More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1678 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1678  CinA-like  100 
 
 		 163 aa  331  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3619  CinA-like  88.2 
 
 		 162 aa  291  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.45601  normal  0.692675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1897  CinA domain protein  85.44 
 
 		 162 aa  279  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7139  competence/damage-inducible protein cinA  70.62 
 
 		 160 aa  237  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.876288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3350  CinA domain-containing protein  61.43 
 
 		 160 aa  169  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2030  CinA domain protein  50.68 
 
 		 174 aa  152  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1417  CinA domain-containing protein  44.59 
 
 		 159 aa  133  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1740  competence/damage-inducible protein cinA  43.83 
 
 		 167 aa  127  5.0000000000000004e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386919  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02801  molybdenum cofactor biosynthesis protein  34.72 
 
 		 424 aa  97.1  8e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.441283  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2089  competence-damaged protein  40.87 
 
 		 419 aa  90.1  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02901  molybdenum cofactor biosynthesis protein  29.49 
 
 		 433 aa  89.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3471  competence/damage-inducible protein CinA  34.03 
 
 		 417 aa  87.8  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0255  competence/damage-inducible protein cinA  42.24 
 
 		 419 aa  85.5  3e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0125  competence/damage-inducible protein CinA  41.12 
 
 		 400 aa  85.1  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0114565  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03351  molybdenum cofactor biosynthesis protein  33.08 
 
 		 430 aa  84.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.120334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_32786  predicted protein  32.95 
 
 		 184 aa  84  8e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.333376  normal  0.784272 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1623  competence/damage-inducible protein cinA  32.33 
 
 		 430 aa  80.9  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2329  competence/damage-inducible protein CinA  35.33 
 
 		 429 aa  80.5  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1570  competence/damage-inducible protein CinA  36.67 
 
 		 413 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000404385  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1676  competence damage-inducible protein A  35.76 
 
 		 418 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2702  competence/damage-inducible protein CinA  33.33 
 
 		 418 aa  77  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2467  CinA domain protein  38.66 
 
 		 172 aa  77  0.0000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2078  competence damage-inducible protein A  35.43 
 
 		 416 aa  75.9  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.297659  hitchhiker  0.000644624 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02831  molybdenum cofactor biosynthesis protein  34.19 
 
 		 431 aa  75.9  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0259  competence/damage-inducible protein cinA  29.17 
 
 		 424 aa  75.9  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2662  competence damage-inducible protein A  32.92 
 
 		 425 aa  75.9  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1118  CinA domain protein  36.36 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.43976  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2558  competence/damage-inducible protein cinA  35.1 
 
 		 420 aa  75.5  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.109566  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13568  putative competence-damage inducible  31.08 
 
 		 415 aa  75.1  0.0000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2617  CinA domain protein  33.94 
 
 		 172 aa  75.1  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0301  hypothetical protein  31.97 
 
 		 416 aa  73.9  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.241188 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2526  competence/damage-inducible protein cinA  35.16 
 
 		 418 aa  73.2  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5905  competence/damage-inducible protein CinA  40 
 
 		 437 aa  73.9  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2330  competence/damage-inducible protein CinA  30.72 
 
 		 418 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.261185 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0985  competence/damage-inducible protein CinA  38.98 
 
 		 411 aa  72.8  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000422375  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0272  competence/damage-inducible protein CinA  34.43 
 
 		 424 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0674  competence/damage-inducible protein CinA  35.66 
 
 		 415 aa  73.2  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0848574  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2959  CinA domain protein  37.72 
 
 		 171 aa  72  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3105  competence damage-inducible protein A  39.17 
 
 		 420 aa  72.4  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000208181  normal  0.532071 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1586  competence/damage-inducible protein CinA  31.25 
 
 		 408 aa  72  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000105098  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3908  competence/damage-inducible protein CinA  34.43 
 
 		 425 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2080  competence damage-inducible protein A  43 
 
 		 414 aa  71.6  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1982  competence-damaged protein  35.1 
 
 		 431 aa  71.6  0.000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0539323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3712  competence/damage-inducible protein CinA  34.43 
 
 		 425 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0233  competence/damage-inducible protein CinA  34.43 
 
 		 425 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.43378 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0280  competence damage-inducible protein A  35 
 
 		 421 aa  70.9  0.000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3733  competence/damage-inducible protein CinA  38.52 
 
 		 414 aa  70.9  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0456  competence/damage-inducible protein CinA  31.43 
 
 		 423 aa  70.5  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0143  competence-damaged protein  36.13 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.816371  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0196  competence/damage-inducible protein cinA  42.72 
 
