More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1552 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1552  nucleoside diphosphate kinase  100 
 
 
132 aa  268  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.744593  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1224  nucleoside diphosphate kinase  89.39 
 
 
140 aa  243  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131645 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1079  nucleoside diphosphate kinase  89.39 
 
 
140 aa  243  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000368146 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0775  nucleoside diphosphate kinase  88.64 
 
 
140 aa  238  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.251907 
 
 
-
 
NC_004310  BR0694  nucleoside diphosphate kinase  85.61 
 
 
140 aa  231  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.900866  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2594  nucleoside diphosphate kinase  84.85 
 
 
140 aa  231  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.772748  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1979  nucleoside diphosphate kinase  83.33 
 
 
140 aa  229  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0685  nucleoside diphosphate kinase  84.85 
 
 
140 aa  229  8.000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0514  nucleoside diphosphate kinase  82.58 
 
 
140 aa  227  5e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.321088  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1127  nucleoside diphosphate kinase  72.73 
 
 
140 aa  203  7e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.355617 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1759  nucleoside diphosphate kinase  74.24 
 
 
140 aa  202  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1822  nucleoside diphosphate kinase  72.73 
 
 
140 aa  202  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1538  nucleoside diphosphate kinase  71.21 
 
 
140 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115511  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2894  nucleoside diphosphate kinase  71.21 
 
 
140 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.588521  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1746  nucleoside diphosphate kinase  71.21 
 
 
140 aa  197  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2901  normal  0.105235 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0957  nucleoside diphosphate kinase  71.97 
 
 
140 aa  196  7.999999999999999e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3333  nucleoside-diphosphate kinase  73.48 
 
 
140 aa  196  1.0000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148108 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0894  nucleoside diphosphate kinase  72.73 
 
 
140 aa  195  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.139474  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2169  nucleoside diphosphate kinase  71.97 
 
 
140 aa  194  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2318  nucleoside diphosphate kinase  70.45 
 
 
140 aa  193  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.201028  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2485  nucleoside diphosphate kinase  71.21 
 
 
140 aa  192  9e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0924623  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1350  nucleoside diphosphate kinase  70.45 
 
 
140 aa  191  4e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.388595 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2433  nucleoside diphosphate kinase  67.42 
 
 
140 aa  189  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1601  nucleoside diphosphate kinase  69.7 
 
 
140 aa  188  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00859967  normal  0.254258 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2961  nucleoside diphosphate kinase  69.7 
 
 
140 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0984592  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2122  nucleoside diphosphate kinase  68.94 
 
 
140 aa  188  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4923  nucleoside diphosphate kinase  68.18 
 
 
140 aa  186  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0403558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4361  nucleoside diphosphate kinase  67.42 
 
 
140 aa  186  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.669349  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3466  nucleoside diphosphate kinase  68.18 
 
 
140 aa  185  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157142  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0968  nucleoside diphosphate kinase  68.18 
 
 
140 aa  185  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00326747 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01364  nucleoside diphosphate kinase  67.18 
 
 
143 aa  184  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0030  nucleoside diphosphate kinase  68.18 
 
 
140 aa  184  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.348386  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3160  nucleoside diphosphate kinase  65.15 
 
 
139 aa  183  7e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00622384 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0488  nucleoside diphosphate kinase  66.15 
 
 
140 aa  183  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.94112  normal  0.716052 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0237  nucleoside diphosphate kinase  66.41 
 
 
140 aa  182  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.803486  normal  0.83109 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1234  nucleoside-diphosphate kinase  68.18 
 
 
140 aa  181  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0263228  normal  0.0520892 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2012  nucleoside diphosphate kinase  65.38 
 
 
140 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.684832  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1974  nucleoside diphosphate kinase  65.38 
 
 
140 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.209722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2288  nucleoside diphosphate kinase  65.38 
 
 
140 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3130  nucleoside diphosphate kinase  65.65 
 
 
143 aa  180  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0990343  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2328  nucleoside diphosphate kinase  65.91 
 
 
140 aa  177  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2538  nucleoside diphosphate kinase  65.15 
 
 
139 aa  177  5.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.565005  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3504  nucleoside diphosphate kinase  65.15 
 
 
143 aa  176  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1311  nucleoside-diphosphate kinase  63.64 
 
 
140 aa  175  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.298971  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1307  nucleoside diphosphate kinase  65.65 
 
 
143 aa  175  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14820  nucleoside diphosphate kinase  65.65 
 
 
143 aa  175  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3838  nucleoside diphosphate kinase  70.45 
 
 
140 aa  174  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.502354 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2886  nucleoside diphosphate kinase  62.6 
 
 
143 aa  174  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40330  Nucleoside-diphosphate kinase  65.15 
 
 
143 aa  174  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0590  nucleoside diphosphate kinase  64.62 
 
