More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3253 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3253  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  426  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4062  two component LuxR family transcriptional regulator  83.96 
 
 		 216 aa  361  4e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0448793  normal  0.300284 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6933  two component LuxR family transcriptional regulator  84.43 
 
 		 244 aa  361  5.0000000000000005e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.322421 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2258  two component LuxR family transcriptional regulator  73.08 
 
 		 224 aa  308  4e-83  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124896  normal  0.0124728 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2449  two component LuxR family transcriptional regulator  70.14 
 
 		 211 aa  298  5e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1971  two component LuxR family transcriptional regulator  70.05 
 
 		 216 aa  283  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.356635  normal  0.773651 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0992  regulatory protein, LuxR  65.85 
 
 		 218 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.850793  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0945  response regulator receiver  67.8 
 
 		 216 aa  278  5e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407172  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1487  two component LuxR family transcriptional regulator  68.45 
 
 		 231 aa  277  8e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0122618  normal  0.753042 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4979  two component LuxR family transcriptional regulator  67.46 
 
 		 231 aa  274  7e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.889239  normal  0.507767 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4738  two component transcriptional regulator, LuxR family  64.88 
 
 		 233 aa  270  1e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1528  two component LuxR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 212 aa  267  1e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.212037  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2950  LuxR response regulator receiver  64.71 
 
 		 221 aa  266  2e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1577  response regulator receiver  64.88 
 
 		 212 aa  265  4e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3524  response regulator receiver protein  65.33 
 
 		 214 aa  258  5.0000000000000005e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0390864  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3505  LuxR family two component transcriptional regulator  63.32 
 
 		 213 aa  255  4e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.345096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0190  two component transcriptional regulator, LuxR family  62.2 
 
 		 219 aa  254  7e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.146862  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0500  two component transcriptional regulator, LuxR family  64 
 
 		 226 aa  254  9e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6098  two component transcriptional regulator, LuxR family  66.83 
 
 		 218 aa  252  3e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4749  two component transcriptional regulator, LuxR family  60.59 
 
 		 223 aa  249  2e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0518  two component LuxR family transcriptional regulator  64.42 
 
 		 225 aa  246  2e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.665179 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2073  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.98 
 
 		 226 aa  241  7.999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000764485 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0094  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.54 
 
 		 233 aa  234  5.0000000000000005e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0277195 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3035  LuxR response regulator receiver  62.63 
 
 		 223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1910  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.37 
 
 		 218 aa  230  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22850  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  56.86 
 
 		 239 aa  230  1e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.711047 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2136  two component LuxR family transcriptional regulator  56.93 
 
 		 254 aa  228  4e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0553154  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2003  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.73 
 
 		 219 aa  226  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.183245  hitchhiker  0.00373502 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3097  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.86 
 
 		 222 aa  223  1e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.472018  normal  0.507317 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0097  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.14 
 
 		 209 aa  220  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.142871  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4145  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.59 
 
 		 216 aa  216  2e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1446  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.46 
 
 		 223 aa  214  5.9999999999999996e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13154  two component system transcriptional regulatory protein DevR  52.71 
 
 		 217 aa  214  7e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1427  two component LuxR family transcriptional regulator  54.19 
 
 		 212 aa  212  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4126  two component LuxR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 220 aa  211  5.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4201  two component LuxR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 215 aa  211  7e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.180608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4357  two component LuxR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 215 aa  211  7e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.171113 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3847  two component LuxR family transcriptional regulator  51.46 
 
 		 216 aa  209  3e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.118356  decreased coverage  0.00872558 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01100  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  52.94 
 
 		 214 aa  206  3e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1076  two component LuxR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 228 aa  204  7e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1092  two component LuxR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 228 aa  204  7e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.123414  normal  0.110897 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1103  two component LuxR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 228 aa  204  7e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.191898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2140  response regulator receiver  56.31 
 
 		 218 aa  202  4e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.95288  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2548  two component LuxR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 216 aa  199  3e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.971783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4820  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.72 
 
 		 218 aa  189  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3654  two component LuxR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000210563  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1611  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.34 
 
 		 208 aa  178  4.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.548364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2491  LuxR response regulator receiver  45.37 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.470277  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3459  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 212 aa  175  5e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.775478  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.7 
 
 		 226 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.33 
 
 		 236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2809  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 219 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 220 aa  169  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5304  response regulator receiver protein  44.76 
 
 		 220 aa  169  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0647  two component LuxR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 225 aa  167  8e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.14 
 
 		 228 aa  167  9e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0951  LuxR family two component transcriptional regulator  44.02 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.392411  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  44.39 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.35 
 
 		 213 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1049  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.91 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.661499  normal  0.245945 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1701  response regulator receiver protein  44.85 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0169479 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.87 
 
 		 253 aa  165  4e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1998  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.26 
 
 		 225 aa  165  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.12496  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4080  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.23 
 
 		 241 aa  165  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.858367 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 222 aa  165  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0692  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.76 
 
 		 213 aa  165  5.9999999999999996e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.71 
 
 		 217 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 228 aa  164  8e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  42.31 
 
 		 221 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.23 
 
 		 224 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 219 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1579  two component LuxR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 242 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3262  two component LuxR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 222 aa  161  6e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.764026 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4064  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 217 aa  161  7e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4902  response regulator receiver  42.03 
 
 		 216 aa  161  8.000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.443208  normal  0.676579 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1633  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.92 
 
 		 241 aa  160  1e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.457155  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 303 aa  160  1e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 220 aa  160  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.45 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.04 
 
 		 226 aa  159  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0356  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.27 
 
 		 220 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165726  normal  0.0985551 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 216 aa  159  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0938  two component LuxR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1903  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.33 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.202425  normal  0.182857 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 237 aa  159  4e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1769  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.57 
 
 		 219 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.221401  normal  0.0578747 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  38.76 
 
 		 215 aa  158  5e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3185  two component LuxR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 223 aa  158  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.704721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.17 
 
 		 225 aa  158  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 237 aa  158  6e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.49 
 
 		 214 aa  158  6e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1659  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.5 
 
 		 207 aa  158  7e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.319135  normal  0.0403017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3251  response regulator receiver protein  40.76 
 
 		 221 aa  158  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0793449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1684  response regulator receiver protein  42.72 
 
 		 207 aa  157  8e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.966789 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2449  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.18 
 
 		 220 aa  157  8e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  38.28 
 
 		 215 aa  157  9e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1346  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.83 
 
 		 236 aa  157  9e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.361751  hitchhiker  0.00000337078 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  38.76 
 
 		 215 aa  157  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  38.76 
 
 		 215 aa  157  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>