29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0955 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1238  alginate biosynthesis protein AlgG  74.42 
 
 
536 aa  820    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10920  Mannuronan C-5-Epimerase  62.16 
 
 
526 aa  696    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0884  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  82.76 
 
 
519 aa  866    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4566  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  82.15 
 
 
519 aa  866    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1600  alginate-c5-mannuronan-epimerase AlgG  67.73 
 
 
539 aa  727    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.911541  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4442  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  81.34 
 
 
519 aa  863    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.094084  normal  0.778652 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1026  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  65.35 
 
 
511 aa  683    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.931695  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18500  alginate-c5-mannuronan-epimerase AlgG  65.26 
 
 
543 aa  727    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0371446  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1283  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  81.54 
 
 
557 aa  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.465255  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0955  carbohydrate binding and sugar hydrolysis  100 
 
 
523 aa  1077    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.21055  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1058  parallel beta-helix repeat-containing protein  75.15 
 
 
536 aa  815    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0674089  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6675  parallel beta-helix repeat-containing protein  31.46 
 
 
497 aa  102  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.500799  normal  0.284088 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1667  hypothetical protein  23.78 
 
 
493 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.240625  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51170  Secreted mannuronan C-5 epimerase  25.32 
 
 
1839 aa  49.7  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51190  Secreted mannuronan C-5 epimerase  24.68 
 
 
1403 aa  49.3  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.156968  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33710  Secreted mannuronan C5-epimerase  25.32 
 
 
998 aa  49.3  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3823  putative hemolysin-type calcium-binding region  25.66 
 
 
1610 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00466543 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4084  mannuronan C-5-epimerase, putative  25.66 
 
 
1610 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.202459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51180  Secreted mannuronan C-5 epimerase  24.03 
 
 
998 aa  47.4  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7282  hypothetical protein  22.18 
 
 
867 aa  47  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.827215  normal  0.313024 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49400  Secreted mannuronan C5-epimerase-like protein  24.47 
 
 
532 aa  46.2  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51250  Secreted bifunctional mannuronan C-5 epimerase/alginate lyase  27.27 
 
 
856 aa  46.2  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0949  TPR repeat-containing protein  30.41 
 
 
1121 aa  45.8  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849269  normal  0.0980091 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1287  periplasmic copper-binding  31.58 
 
 
831 aa  45.4  0.003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.35 
 
 
510 aa  45.1  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51200  Secreted mannuronan C-5 epimerase  22.94 
 
 
553 aa  45.4  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227069  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2582  hypothetical protein  30.33 
 
 
626 aa  44.3  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.296353  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0677  periplasmic copper-binding  32.09 
 
 
820 aa  43.9  0.007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1803  parallel beta-helix repeat-containing protein  37.35 
 
 
594 aa  43.5  0.008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0567689  unclonable  0.00000000968755 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>