 
142 aa  174  5e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0697929  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2417  nucleoside-diphosphate kinase  63.36 
 
 
164 aa  174  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0925  nucleoside diphosphate kinase  62.88 
 
 
139 aa  172  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.621681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2310  nucleoside diphosphate kinase  64.12 
 
 
143 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00703116  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2164  Nucleoside-diphosphate kinase  62.12 
 
 
139 aa  171  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.961833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4256  nucleoside diphosphate kinase  62.88 
 
 
143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4605  nucleoside diphosphate kinase  66.92 
 
 
141 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.426522  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2390  nucleoside diphosphate kinase  62.6 
 
 
143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00297694  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1301  nucleoside diphosphate kinase  62.6 
 
 
143 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378961  normal  0.0264446 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1702  nucleoside diphosphate kinase  61.83 
 
 
137 aa  171  3.9999999999999995e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2862  nucleoside diphosphate kinase  63.36 
 
 
143 aa  170  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.760882  hitchhiker  0.0000000204456 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1792  nucleoside diphosphate kinase  63.64 
 
 
141 aa  170  5e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0849  nucleoside diphosphate kinase  65.38 
 
 
141 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0879  nucleoside diphosphate kinase  65.38 
 
 
141 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1248  nucleoside diphosphate kinase  61.07 
 
 
141 aa  170  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1624  nucleoside diphosphate kinase  62.31 
 
 
141 aa  170  6.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.615734  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0619  nucleoside-diphosphate kinase  57.69 
 
 
141 aa  168  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000154193  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2380  nucleoside-diphosphate kinase  62.31 
 
 
141 aa  169  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0990  nucleoside diphosphate kinase  58.78 
 
 
137 aa  168  3e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0787  nucleoside diphosphate kinase  61.07 
 
 
141 aa  167  4e-41  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.365993  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1439  nucleoside diphosphate kinase  62.12 
 
 
139 aa  167  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0019677  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0731  Nucleoside-diphosphate kinase  64.8 
 
 
143 aa  167  4e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1334  nucleoside diphosphate kinase  59.54 
 
 
137 aa  167  5e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2183  Nucleoside-diphosphate kinase  60.77 
 
 
141 aa  167  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450102  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2850  nucleoside diphosphate kinase  61.07 
 
 
141 aa  167  6e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4329  nucleoside diphosphate kinase  64.62 
 
 
141 aa  166  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000143413 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2992  nucleoside diphosphate kinase  59.54 
 
 
159 aa  166  7e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000780378  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2377  nucleoside diphosphate kinase  62.6 
 
 
143 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000377324  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0377  nucleoside diphosphate kinase  60.31 
 
 
137 aa  165  2e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0354  nucleoside diphosphate kinase  60.31 
 
 
137 aa  165  2e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.773452  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1656  nucleoside diphosphate kinase  60.61 
 
 
141 aa  165  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.110606  normal  0.295678 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1970  nucleoside diphosphate kinase  62.6 
 
 
143 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000570351  hitchhiker  0.000372949 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1626  nucleoside diphosphate kinase  60.77 
 
 
137 aa  165  2e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2493  nucleoside diphosphate kinase  62.6 
 
 
143 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000115766  hitchhiker  0.00287307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2389  nucleoside diphosphate kinase  62.6 
 
 
143 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124206  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1342  nucleoside diphosphate kinase  59.23 
 
 
139 aa  164  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00960069  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0892  nucleoside diphosphate kinase  63.85 
 
 
141 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000198835 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2989  nucleoside diphosphate kinase  61.6 
 
 
142 aa  164  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0674599  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1906  nucleoside diphosphate kinase  61.07 
 
 
143 aa  164  4e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0225  Nucleoside-diphosphate kinase  59.23 
 
 
137 aa  164  4e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2141  nucleoside diphosphate kinase  61.83 
 
 
143 aa  164  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000896706  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1423  nucleoside diphosphate kinase  62.4 
 
 
141 aa  164  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.235945  normal  0.0433038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2272  nucleoside diphosphate kinase  61.83 
 
 
143 aa  164  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000444266  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1498  nucleoside diphosphate kinase  59.54 
 
 
143 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.300953  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0233  nucleoside diphosphate kinase  58.78 
 
 
137 aa  163  6.9999999999999995e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06114  nucleoside diphosphate kinase  59.54 
 
 
141 aa  163  6.9999999999999995e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.109761  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01052  nucleoside diphosphate kinase  59.54 
 
 
141 aa  163  6.9999999999999995e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.299785  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1747  nucleoside diphosphate kinase  61.07 
 
 
143 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000066664  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1827  nucleoside diphosphate kinase  61.07 
 
 
143 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00692161  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1430  nucleoside diphosphate kinase  63.85 
 
 
141 aa  163  9e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1244  nucleoside diphosphate kinase  63.85 
 
 
141 aa  163  9e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>