More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2318 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2318  nucleoside diphosphate kinase  100 
 
 		 140 aa  285  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.201028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1601  nucleoside diphosphate kinase  92.14 
 
 		 140 aa  270  5.000000000000001e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00859967  normal  0.254258 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3466  nucleoside diphosphate kinase  92.14 
 
 		 140 aa  267  5e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157142  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2122  nucleoside diphosphate kinase  90.71 
 
 		 140 aa  264  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2961  nucleoside diphosphate kinase  90.71 
 
 		 140 aa  263  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0984592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2485  nucleoside diphosphate kinase  90 
 
 		 140 aa  261  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3838  nucleoside diphosphate kinase  93.57 
 
 		 140 aa  252  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.502354 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0968  nucleoside diphosphate kinase  81.43 
 
 		 140 aa  234  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00326747 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2433  nucleoside diphosphate kinase  77.86 
 
 		 140 aa  231  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2328  nucleoside diphosphate kinase  78.57 
 
 		 140 aa  228  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0488  nucleoside diphosphate kinase  74.64 
 
 		 140 aa  221  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.94112  normal  0.716052 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0775  nucleoside diphosphate kinase  75.71 
 
 		 140 aa  221  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.251907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4361  nucleoside diphosphate kinase  76.43 
 
 		 140 aa  221  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.669349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4923  nucleoside diphosphate kinase  75.71 
 
 		 140 aa  221  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0403558  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2288  nucleoside diphosphate kinase  74.64 
 
 		 140 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1974  nucleoside diphosphate kinase  75.36 
 
 		 140 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.209722 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2012  nucleoside diphosphate kinase  74.64 
 
 		 140 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.684832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1079  nucleoside diphosphate kinase  72.86 
 
 		 140 aa  215  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000368146 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1224  nucleoside diphosphate kinase  72.86 
 
 		 140 aa  215  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131645 
 
 
-
 
NC_004310  BR0694  nucleoside diphosphate kinase  74.29 
 
 		 140 aa  214  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.900866  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0685  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  212  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0957  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1234  nucleoside-diphosphate kinase  75 
 
 		 140 aa  211  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0263228  normal  0.0520892 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1350  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  209  9e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.388595 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2594  nucleoside diphosphate kinase  72.14 
 
 		 140 aa  209  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.772748  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1759  nucleoside diphosphate kinase  72.14 
 
 		 140 aa  209  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0894  nucleoside diphosphate kinase  71.43 
 
 		 140 aa  207  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.139474  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0514  nucleoside diphosphate kinase  69.29 
 
 		 140 aa  207  3e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.321088  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1746  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  207  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2901  normal  0.105235 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1127  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  207  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.355617 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2894  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  207  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.588521  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1538  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  207  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1979  nucleoside diphosphate kinase  70.71 
 
 		 140 aa  206  7e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1822  nucleoside diphosphate kinase  72.86 
 
 		 140 aa  206  8e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2169  nucleoside diphosphate kinase  71.94 
 
 		 140 aa  200  6e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2538  nucleoside diphosphate kinase  70.8 
 
 		 139 aa  199  8e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.565005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0030  nucleoside diphosphate kinase  69.29 
 
 		 140 aa  199  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.348386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0237  nucleoside diphosphate kinase  69.78 
 
 		 140 aa  197  3e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.803486  normal  0.83109 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3333  nucleoside-diphosphate kinase  70.71 
 
 		 140 aa  197  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148108 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1311  nucleoside-diphosphate kinase  71.43 
 
 		 140 aa  197  3.9999999999999996e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.298971  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1552  nucleoside diphosphate kinase  70.45 
 
 		 132 aa  193  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.744593  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3160  nucleoside diphosphate kinase  64.96 
 
 		 139 aa  190  5e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00622384 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01364  nucleoside diphosphate kinase  66.91 
 
 		 143 aa  189  8e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0925  nucleoside diphosphate kinase  62.32 
 
 		 139 aa  186  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.621681 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2992  nucleoside diphosphate kinase  64.75 
 
 		 159 aa  184  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000780378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2872  nucleoside-diphosphate kinase  65.93 
 
 		 141 aa  183  6e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2110  nucleoside diphosphate kinase  63.77 
 
 		 141 aa  183  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1591  nucleoside diphosphate kinase  66.17 
 
 		 141 aa  183  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_002978  WD1183  nucleoside diphosphate kinase  64.75 
 
