 		 180 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0394  Holliday junction resolvase  44.74 
 
 		 181 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.638558 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0379  Holliday junction resolvase  44.08 
 
 		 181 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003924  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  45.33 
 
 		 173 aa  123  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00124897  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4543  Holliday junction resolvase  44.16 
 
 		 174 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3627  Holliday junction resolvase  43.29 
 
 		 165 aa  122  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00535771  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0531  Holliday junction resolvase  46.41 
 
 		 183 aa  122  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2554  Holliday junction resolvase  46.05 
 
 		 180 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51800  Holliday junction resolvase  44.16 
 
 		 174 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000486306 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1660  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  47.06 
 
 		 163 aa  121  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.183319  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1408  Holliday junction resolvase  42.86 
 
 		 174 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0741674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3343  Holliday junction resolvase  42.33 
 
 		 180 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00888007 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1887  Holliday junction resolvase  45.03 
 
 		 173 aa  121  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>