27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1026 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_10920  Mannuronan C-5-Epimerase  66.8 
 
 		 526 aa  701    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0884  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  65.02 
 
 		 519 aa  675    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0955  carbohydrate binding and sugar hydrolysis  63.14 
 
 		 523 aa  687    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.21055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4566  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  64.4 
 
 		 519 aa  671    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18500  alginate-c5-mannuronan-epimerase AlgG  65.7 
 
 		 543 aa  681    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0371446  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1283  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  64.4 
 
 		 557 aa  674    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.465255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1026  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  100 
 
 		 511 aa  1048    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.931695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1600  alginate-c5-mannuronan-epimerase AlgG  65.9 
 
 		 539 aa  681    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.911541  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4442  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  64.2 
 
 		 519 aa  670    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.094084  normal  0.778652 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1238  alginate biosynthesis protein AlgG  59.92 
 
 		 536 aa  628  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1058  parallel beta-helix repeat-containing protein  60.08 
 
 		 536 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0674089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6675  parallel beta-helix repeat-containing protein  34.7 
 
 		 497 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.500799  normal  0.284088 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1667  hypothetical protein  27.85 
 
 		 493 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.240625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3823  putative hemolysin-type calcium-binding region  24.72 
 
 		 1610 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00466543 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4084  mannuronan C-5-epimerase, putative  24.72 
 
 		 1610 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.202459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51250  Secreted bifunctional mannuronan C-5 epimerase/alginate lyase  26.11 
 
 		 856 aa  53.5  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1686  periplasmic copper-binding  26.88 
 
 		 1056 aa  52  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.482609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51230  Secreted mannuronan C-5 epimerase  22.99 
 
 		 874 aa  51.6  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33710  Secreted mannuronan C5-epimerase  27.32 
 
 		 998 aa  51.2  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7282  hypothetical protein  26.13 
 
 		 867 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.827215  normal  0.313024 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51180  Secreted mannuronan C-5 epimerase  26.29 
 
 		 998 aa  49.7  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51190  Secreted mannuronan C-5 epimerase  26.28 
 
 		 1403 aa  48.9  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.156968  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51200  Secreted mannuronan C-5 epimerase  24.56 
 
 		 553 aa  49.3  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227069  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51170  Secreted mannuronan C-5 epimerase  26.92 
 
 		 1839 aa  47.8  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.03 
 
 		 510 aa  45.4  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0949  TPR repeat-containing protein  26.45 
 
 		 1121 aa  46.2  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849269  normal  0.0980091 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0677  periplasmic copper-binding  31.13 
 
 		 820 aa  43.9  0.006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>