 		 139 aa  182  1.0000000000000001e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3130  nucleoside diphosphate kinase  63.31 
 
 		 143 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0990343  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2890  Nucleoside-diphosphate kinase  62.32 
 
 		 138 aa  181  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.421827  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2183  Nucleoside-diphosphate kinase  65.19 
 
 		 141 aa  182  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450102  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1439  nucleoside diphosphate kinase  60.58 
 
 		 139 aa  181  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0019677  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2090  nucleoside diphosphate kinase  64.49 
 
 		 141 aa  181  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1460  nucleoside diphosphate kinase  66.17 
 
 		 141 aa  180  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.425797  normal  0.366312 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2000  nucleoside diphosphate kinase  63.04 
 
 		 141 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.136751 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1423  nucleoside diphosphate kinase  65.41 
 
 		 141 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.235945  normal  0.0433038 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2544  nucleoside diphosphate kinase  65.41 
 
 		 141 aa  180  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0478014  hitchhiker  0.00487946 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2390  nucleoside diphosphate kinase  63.31 
 
 		 143 aa  180  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00297694  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2417  nucleoside-diphosphate kinase  62.59 
 
 		 164 aa  180  7e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1086  nucleoside diphosphate kinase  64.49 
 
 		 141 aa  179  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0590  nucleoside diphosphate kinase  62.32 
 
 		 142 aa  178  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0697929  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1726  nucleoside diphosphate kinase  65.41 
 
 		 141 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.204847 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1839  nucleoside diphosphate kinase  65.41 
 
 		 141 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.587203 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6264  nucleoside diphosphate kinase  65.41 
 
 		 141 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1753  nucleoside diphosphate kinase  65.41 
 
 		 141 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1815  nucleoside diphosphate kinase  65.41 
 
 		 141 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2886  nucleoside diphosphate kinase  61.15 
 
 		 143 aa  177  4e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1166  nucleoside diphosphate kinase  63.77 
 
 		 141 aa  177  4.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0662  nucleoside diphosphate kinase  60.87 
 
 		 141 aa  176  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0130513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1420  nucleoside diphosphate kinase  61.59 
 
 		 141 aa  175  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.803456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2380  nucleoside-diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  175  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1601  nucleoside diphosphate kinase  62.32 
 
 		 141 aa  175  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.144621 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2311  nucleoside-diphosphate kinase  61.59 
 
 		 141 aa  175  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0861887  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1624  nucleoside diphosphate kinase  60.87 
 
 		 141 aa  174  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.615734  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2612  nucleoside diphosphate kinase  63.04 
 
 		 141 aa  175  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00143318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1929  nucleoside diphosphate kinase  62.32 
 
 		 141 aa  175  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1248  nucleoside diphosphate kinase  58.27 
 
 		 141 aa  175  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1293  nucleoside diphosphate kinase  59.42 
 
 		 141 aa  174  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000414366  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4256  nucleoside diphosphate kinase  62.14 
 
 		 143 aa  173  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2164  Nucleoside-diphosphate kinase  60.58 
 
 		 139 aa  174  5e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.961833 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0084  nucleoside-diphosphate kinase  63.04 
 
 		 141 aa  173  6e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.311434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2052  Nucleoside-diphosphate kinase  60 
 
 		 143 aa  173  8e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1868  nucleoside diphosphate kinase  62.32 
 
 		 141 aa  172  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1110  nucleoside diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.539018  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0074  Nucleoside-diphosphate kinase  55.8 
 
 		 138 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1348  nucleoside diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2193  nucleoside diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0662762  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1792  nucleoside diphosphate kinase  58.57 
 
 		 141 aa  171  1.9999999999999998e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2358  nucleoside diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.766138  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2231  nucleoside diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666945  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2231  nucleoside diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0059  nucleoside diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.147771  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1838  nucleoside diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.629382  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1747  nucleoside diphosphate kinase  61.15 
 
 		 143 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000066664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1827  nucleoside diphosphate kinase  61.15 
 
 		 143 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00692161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0731  Nucleoside-diphosphate kinase  62.04 
 
 		 143 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1301  nucleoside diphosphate kinase  59.71 
 
 		 143 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378961  normal  0.0264446 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1656  nucleoside diphosphate kinase  58.27 
 
 		 141 aa  172  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.110606  normal  0.295678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2389  nucleoside diphosphate kinase  61.15 
 
 		 143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124206  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>