More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6909 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6909  Holliday junction resolvase  100 
 
 
175 aa  351  2.9999999999999997e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3523  Holliday junction resolvase  78.74 
 
 
178 aa  255  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4806  Holliday junction resolvase  78.95 
 
 
175 aa  251  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4170  Holliday junction resolvase  77.01 
 
 
232 aa  251  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257178  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4272  Holliday junction resolvase  78.16 
 
 
198 aa  247  7e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0821163  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2726  Holliday junction resolvase  76.61 
 
 
172 aa  244  6e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1289  Holliday junction resolvase  77.01 
 
 
174 aa  234  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3604  Holliday junction resolvase  65.68 
 
 
169 aa  199  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.758164  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1647  Holliday junction resolvase  62.5 
 
 
173 aa  197  6e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1211  Holliday junction resolvase  63.52 
 
 
172 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1704  Holliday junction resolvase  61.9 
 
 
173 aa  194  5.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.723247  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3512  Holliday junction resolvase  60.95 
 
 
169 aa  193  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658473  normal  0.710668 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2639  Holliday junction resolvase  63.35 
 
 
167 aa  193  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3217  Holliday junction resolvase  60.95 
 
 
169 aa  191  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.571528 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3179  Holliday junction resolvase  63.35 
 
 
171 aa  189  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0002  Holliday junction resolvase  61.54 
 
 
176 aa  188  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0151  Holliday junction resolvase  56.79 
 
 
167 aa  187  9e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3065  Holliday junction resolvase  58 
 
 
169 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.31187  normal  0.469914 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0556  Holliday junction resolvase  61.29 
 
 
168 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.657324  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0285  Holliday junction resolvase  63.92 
 
 
189 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0926  Holliday junction resolvase  62.89 
 
 
189 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.66838  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0962  Holliday junction resolvase  62.89 
 
 
189 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00555421 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2208  Holliday junction resolvase  61.29 
 
 
168 aa  178  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.147946  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0902  Holliday junction resolvase  64.15 
 
 
189 aa  177  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.577145 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0930  Holliday junction resolvase  60.62 
 
 
207 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.811793 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0696  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  57.93 
 
 
164 aa  172  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.381333  normal  0.521985 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1218  Holliday junction resolvase  51.23 
 
 
168 aa  169  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.806199 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2115  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  57.05 
 
 
175 aa  166  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0681536  normal  0.335061 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2328  Holliday junction resolvase  62.75 
 
 
217 aa  164  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0343755  normal  0.15621 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1230  Holliday junction resolvase  61.29 
 
 
168 aa  162  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0004  Holliday junction resolvase  56.96 
 
 
175 aa  160  7e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000281167  normal  0.194479 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1087  Holliday junction resolvase  58.33 
 
 
169 aa  157  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.109065  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0964  Holliday junction resolvase  59.24 
 
 
191 aa  155  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2373  Holliday junction resolvase  53.29 
 
 
188 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.511513 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0784  Holliday junction resolvase  52.23 
 
 
169 aa  147  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193363  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2336  Holliday junction resolvase  50 
 
 
161 aa  147  8e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0868617  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1103  Holliday junction resolvase  56.69 
 
 
176 aa  147  8e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.788041  normal  0.52984 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0421  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50.67 
 
 
158 aa  144  8.000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300701  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1075  Holliday junction resolvase  47.37 
 
 
164 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.228203  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2354  Holliday junction resolvase  49.38 
 
 
180 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.542113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2182  Holliday junction resolvase  46.75 
 
 
173 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.64085  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2906  Holliday junction resolvase  55.7 
 
 
167 aa  138  4.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0336  Holliday junction resolvase  46.41 
 
 
156 aa  137  4.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.248302  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2141  Holliday junction resolvase  49.08 
 
 
165 aa  138  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0744  Holliday junction resolvase  47.37 
 
 
164 aa  137  8.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000123972  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0482  Holliday junction resolvase  50.96 
 
 
184 aa  136  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0464061 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1221  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  46.79 
 
 
165 aa  135  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.69785  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0478  Holliday junction endonuclease RuvC  46.45 
 