 		 413 aa  70.5  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.47995  normal  0.513575 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1922  competence damage-inducible protein A  36.8 
 
 		 411 aa  70.1  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0155904  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4628  CinA domain protein  40.16 
 
 		 426 aa  70.1  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3745  competence/damage-inducible protein CinA  35.51 
 
 		 410 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.952962 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3720  competence/damage-inducible protein CinA  34.43 
 
 		 424 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.406121  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07490  CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase  36.07 
 
 		 436 aa  69.3  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.042487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1871  competence/damage-inducible protein CinA  31.87 
 
 		 415 aa  69.3  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0858152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1471  competence/damage-inducible protein CinA  39.13 
 
 		 406 aa  68.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.127151  normal  0.989632 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1102  competence/damage-inducible protein cinA  38.1 
 
 		 169 aa  69.7  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3683  competence/damage-inducible protein CinA  36.03 
 
 		 408 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.954377  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11920  competence/damage-inducible protein CinA  31.17 
 
 		 413 aa  69.3  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353424  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1471  competence/damage-inducible protein CinA  36.13 
 
 		 432 aa  68.6  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000360064  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3628  competence/damage-inducible protein CinA  40.74 
 
 		 414 aa  68.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0054  CinA domain protein  29.19 
 
 		 163 aa  68.9  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3162  CinA domain protein  35.65 
 
 		 160 aa  68.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2324  competence/damage-inducible protein cinA  38.66 
 
 		 168 aa  68.9  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.700413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3874  CinA, C-terminal  32.26 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0833  CinA domain protein  31.47 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0626  competence damage-inducible protein A  36.19 
 
 		 415 aa  68.6  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0064  competence/damage-inducible protein CinA  39.6 
 
 		 411 aa  68.2  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000939052  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0814  competence/damage-inducible protein CinA  30 
 
 		 416 aa  68.2  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0781  CinA domain protein  36.97 
 
 		 165 aa  68.2  0.00000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000616829  normal  0.0277412 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3194  CinA domain-containing protein  30.07 
 
 		 159 aa  68.2  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000125042  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25150  competence/damage-inducible protein cinA  36.96 
 
 		 162 aa  67.4  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0627  competence/damage-inducible protein CinA  37.61 
 
 		 417 aa  67.4  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4984  competence/damage-inducible protein CinA  36.51 
 
 		 417 aa  67.4  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0843  competence/damage-inducible protein CinA  30 
 
 		 416 aa  67.4  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3752  competence/damage-inducible protein CinA  36.67 
 
 		 408 aa  67.4  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0225  competence/damage-inducible protein CinA  32.67 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4017  competence/damage-inducible protein CinA  32.79 
 
 		 424 aa  67  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0850311 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0130  competence damage-inducible protein A  34.62 
 
 		 412 aa  67  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.135469  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4900  competence/damage-inducible protein CinA  33.07 
 
 		 416 aa  66.6  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0300  competence/damage-inducible protein CinA  34.64 
 
 		 420 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00640906  hitchhiker  0.00236283 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0325  competence/damage-inducible protein CinA  33.61 
 
 		 424 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.58882 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1287  CinA-like  29.7 
 
 		 166 aa  66.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0842  competence damage-inducible protein A  35.48 
 
 		 413 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.89652  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2140  competence/damage-inducible protein cinA  37.61 
 
 		 414 aa  66.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0128  competence damage-inducible protein A  34.62 
 
 		 412 aa  66.2  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1257  hypothetical protein  35.45 
 
 		 419 aa  65.9  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.16075  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0217  competence/damage-inducible protein CinA  38.46 
 
 		 420 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2737  competence damage-inducible protein A  39.81 
 
 		 421 aa  65.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.053629 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2707  competence damage-inducible protein A  39.81 
 
 		 421 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1187  competence damage-inducible protein A  36.13 
 
 		 416 aa  65.5  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000174522  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2751  competence damage-inducible protein A  39.81 
 
 		 421 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1291  competence/damage inducible protein CinA  35.85 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0461507  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3280  competence damage-inducible protein A  39.42 
 
 		 422 aa  65.1  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.659727 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1389  competence/damage-inducible protein CinA  33.7 
 
 		 403 aa  65.1  0.0000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4280  competence/damage-inducible protein CinA  31.97 
 
 		 424 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.27905 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0265  competence/damage-inducible protein CinA  33.99 
 
 		 430 aa  64.7  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0226126 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1074  competence/damage-inducible protein CinA C-terminal domain protein  35.85 
 
 		 169 aa  64.7  0.0000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.779028  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0252  competence/damage-inducible protein CinA  34.19 
 
 		 424 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>