More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4080 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_4080  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  100 
 
 		 255 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.515439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3370  GntR family transcriptional regulator  58.9 
 
 		 247 aa  256  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3799  GntR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 251 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392461  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  42.67 
 
 		 240 aa  168  7e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  42.67 
 
 		 240 aa  168  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0349  transcriptional regulatory protein  42.67 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1096  GntR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113015  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0949  GntR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1885  GntR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1800  GntR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00723826  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0214  GntR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.892015  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0431  GntR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1390  GntR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7148  transcriptional regulator, GntR family  40.52 
 
 		 247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.263147 
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  41.81 
 
 		 240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0773  GntR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 241 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4833  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.396823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 243 aa  158  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5190  GntR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 240 aa  158  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702411  normal  0.0588532 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3135  transcriptional regulator GntR  38.53 
 
 		 247 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 243 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1697  GntR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1294  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 243 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.014181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0722  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3708  transcriptional regulator, GntR family  37.66 
 
 		 251 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1764  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.140741  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1994  transcriptional regulator, GntR family  35.22 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5975  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 274 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0732  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.128467  decreased coverage  0.000000465533 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1823  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 241 aa  121  9e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0995  GntR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.352191  normal  0.964514 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0525  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2205  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 278 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6218  transcriptional regulator, GntR family  33.62 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000229973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2860  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 249 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2365  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 248 aa  107  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0894  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.16 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3533  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.04 
 
 		 243 aa  106  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1064  transcriptional regulator, GntR family  30.9 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.296534  normal  0.0288799 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  32.84 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0757  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 245 aa  105  8e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2551  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.321871  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4355  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  34.29 
 
 		 256 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4103  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 246 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2792  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.120812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1749  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.37809  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0955  transcriptional regulator, GntR family  33.61 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.468224  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2171  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 258 aa  99.8  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3817  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 256 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0594434  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1802  GntR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 264 aa  99.8  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0871111  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2282  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 262 aa  97.4  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.557929  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2428  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 262 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1431  transcriptional regulator, GntR family  32.42 
 
 		 270 aa  97.4  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  26.84 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2707  GntR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 259 aa  96.3  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0952006 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 239 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4360  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 266 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6857  transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.314897 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 239 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2896  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 267 aa  92.4  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3599  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 256 aa  92  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0283  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 240 aa  91.3  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4434  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 274 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3595  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 274 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3933  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 274 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2326  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 287 aa  89.4  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4649  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 274 aa  89.4  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.492673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2488  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 284 aa  89.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 241 aa  89  7e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3826  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 271 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.339728 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3310  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 274 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.758694 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3031  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.16 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.921184 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1330  transcriptional regulator, GntR family  22.94 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  28.76 
 
 		 242 aa  87.8  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1750  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 332 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 286 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2473  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 244 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0794  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 376 aa  87  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0659  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 376 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.263292  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2153  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 274 aa  86.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  34.29 
 
 		 242 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  28.09 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2998  transcriptional regulator, GntR family  27.48 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000222084  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>