More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3872 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3872  hypothetical protein  100 
 
 		 308 aa  630  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1561  hypothetical protein  94.81 
 
 		 318 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.207063  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4306  hypothetical protein  94.79 
 
 		 318 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3633  hypothetical protein  93.46 
 
 		 321 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46250  hypothetical protein  70 
 
 		 313 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0321722  normal  0.0483373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3932  hypothetical protein  69.35 
 
 		 313 aa  441  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3530  hypothetical protein  65.15 
 
 		 313 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.524505  normal  0.460053 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3577  SAM-dependent methyltransferase-like protein  68.32 
 
 		 308 aa  424  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.586441 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2337  hypothetical protein  63.37 
 
 		 320 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.166557  normal  0.623791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2527  hypothetical protein  63.37 
 
 		 320 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1918  hypothetical protein  60.65 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.453837  normal  0.204639 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02689  methyltransferase  60.26 
 
 		 310 aa  388  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003801  methyltransferase  59.28 
 
 		 310 aa  382  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1143  hypothetical protein  57.91 
 
 		 321 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1491  hypothetical protein  49.66 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000879827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3313  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase  45.45 
 
 		 314 aa  276  4e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2890  hypothetical protein  48.81 
 
 		 302 aa  275  6e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0038147  hitchhiker  0.00000713173 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1666  hypothetical protein  47.6 
 
 		 303 aa  266  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000201275  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2556  hypothetical protein  48.94 
 
 		 302 aa  266  5e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4405  hypothetical protein  42.51 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.134753  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2777  hypothetical protein  48.24 
 
 		 305 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00142049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2680  hypothetical protein  47.89 
 
 		 305 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00757466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1686  hypothetical protein  47.54 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000452263  normal  0.0252505 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2701  hypothetical protein  47.54 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000560458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1701  hypothetical protein  45.52 
 
 		 302 aa  255  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000328328  normal  0.027964 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2919  hypothetical protein  46.18 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1661  hypothetical protein  46.18 
 
 		 319 aa  254  9e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.519453  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1214  hypothetical protein  44.25 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1545  hypothetical protein  46.18 
 
 		 303 aa  252  6e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013291  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2385  hypothetical protein  47.54 
 
 		 304 aa  252  7e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000477017  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2397  hypothetical protein  50.87 
 
 		 305 aa  252  7e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00356323  normal  0.487755 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2094  hypothetical protein  45.86 
 
 		 319 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.120571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1551  hypothetical protein  45.49 
 
 		 303 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0147626  normal  0.169914 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1486  hypothetical protein  45.49 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2881  SAM-dependent methyltransferases  44.71 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3357  hypothetical protein  42.9 
 
 		 319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416158  normal  0.98402 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2468  hypothetical protein  45.07 
 
 		 310 aa  239  4e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.219028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2359  hypothetical protein  46.83 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1161  hypothetical protein  36.51 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0070  hypothetical protein  33.12 
 
 		 338 aa  116  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  33.7 
 
 		 560 aa  110  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3324  hypothetical protein  29.81 
 
 		 353 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1462  hypothetical protein  33.93 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.685404  normal  0.241812 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1583  PUA domain containing protein  33.18 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.303299  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0259  SAM-dependent methyltransferase  26.51 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.966549  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2376  SAM-dependent methyltransferase  32.84 
 
 		 400 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1764  PUA domain-containing protein  28.73 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0181071  hitchhiker  0.000729336 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1488  PUA domain containing protein  32.34 
 
 		 400 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1709  hypothetical protein  26.59 
 
 		 396 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3598  hypothetical protein  30.36 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1491  putative RNA methylase  32.73 
 
 		 408 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.286756 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0704  hypothetical protein  30.39 
 
 		 363 aa  99.8  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1380  hypothetical protein  29.15 
 
 		 385 aa  99.4  7e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0930599  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1132  hypothetical protein  28.09 
 
 		 396 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.250632 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1082  hypothetical protein  28.09 
 
 		 396 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000305834  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3633  hypothetical protein  28.84 
 
 		 350 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4997  SAM-dependent methyltransferase-like  32.27 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6906  Methyltransferase type 11  34.84 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2451  hypothetical protein  29.64 
 
 		 380 aa  97.4  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4815  hypothetical protein  38.46 
 
 		 338 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.195224  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2348  hypothetical protein  28.09 
 
 		 396 aa  97.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.287324  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00971  predicted methyltransferase  28.09 
 
 		 367 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.406744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2676  Protein of unknown function methylase putative  28.09 
 
 		 391 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00640456  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1076  hypothetical protein  28.09 
 
 		 396 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00716941  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00978  hypothetical protein  28.09 
 
 		 367 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.536136  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003438  23S rRNA (guanine-N-2-) -methyltransferase RlmL  31.58 
 
 		 706 aa  96.7  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2629  hypothetical protein  28.09 
 
 		 396 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2151  hypothetical protein  28.09 
 
 		 396 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111749  normal  0.201335 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3286  hypothetical protein  30.88 
 
 		 335 aa  96.3  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0968  methyltransferase small  36.63 
 
 		 392 aa  96.3  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1479  SAM-dependent methyltransferase  28.36 
 
 		 396 aa  95.9  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.41969  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4481  hypothetical protein  32.27 
 
 		 338 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0968  hypothetical protein  28.25 
 
 		 418 aa  95.1  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000850762  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22980  SAM-dependent methyltransferase  31.78 
 
 		 416 aa  95.5  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000733541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02370  methyltransferase  26.39 
 
 		 397 aa  95.1  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003408  hypothetical protein  26.39 
 
 		 397 aa  95.1  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000270562  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3209  PUA domain-containing protein  27.88 
 
 		 396 aa  95.1  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0310372  hitchhiker  0.00624197 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2531  PUA domain-containing protein  27.88 
 
 		 396 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.149563  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2620  PUA domain-containing protein  27.88 
 
 		 396 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.925241  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1368  PUA domain containing protein  36.16 
 
 		 397 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4073  SAM-dependent methyltransferase  35.16 
 
 		 402 aa  94.7  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.910073  normal  0.355186 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0650  putative SAM-dependent methyltransferase  32.39 
 
 		 400 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1771  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.14 
 
 		 807 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_41962  predicted protein  30.58 
 
 		 493 aa  94.4  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0487312 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3385  putative RNA methylase  32.14 
 
 		 412 aa  94.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.871032  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2014  hypothetical protein  28.66 
 
 		 335 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.94 
 
 		 711 aa  94.7  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4665  hypothetical protein  25.35 
 
 		 399 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4172  hypothetical protein  32.37 
 
 		 338 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4650  hypothetical protein  25.35 
 
 		 399 aa  94  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2449  hypothetical protein  28.66 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.861715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2332  hypothetical protein  28.66 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.946528  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1873  hypothetical protein  30.92 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2105  hypothetical protein  35.16 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2332  hypothetical protein  28.66 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.97863  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02337  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.1 
 
 		 707 aa  93.6  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0223  SAM-dependent methyltransferase  36.3 
 
 		 397 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.48 
 
 		 712 aa  93.2  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4274  methyltransferase  25.35 
 
 		 399 aa  92.8  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.314948  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3540  hypothetical protein  36.23 
 
 		 409 aa  92.8  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>