More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2372 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2372  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 248 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.125582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2542  transcriptional regulator, LuxR family  69.29 
 
 		 248 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1495  DNA-binding response regulator  42.03 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000174821  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1160  two component LuxR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1563  DNA-binding response regulator  42.03 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000942452  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1348  DNA-binding response regulator  42.03 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000440829  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1322  response regulator  42.03 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  7.30192e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1321  response regulator  42.03 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000332221  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1457  DNA-binding response regulator  42.03 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000538049  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1601  DNA-binding response regulator  42.03 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000136266  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1363  two component LuxR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0039551  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0967  DNA-binding response regulator  36.25 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.598364  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3849  DNA-binding response regulator  42.03 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000308683  hitchhiker  0.000000000350245 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1531  DNA-binding response regulator  42.03 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.64189e-24 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.24 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  44 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  44 
 
 		 215 aa  62  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  44 
 
 		 215 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0508  response regulator receiver protein  50.82 
 
 		 212 aa  62  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  44 
 
 		 215 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0671  putative response regulator  38.64 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.248332  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4062  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0448793  normal  0.300284 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6933  two component LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.322421 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  42.67 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  42.67 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3253  two component LuxR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 217 aa  60.1  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12791  hypothetical protein  44.93 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0492582 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  40.79 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04600  two-component system regulatory protein  38.04 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1154  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4226  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.05 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1229  response regulator receiver protein  36.05 
 
 		 212 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643884  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0945  response regulator receiver  43.28 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407172  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0065  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  43.9 
 
 		 206 aa  58.5  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5233  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.72 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.114456  hitchhiker  0.000738291 
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  34.92 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.63 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4738  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.29 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0801  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.03 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0925  response regulator receiver protein  41.79 
 
 		 119 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.592282  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3043  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 		 225 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652561  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2582  LuxR response regulator receiver  33.72 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 209 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0649  LuxR family two component transcriptional regulator  36.05 
 
 		 212 aa  57  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.93281  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 219 aa  57  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 213 aa  57  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0091  regulatory protein LuxR  41.1 
 
 		 410 aa  56.6  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2073  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.81 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000764485 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0992  regulatory protein, LuxR  39.06 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.850793  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4080  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.858367 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2079  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  36.17 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  42.86 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1617  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321528  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4836  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3654  two component LuxR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000210563  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1387  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00141106  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.25 
 
 		 253 aa  55.5  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  41.79 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  41.79 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  41.79 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2510  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 217 aa  55.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 221 aa  54.7  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  41.79 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2603  two component LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 226 aa  54.7  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0876088  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  41.79 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.03 
 
 		 228 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0273  two component LuxR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 231 aa  54.7  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4214  two component LuxR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0601429  normal  0.0532868 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 228 aa  55.1  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1981  two component LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.607794  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1616  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.37 
 
 		 229 aa  55.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3643  two component LuxR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 215 aa  55.1  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.516516  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2533  response regulator receiver protein  41.25 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.495874 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  36.05 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0806  two component LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 216 aa  55.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  40.68 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>