More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3530 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3530  hypothetical protein  100 
 
 
313 aa  641    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.524505  normal  0.460053 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2337  hypothetical protein  72.2 
 
 
320 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.166557  normal  0.623791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2527  hypothetical protein  71.25 
 
 
320 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46250  hypothetical protein  68.37 
 
 
313 aa  454  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0321722  normal  0.0483373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3932  hypothetical protein  69.01 
 
 
313 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1561  hypothetical protein  66.23 
 
 
318 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.207063  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3633  hypothetical protein  67 
 
 
321 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4306  hypothetical protein  66.12 
 
 
318 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3872  hypothetical protein  65.15 
 
 
308 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3577  SAM-dependent methyltransferase-like protein  67.52 
 
 
308 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.586441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1918  hypothetical protein  61.09 
 
 
318 aa  401  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.453837  normal  0.204639 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02689  methyltransferase  59.55 
 
 
310 aa  392  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003801  methyltransferase  58.58 
 
 
310 aa  386  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1143  hypothetical protein  57.05 
 
 
321 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2890  hypothetical protein  49.66 
 
 
302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0038147  hitchhiker  0.00000713173 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1491  hypothetical protein  49.67 
 
 
308 aa  278  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000879827  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1666  hypothetical protein  49.15 
 
 
303 aa  276  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000201275  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2556  hypothetical protein  49.13 
 
 
302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3313  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase  46.53 
 
 
314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1701  hypothetical protein  46.92 
 
 
302 aa  263  2e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000328328  normal  0.027964 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2385  hypothetical protein  47.2 
 
 
304 aa  264  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000477017  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1545  hypothetical protein  46.74 
 
 
303 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013291  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1686  hypothetical protein  48.61 
 
 
305 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000452263  normal  0.0252505 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4405  hypothetical protein  43.05 
 
 
299 aa  261  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.134753  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2680  hypothetical protein  48.26 
 
 
305 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00757466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2777  hypothetical protein  48.26 
 
 
305 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00142049  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1551  hypothetical protein  46.71 
 
 
303 aa  259  6e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0147626  normal  0.169914 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2701  hypothetical protein  47.92 
 
 
305 aa  258  7e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000560458  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2919  hypothetical protein  46.5 
 
 
303 aa  257  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3357  hypothetical protein  44.44 
 
 
319 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416158  normal  0.98402 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2397  hypothetical protein  48.79 
 
 
305 aa  256  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00356323  normal  0.487755 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1661  hypothetical protein  46.33 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.519453  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1486  hypothetical protein  46.39 
 
 
303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118993  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2094  hypothetical protein  46.01 
 
 
319 aa  251  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.120571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2468  hypothetical protein  44.76 
 
 
310 aa  249  3e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.219028  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1214  hypothetical protein  40.45 
 
 
309 aa  244  9.999999999999999e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2359  hypothetical protein  47.8 
 
 
305 aa  243  3e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2881  SAM-dependent methyltransferases  44.16 
 
 
305 aa  233  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1161  hypothetical protein  38.27 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3598  hypothetical protein  33.53 
 
 
338 aa  116  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1709  hypothetical protein  30.74 
 
 
396 aa  114  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4481  hypothetical protein  32.05 
 
 
338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6906  Methyltransferase type 11  38.51 
 
 
315 aa  113  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4172  hypothetical protein  36.28 
 
 
338 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4815  hypothetical protein  34.62 
 
 
338 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.195224  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0070  hypothetical protein  34.2 
 
 
338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1462  hypothetical protein  37.97 
 
 
318 aa  109  5e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.685404  normal  0.241812 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3286  hypothetical protein  33.92 
 
 
335 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2376  SAM-dependent methyltransferase  35.32 
 
 
400 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3633  hypothetical protein  31.29 
 
 
350 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3595  hypothetical protein  29.19 
 
 
335 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.222828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3324  hypothetical protein  32.5 
 
 
353 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1583  PUA domain containing protein  35.15 
 
 
400 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.303299  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1873  hypothetical protein  31.16 
 
 
335 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  29.88 
 
 
560 aa  105  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1488  PUA domain containing protein  34.83 
 
 
400 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1491  putative RNA methylase  33.33 
 
 
408 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.286756 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0704  hypothetical protein  33.63 
 
 
363 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3930  protein of unknown function Met10  30.74 
 
 
479 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2451  hypothetical protein  30.56 
 
 
380 aa  103  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0259  SAM-dependent methyltransferase  29.24 
 
 
389 aa  103  4e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.966549  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2105  hypothetical protein  34.21 
 
 
335 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0650  putative SAM-dependent methyltransferase  40.48 
 
 
400 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.96 
 
 
709 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.96 
 
 
709 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0968  methyltransferase small  37.7 
 
 
392 aa  101  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3083  PUA domain-containing protein  39.42 
 
 
404 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0506746 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1493  hypothetical protein  39.35 
 
 
400 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.93187  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1368  PUA domain containing protein  38.89 
 
 
397 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1662  putative oxidoreductase  33 
 
 
392 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000338862  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0223  SAM-dependent methyltransferase  35.16 
 
 
397 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4260  hypothetical protein  33.33 
 
 
335 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00951955 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.51 
 
 
709 aa  100  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.15 
 
 
711 aa  99.8  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.72 
 
 
711 aa  99.4  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2997  PUA domain-containing protein  41.53 
 
 
404 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0717099 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1764  PUA domain-containing protein  41.8 
 
 
396 aa  99  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0181071  hitchhiker  0.000729336 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3385  putative RNA methylase  46.72 
 
 
412 aa  99  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.871032  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003438  23S rRNA (guanine-N-2-) -methyltransferase RlmL  31.22 
 
 
706 aa  99  9e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0282  SAM-dependent methyltransferase  40 
 
 
398 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.44 
 
 
713 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.53 
 
 
712 aa  98.2  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1191  oxidoreductase  39.29 
 
 
321 aa  98.2  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02337  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.13 
 
 
707 aa  97.8  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.83 
 
 
711 aa  98.2  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1912  hypothetical protein  29.75 
 
 
321 aa  98.2  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.44 
 
 
713 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1771  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.23 
 
 
807 aa  97.4  3e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2014  hypothetical protein  32.74 
 
 
335 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2449  hypothetical protein  32.74 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.861715  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0346  PUA domain containing protein  30.96 
 
 
400 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.734176 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1479  SAM-dependent methyltransferase  42.62 
 
 
396 aa  97.4  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.41969  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2474  PUA domain-containing protein  40.68 
 
 
404 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.78499  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2332  hypothetical protein  32.74 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.946528  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3105  PUA domain-containing protein  40.68 
 
 
404 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2332  hypothetical protein  32.74 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.97863  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3088  PUA domain-containing protein  40.68 
 
 
404 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6438  SAM-dependent methyltransferase  40.68 
 
 
404 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.812224 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.44 
 
 
713 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1095  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.41 
 
 
708 aa  97.1  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0184189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>