40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3258 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3258  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  100 
 
 		 251 aa  508  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1629  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  37.97 
 
 		 215 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0742  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  41.87 
 
 		 242 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0217  Csm3 family CRISPR-associated RAMP protein  39.83 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1347  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  40.89 
 
 		 241 aa  132  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0701  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  37.93 
 
 		 225 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.490218  hitchhiker  0.00485389 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2452  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  34.03 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.673102  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0610  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  39.01 
 
 		 249 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2702  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  36.64 
 
 		 266 aa  126  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1672  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  35.39 
 
 		 269 aa  125  5e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.899552  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2824  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  36.04 
 
 		 264 aa  125  7e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1081  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  39.27 
 
 		 242 aa  125  7e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0192235  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0975  hypothetical protein  41.01 
 
 		 220 aa  120  3e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0171126  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1254  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  38.99 
 
 		 244 aa  118  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00320437 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1011  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  35.48 
 
 		 247 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1095  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  35.48 
 
 		 247 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1390  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  38.18 
 
 		 242 aa  115  6.9999999999999995e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2048  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  32.41 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3445  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  38.3 
 
 		 270 aa  113  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.423175 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1754  hypothetical protein  35.62 
 
 		 233 aa  113  3e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2477  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  34.8 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1026  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  36.21 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000000281722  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12835  hypothetical protein  35.93 
 
 		 236 aa  109  5e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1979  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  36.97 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.206757 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1635  CRISPR-associated RAMP protein, Csm3 family  40.65 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000227023  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2459  CRISPR-associated Cmr4 family protein  35.96 
 
 		 214 aa  86.7  4e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00633157  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1544  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  33.02 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.352642  normal  0.26892 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1149  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  30.71 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.19173  hitchhiker  0.000019358 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2051  CRISPR-associated Csm3 family protein  27.9 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1364  CRISPR-associated RAMP Csm3 family protein  27.17 
 
 		 331 aa  58.5  0.00000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.152011  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0984  CRISPR-associated RAMP protein, SSO1426 family  29.84 
 
 		 274 aa  52.4  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1801  CRISPR-associated Csm3 family protein  28.63 
 
 		 282 aa  52  0.000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1288  CRISPR-associated Csm3 family protein  27.8 
 
 		 307 aa  49.7  0.00004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0685165  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0188  CRISPR-associated Csm3 family protein  31.09 
 
 		 288 aa  48.5  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0365  CRISPR-associated Csm3 family protein  30.08 
 
 		 289 aa  45.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00395983 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1989  CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family  38.18 
 
 		 332 aa  44.3  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1376  hypothetical protein  29.34 
 
 		 576 aa  44.3  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1070  protein of unknown function DUF324  28.21 
 
 		 597 aa  43.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.478197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1007  hypothetical protein  27.13 
 
 		 558 aa  43.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0915  CRISPR-associated RAMP protein, Cmr4 family  48.78 
 
 		 354 aa  42  0.01  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.994799  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>