More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1746 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1746  nucleoside diphosphate kinase  100 
 
 		 140 aa  283  8e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2901  normal  0.105235 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1127  nucleoside diphosphate kinase  89.29 
 
 		 140 aa  255  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.355617 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1538  nucleoside diphosphate kinase  89.29 
 
 		 140 aa  254  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2894  nucleoside diphosphate kinase  89.29 
 
 		 140 aa  254  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.588521  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1350  nucleoside diphosphate kinase  86.43 
 
 		 140 aa  241  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.388595 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1822  nucleoside diphosphate kinase  83.57 
 
 		 140 aa  238  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0957  nucleoside diphosphate kinase  82.14 
 
 		 140 aa  235  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2594  nucleoside diphosphate kinase  75.71 
 
 		 140 aa  225  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.772748  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0694  nucleoside diphosphate kinase  75 
 
 		 140 aa  219  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.900866  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0685  nucleoside diphosphate kinase  74.29 
 
 		 140 aa  218  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2169  nucleoside diphosphate kinase  75.71 
 
 		 140 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1079  nucleoside diphosphate kinase  72.14 
 
 		 140 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000368146 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1224  nucleoside diphosphate kinase  71.43 
 
 		 140 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131645 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0775  nucleoside diphosphate kinase  72.14 
 
 		 140 aa  209  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.251907 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2538  nucleoside diphosphate kinase  75.91 
 
 		 139 aa  207  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.565005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2318  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  207  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.201028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3333  nucleoside-diphosphate kinase  70.71 
 
 		 140 aa  204  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148108 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4361  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  204  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.669349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4923  nucleoside diphosphate kinase  74.29 
 
 		 140 aa  204  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0403558  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2485  nucleoside diphosphate kinase  71.43 
 
 		 140 aa  203  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1979  nucleoside diphosphate kinase  69.29 
 
 		 140 aa  202  9e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2433  nucleoside diphosphate kinase  72.14 
 
 		 140 aa  202  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1601  nucleoside diphosphate kinase  72.86 
 
 		 140 aa  201  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00859967  normal  0.254258 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1311  nucleoside-diphosphate kinase  70 
 
 		 140 aa  202  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.298971  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2122  nucleoside diphosphate kinase  72.14 
 
 		 140 aa  201  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0237  nucleoside diphosphate kinase  70.5 
 
 		 140 aa  201  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.803486  normal  0.83109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2961  nucleoside diphosphate kinase  70.71 
 
 		 140 aa  200  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0984592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0514  nucleoside diphosphate kinase  67.14 
 
 		 140 aa  199  9.999999999999999e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.321088  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3466  nucleoside diphosphate kinase  71.43 
 
 		 140 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157142  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1552  nucleoside diphosphate kinase  71.21 
 
 		 132 aa  197  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.744593  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0030  nucleoside diphosphate kinase  70.71 
 
 		 140 aa  197  3.9999999999999996e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.348386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0968  nucleoside diphosphate kinase  71.43 
 
 		 140 aa  196  7e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00326747 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1234  nucleoside-diphosphate kinase  70.71 
 
 		 140 aa  196  7.999999999999999e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0263228  normal  0.0520892 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2328  nucleoside diphosphate kinase  72.14 
 
 		 140 aa  196  9e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1759  nucleoside diphosphate kinase  68.57 
 
 		 140 aa  194  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0488  nucleoside diphosphate kinase  70.29 
 
 		 140 aa  193  5.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.94112  normal  0.716052 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1974  nucleoside diphosphate kinase  68.84 
 
 		 140 aa  193  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.209722 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1307  nucleoside diphosphate kinase  64.75 
 
 		 143 aa  191  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01364  nucleoside diphosphate kinase  64.75 
 
 		 143 aa  192  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14820  nucleoside diphosphate kinase  64.75 
 
 		 143 aa  191  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2992  nucleoside diphosphate kinase  64.03 
 
 		 159 aa  191  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000780378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3838  nucleoside diphosphate kinase  73.57 
 
 		 140 aa  190  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.502354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2288  nucleoside diphosphate kinase  68.12 
 
 		 140 aa  190  5e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40330  Nucleoside-diphosphate kinase  64.29 
 
 		 143 aa  190  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2012  nucleoside diphosphate kinase  70.15 
 
 		 140 aa  189  9e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.684832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3130  nucleoside diphosphate kinase  64.75 
 
 		 143 aa  189  9e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0990343  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1906  nucleoside diphosphate kinase  67.63 
 
 		 143 aa  189  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0894  nucleoside diphosphate kinase  66.43 
 
 		 140 aa  187  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.139474  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3394  nucleoside diphosphate kinase  62.32 
 
 		 141 aa  187  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2850  nucleoside diphosphate kinase  64.75 
 
 		 141 aa  186  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3504  nucleoside diphosphate kinase  62.14 
 
 		 143 aa  184  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2090  nucleoside diphosphate kinase  62.32 
 