 
180 aa  134  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177165  normal  0.867612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1270  Holliday junction resolvase  44.44 
 
 
174 aa  134  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460583  normal  0.748169 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3314  Holliday junction resolvase  46.71 
 
 
164 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2672  Holliday junction resolvase  46.05 
 
 
176 aa  133  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0932  Holliday junction resolvase  46.71 
 
 
164 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000174044 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1438  Holliday junction resolvase  47.02 
 
 
173 aa  131  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000786785  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2364  Holliday junction resolvase  45.45 
 
 
173 aa  130  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00103097  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0583  Holliday junction resolvase  48.03 
 
 
183 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0609  Holliday junction resolvase  48.03 
 
 
183 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0657  Holliday junction resolvase  48.03 
 
 
180 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0531  Holliday junction resolvase  48.08 
 
 
183 aa  129  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0142  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  42.58 
 
 
162 aa  130  1.0000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0426  Holliday junction resolvase  45.39 
 
 
181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.633574  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0268  Holliday junction resolvase  45.96 
 
 
284 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1130  Holliday junction resolvase  45.96 
 
 
275 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0740  Holliday junction resolvase  43.29 
 
 
173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.100777  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1660  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  48.47 
 
 
163 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.183319  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1249  Holliday junction resolvase  47.71 
 
 
180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1878  Holliday junction resolvase  45.57 
 
 
172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00784729  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0207  Holliday junction resolvase  47.37 
 
 
180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0690  Holliday junction resolvase  47.37 
 
 
180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0394  Holliday junction resolvase  42.76 
 
 
181 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.638558 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3776  Holliday junction resolvase  46.05 
 
 
180 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518042  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1480  Holliday junction resolvase  47.44 
 
 
182 aa  128  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.303273  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0716  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  42.48 
 
 
173 aa  128  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.075927  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1415  Holliday junction resolvase  46.1 
 
 
171 aa  127  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000523238  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3364  Holliday junction resolvase  47.06 
 
 
180 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3399  Holliday junction resolvase  47.06 
 
 
180 aa  127  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2355  Holliday junction resolvase  47.06 
 
 
180 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2534  Holliday junction resolvase  47.06 
 
 
180 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3405  Holliday junction resolvase  47.06 
 
 
180 aa  127  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2554  Holliday junction resolvase  47.71 
 
 
180 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250708  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0379  Holliday junction resolvase  42.11 
 
 
181 aa  127  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2694  Holliday junction resolvase  46.71 
 
 
180 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218252  normal  0.976349 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0995  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  42.76 
 
 
183 aa  127  8.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.410626  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0180  Holliday junction resolvase  42.21 
 
 
162 aa  126  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3343  Holliday junction resolvase  47.06 
 
 
180 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00888007 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2968  Holliday junction resolvase  46.25 
 
 
186 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0486  Holliday junction resolvase  44.74 
 
 
181 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1582  Holliday junction resolvase  45.16 
 
 
168 aa  126  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.330429  normal  0.489243 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0617  Holliday junction resolvase  47.06 
 
 
180 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.481352 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3658  Holliday junction resolvase  46.88 
 
 
186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0503  Holliday junction resolvase  42.11 
 
 
181 aa  125  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.46163 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3627  Holliday junction resolvase  44.17 
 
 
165 aa  125  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00535771  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1346  Holliday junction resolvase  42.14 
 
 
166 aa  124  5e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000795843  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1109  Holliday junction resolvase  42.58 
 
 
159 aa  124  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000183978  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1747  Holliday junction resolvase  41.18 
 
 
170 aa  123  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.607448  normal  0.595925 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003924  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  45.03 
 
 
173 aa  122  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00124897  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1408  Holliday junction resolvase  40.79 
 
 
174 aa  122  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0741674  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4543  Holliday junction resolvase  43.14 
 
 
174 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1322  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  41.77 
 
 
179 aa  122  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0725718  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51800  Holliday junction resolvase  43.14 
 
 
174 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000486306 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3417  Holliday junction resolvase  46.75 
 
 
182 aa  121  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.124566  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>