47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2452 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2452  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  100 
 
 		 285 aa  586  1e-166  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.673102  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2048  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  41.76 
 
 		 285 aa  186  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1095  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  39.36 
 
 		 247 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1011  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  41.6 
 
 		 247 aa  181  9.000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1629  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  40.68 
 
 		 215 aa  145  6e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1754  hypothetical protein  34.93 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0217  Csm3 family CRISPR-associated RAMP protein  35.86 
 
 		 224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0701  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  36.47 
 
 		 225 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.490218  hitchhiker  0.00485389 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3258  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  34.03 
 
 		 251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0975  hypothetical protein  37.02 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0171126  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1081  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  37.86 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0192235  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1979  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  36.6 
 
 		 278 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.206757 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2824  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  34.8 
 
 		 264 aa  126  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0742  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  36.22 
 
 		 242 aa  126  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2702  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  38.26 
 
 		 266 aa  126  5e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1254  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  34.67 
 
 		 244 aa  125  6e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00320437 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0610  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  35.83 
 
 		 249 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2477  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  36.51 
 
 		 255 aa  122  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1672  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  35.74 
 
 		 269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.899552  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3445  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  35.12 
 
 		 270 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.423175 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12835  hypothetical protein  33.19 
 
 		 236 aa  117  3e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1026  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  32.66 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000000281722  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1390  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  35.66 
 
 		 242 aa  113  3e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1347  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  38.66 
 
 		 241 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1635  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  33.98 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000227023  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2459  CRISPR-associated Cmr4 family protein  32.08 
 
 		 214 aa  96.7  4e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00633157  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1544  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  29.12 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.352642  normal  0.26892 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1364  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  28.03 
 
 		 331 aa  63.9  0.000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.152011  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1149  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  29.96 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.19173  hitchhiker  0.000019358 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0739  hypothetical protein  27.66 
 
 		 429 aa  60.8  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.187894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1442  CRISPR-associated Csm3 family protein  27.35 
 
 		 267 aa  57  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141545 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0984  CRISPR-associated RAMP protein, SSO1426 family  27.05 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1160  CRISPR-associated Csx7 family protein  28.36 
 
 		 254 aa  53.5  0.000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.791227  normal  0.0434649 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2051  CRISPR-associated Csm3 family protein  25.38 
 
 		 260 aa  52  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0740  hypothetical protein  25.27 
 
 		 257 aa  50.1  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0101279  normal  0.181235 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0744  hypothetical protein  26.29 
 
 		 219 aa  49.3  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0162344  normal  0.584982 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5586  CRISPR-associated RAMP protein, SSO1426 family  24.7 
 
 		 280 aa  48.9  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.199853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1288  CRISPR-associated Csm3 family protein  25.27 
 
 		 307 aa  45.8  0.0007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0685165  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3292  hypothetical protein  24.59 
 
 		 622 aa  45.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.798448 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0188  CRISPR-associated Csm3 family protein  23.37 
 
 		 288 aa  45.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0981  protein of unknown function DUF324  23.53 
 
 		 237 aa  44.3  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0365  CRISPR-associated Csm3 family protein  37.29 
 
 		 289 aa  45.1  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00395983 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1801  CRISPR-associated Csm3 family protein  35.48 
 
 		 282 aa  43.5  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1070  protein of unknown function DUF324  22.66 
 
 		 597 aa  43.5  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.478197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2295  CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family  35.09 
 
 		 297 aa  43.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0567  CRISPR-associated RAMP Cmr6 family protein  24.77 
 
 		 262 aa  43.1  0.006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123695  hitchhiker  0.00248457 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1859  hypothetical protein  26.67 
 
 		 594 aa  42.7  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>