More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2556 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2556  hypothetical protein  100 
 
 
302 aa  626  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2777  hypothetical protein  71.85 
 
 
305 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00142049  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2680  hypothetical protein  71.52 
 
 
305 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00757466  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2919  hypothetical protein  71.43 
 
 
303 aa  456  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2701  hypothetical protein  71.19 
 
 
305 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000560458  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2359  hypothetical protein  77.7 
 
 
305 aa  456  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1686  hypothetical protein  70.86 
 
 
305 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000452263  normal  0.0252505 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2385  hypothetical protein  70.76 
 
 
304 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000477017  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1666  hypothetical protein  70.67 
 
 
303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000201275  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1545  hypothetical protein  69.1 
 
 
303 aa  442  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013291  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1551  hypothetical protein  68.44 
 
 
303 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0147626  normal  0.169914 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1701  hypothetical protein  67.88 
 
 
302 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000328328  normal  0.027964 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1486  hypothetical protein  69.44 
 
 
303 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118993  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2890  hypothetical protein  68 
 
 
302 aa  430  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0038147  hitchhiker  0.00000713173 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2397  hypothetical protein  69.67 
 
 
305 aa  424  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00356323  normal  0.487755 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1491  hypothetical protein  62.67 
 
 
308 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000879827  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1661  hypothetical protein  56.87 
 
 
319 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.519453  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2094  hypothetical protein  56.87 
 
 
319 aa  366  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.120571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3357  hypothetical protein  57.47 
 
 
319 aa  357  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416158  normal  0.98402 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2468  hypothetical protein  55.02 
 
 
310 aa  353  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.219028  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003801  methyltransferase  48.26 
 
 
310 aa  282  4.0000000000000003e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02689  methyltransferase  47.42 
 
 
310 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3932  hypothetical protein  50.53 
 
 
313 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2527  hypothetical protein  47.75 
 
 
320 aa  278  6e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46250  hypothetical protein  49.65 
 
 
313 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0321722  normal  0.0483373 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2337  hypothetical protein  48.01 
 
 
320 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.166557  normal  0.623791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3530  hypothetical protein  49.13 
 
 
313 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.524505  normal  0.460053 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3872  hypothetical protein  48.94 
 
 
308 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1561  hypothetical protein  48.94 
 
 
318 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.207063  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4306  hypothetical protein  48.94 
 
 
318 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1143  hypothetical protein  45 
 
 
321 aa  264  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1918  hypothetical protein  46.76 
 
 
318 aa  261  8e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.453837  normal  0.204639 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3633  hypothetical protein  47.18 
 
 
321 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3577  SAM-dependent methyltransferase-like protein  45.67 
 
 
308 aa  253  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.586441 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3313  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase  41.03 
 
 
314 aa  246  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1214  hypothetical protein  42.66 
 
 
309 aa  235  8e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4405  hypothetical protein  39.46 
 
 
299 aa  232  6e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.134753  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2881  SAM-dependent methyltransferases  42.16 
 
 
305 aa  211  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1161  hypothetical protein  38.8 
 
 
320 aa  198  7.999999999999999e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4481  hypothetical protein  35.61 
 
 
338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4815  hypothetical protein  32.62 
 
 
338 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.195224  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0070  hypothetical protein  30.96 
 
 
338 aa  115  8.999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3598  hypothetical protein  30.77 
 
 
338 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3324  hypothetical protein  30.25 
 
 
353 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4172  hypothetical protein  30.86 
 
 
338 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3286  hypothetical protein  30.84 
 
 
335 aa  109  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1380  hypothetical protein  31.52 
 
 
385 aa  109  6e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0930599  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2451  hypothetical protein  32.71 
 
 
380 aa  106  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1163  hypothetical protein  30.11 
 
 
390 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.809319  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1141  hypothetical protein  30.11 
 
 
390 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.432078  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3083  PUA domain-containing protein  33.33 
 
 
404 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0506746 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2105  hypothetical protein  32.09 
 
 
335 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1873  hypothetical protein  32.09 
 
 
335 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1912  hypothetical protein  31.95 
 
 
321 aa  101  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2332  hypothetical protein  31.58 
 
 
335 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.946528  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1462  hypothetical protein  33.07 
 
 
318 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.685404  normal  0.241812 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2449  hypothetical protein  31.58 
 
 
335 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.861715  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2332  hypothetical protein  31.58 
 
 
335 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.97863  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2014  hypothetical protein  31.58 
 
 
335 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3930  protein of unknown function Met10  31.47 
 
 
479 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0667  hypothetical protein  28.67 
 
 
390 aa  99.4  7e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3105  PUA domain-containing protein  32.05 
 
 
404 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2474  PUA domain-containing protein  32.05 
 
 
404 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.78499  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3088  PUA domain-containing protein  32.05 
 
 
404 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0968  methyltransferase small  31.09 
 
 
392 aa  97.8  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6438  SAM-dependent methyltransferase  32.72 
 
 
404 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.812224 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2997  PUA domain-containing protein  32.05 
 
 
404 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0717099 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4260  hypothetical protein  29.59 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00951955 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3595  hypothetical protein  27.94 
 
 
335 aa  97.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.222828  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3134  PUA domain-containing protein  33.18 
 
 
404 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312464  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3698  PUA domain containing protein  30.61 
 
 
400 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0704  hypothetical protein  30.86 
 
 
363 aa  96.7  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0073  PUA domain-containing protein  41.79 
 
 
400 aa  96.3  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891321  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3375  PUA domain containing protein  32.55 
 
 
397 aa  96.7  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4376  SAM-dependent methyltransferase  39.19 
 
 
400 aa  96.7  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1479  SAM-dependent methyltransferase  28.9 
 
 
396 aa  96.3  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.41969  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1662  putative oxidoreductase  32.73 
 
 
392 aa  95.9  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000338862  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0346  PUA domain containing protein  36.97 
 
 
400 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.734176 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0528  methyltransferase  31.33 
 
 
398 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000817153  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3633  hypothetical protein  31.2 
 
 
350 aa  94.7  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0169  hypothetical protein  31.2 
 
 
423 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2168  PUA domain-containing protein  25.62 
 
 
395 aa  94.7  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3712  SAM-dependent methyltransferase  33.95 
 
 
393 aa  94.4  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.100663 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1082  hypothetical protein  28.52 
 
 
396 aa  94  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000305834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1132  hypothetical protein  28.52 
 
 
396 aa  94  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.250632 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2348  hypothetical protein  28.9 
 
 
396 aa  93.2  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.287324  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0687  hypothetical protein  30.86 
 
 
384 aa  93.2  4e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.46442  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0206  hypothetical protein  31.8 
 
 
425 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3257  hypothetical protein  31.8 
 
 
425 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2919  hypothetical protein  31.8 
 
 
425 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0869648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0390  SAM-dependent methyltransferase  31.8 
 
 
425 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2170  hypothetical protein  31.8 
 
 
425 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64943  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3429  hypothetical protein  31.8 
 
 
425 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0194  hypothetical protein  31.8 
 
 
422 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4073  SAM-dependent methyltransferase  41.22 
 
 
402 aa  92  9e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.910073  normal  0.355186 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00971  predicted methyltransferase  28.14 
 
 
367 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.406744  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1709  hypothetical protein  28.83 
 
 
396 aa  92  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00978  hypothetical protein  28.14 
 
 
367 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.536136  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2676  Protein of unknown function methylase putative  28.14 
 
 
391 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00640456  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2629  hypothetical protein  28.14 
 
 
396 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>