 		 141 aa  184  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0849  nucleoside diphosphate kinase  65.22 
 
 		 141 aa  183  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2886  nucleoside diphosphate kinase  63.31 
 
 		 143 aa  183  7e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0879  nucleoside diphosphate kinase  65.22 
 
 		 141 aa  183  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4256  nucleoside diphosphate kinase  63.57 
 
 		 143 aa  183  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2000  nucleoside diphosphate kinase  62.32 
 
 		 141 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.136751 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2872  nucleoside-diphosphate kinase  63.04 
 
 		 141 aa  182  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2417  nucleoside-diphosphate kinase  62.59 
 
 		 164 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1123  nucleoside diphosphate kinase  64.03 
 
 		 142 aa  182  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.592805  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2183  Nucleoside-diphosphate kinase  62.32 
 
 		 141 aa  181  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450102  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0074  Nucleoside-diphosphate kinase  60.87 
 
 		 138 aa  181  3e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1430  nucleoside diphosphate kinase  64.03 
 
 		 141 aa  181  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0925  nucleoside diphosphate kinase  63.04 
 
 		 139 aa  181  3e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.621681 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2989  nucleoside diphosphate kinase  61.76 
 
 		 142 aa  181  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0674599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2390  nucleoside diphosphate kinase  62.59 
 
 		 143 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00297694  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2862  nucleoside diphosphate kinase  63.31 
 
 		 143 aa  180  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.760882  hitchhiker  0.0000000204456 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2310  nucleoside diphosphate kinase  62.59 
 
 		 143 aa  180  7e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00703116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4605  nucleoside diphosphate kinase  63.77 
 
 		 141 aa  179  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.426522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2686  nucleoside diphosphate kinase  64.23 
 
 		 137 aa  179  8.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  4.77267e-18  normal  0.505951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4329  nucleoside diphosphate kinase  64.49 
 
 		 141 aa  179  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000143413 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1086  nucleoside diphosphate kinase  62.32 
 
 		 141 aa  179  9.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.895381  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1183  nucleoside diphosphate kinase  63.31 
 
 		 139 aa  179  1e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1342  nucleoside diphosphate kinase  61.59 
 
 		 139 aa  179  1e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00960069  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1293  nucleoside diphosphate kinase  59.42 
 
 		 141 aa  179  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000414366  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1624  nucleoside diphosphate kinase  63.43 
 
 		 141 aa  179  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.615734  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2110  nucleoside diphosphate kinase  59.42 
 
 		 141 aa  179  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1301  nucleoside diphosphate kinase  61.15 
 
 		 143 aa  178  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378961  normal  0.0264446 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1402  nucleoside diphosphate kinase  63.16 
 
 		 144 aa  178  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000394217  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0662  nucleoside diphosphate kinase  60.14 
 
 		 141 aa  179  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0130513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1423  nucleoside diphosphate kinase  63.16 
 
 		 141 aa  178  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.235945  normal  0.0433038 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1166  nucleoside diphosphate kinase  61.59 
 
 		 141 aa  177  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0731  Nucleoside-diphosphate kinase  65.41 
 
 		 143 aa  177  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0084  nucleoside-diphosphate kinase  61.59 
 
 		 141 aa  177  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.311434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1868  nucleoside diphosphate kinase  60.14 
 
 		 141 aa  177  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1601  nucleoside diphosphate kinase  61.59 
 
 		 141 aa  177  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.144621 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1929  nucleoside diphosphate kinase  61.59 
 
 		 141 aa  177  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0892  nucleoside diphosphate kinase  63.77 
 
 		 141 aa  177  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000198835 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3160  nucleoside diphosphate kinase  60.58 
 
 		 139 aa  177  4e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00622384 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1352  nucleoside-diphosphate kinase  63.91 
 
 		 135 aa  177  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378261  unclonable  0.00000000000374498 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1747  nucleoside diphosphate kinase  63.31 
 
 		 143 aa  176  7e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000066664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1827  nucleoside diphosphate kinase  63.31 
 
 		 143 aa  176  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00692161  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1110  nucleoside diphosphate kinase  63.5 
 
 		 137 aa  176  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000208887  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1460  nucleoside diphosphate kinase  62.41 
 
 		 141 aa  176  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.425797  normal  0.366312 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0678  nucleoside diphosphate kinase  62.59 
 
 		 143 aa  175  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.910925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2377  nucleoside diphosphate kinase  62.59 
 
 		 143 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000377324  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2389  nucleoside diphosphate kinase  62.59 
 
 		 143 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124206  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2493  nucleoside diphosphate kinase  62.59 
 
 		 143 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000115766  hitchhiker  0.00287307 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2141  nucleoside diphosphate kinase  62.59 
 
 		 143 aa  175  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000896706  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1970  nucleoside diphosphate kinase  62.59 
 
 		 143 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000570351  hitchhiker  0.000372949 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>